Objetivo
Apical loops of at least six nucleotide residues are often distinguished by a cross-loop base pair leaving three nucleotides at the cap of the loop forming a well conserved motif called T-loop or lonepair triloop. Our previous studies have indicated the occurrence of such a loop pattern in the HIV-1 TAR RNA. The present project concerns molecular structure and dynamics of sequence-dependent modes of large loop stabilisation. We will focus on apical loop of the dimer initiation site (DIS) of the leader sequence of HIV-2 RNA, composed of 11-nucleotide residues and including a palindromic sequence. We suppose that prior to its involvement into loop-loop interaction via kissing hairpin mode, the HIV-2 DIS RNA hairpin undergoes intra-loop stabilisation.
Advanced molecular dynamics simulation techniques will be used in order to get an insight into the structure and dynamics of this model. In addition, possible contribution of magnesium cations to the loop stabilisation will be investigated by combined Brownian Dynamics/MD methods. The Molecular Dynamics Thermocycler protocol, recently proposed by us, will be simultaneously developed and applied for the project. At the level of conformational analysis, novel methods for description of the conformational space of the loops will be proposed, based on the cluster analysis approach. In order to confront our simulations results with physical data, the RNA models will also be chemically synthesised and their melting thermodynamics will be studied based on magnesium dependence. The picture of RNA/magnesium binding sites emerging from simulations will be confronted with results of Mg2+ ion-promoted RNA cleavages studied by electrophoresis.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias químicas química inorgánica metales alcalinotérreos
- ciencias naturales ciencias físicas termodinámica
- ciencias naturales ciencias biológicas genética nucleótido
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ARN
- ciencias naturales ciencias químicas electroquímica electroforesis
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP6-2002-MOBILITY-11
Consulte otros proyectos de esta convocatoria
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
POZNAN
Polonia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.