Obiettivo
Apical loops of at least six nucleotide residues are often distinguished by a cross-loop base pair leaving three nucleotides at the cap of the loop forming a well conserved motif called T-loop or lonepair triloop. Our previous studies have indicated the occurrence of such a loop pattern in the HIV-1 TAR RNA. The present project concerns molecular structure and dynamics of sequence-dependent modes of large loop stabilisation. We will focus on apical loop of the dimer initiation site (DIS) of the leader sequence of HIV-2 RNA, composed of 11-nucleotide residues and including a palindromic sequence. We suppose that prior to its involvement into loop-loop interaction via kissing hairpin mode, the HIV-2 DIS RNA hairpin undergoes intra-loop stabilisation.
Advanced molecular dynamics simulation techniques will be used in order to get an insight into the structure and dynamics of this model. In addition, possible contribution of magnesium cations to the loop stabilisation will be investigated by combined Brownian Dynamics/MD methods. The Molecular Dynamics Thermocycler protocol, recently proposed by us, will be simultaneously developed and applied for the project. At the level of conformational analysis, novel methods for description of the conformational space of the loops will be proposed, based on the cluster analysis approach. In order to confront our simulations results with physical data, the RNA models will also be chemically synthesised and their melting thermodynamics will be studied based on magnesium dependence. The picture of RNA/magnesium binding sites emerging from simulations will be confronted with results of Mg2+ ion-promoted RNA cleavages studied by electrophoresis.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze chimiche chimica inorganica metalli alcalino terrosi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2002-MOBILITY-11
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
POZNAN
Polonia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.