Ziel
Apical loops of at least six nucleotide residues are often distinguished by a cross-loop base pair leaving three nucleotides at the cap of the loop forming a well conserved motif called T-loop or lonepair triloop. Our previous studies have indicated the occurrence of such a loop pattern in the HIV-1 TAR RNA. The present project concerns molecular structure and dynamics of sequence-dependent modes of large loop stabilisation. We will focus on apical loop of the dimer initiation site (DIS) of the leader sequence of HIV-2 RNA, composed of 11-nucleotide residues and including a palindromic sequence. We suppose that prior to its involvement into loop-loop interaction via kissing hairpin mode, the HIV-2 DIS RNA hairpin undergoes intra-loop stabilisation.
Advanced molecular dynamics simulation techniques will be used in order to get an insight into the structure and dynamics of this model. In addition, possible contribution of magnesium cations to the loop stabilisation will be investigated by combined Brownian Dynamics/MD methods. The Molecular Dynamics Thermocycler protocol, recently proposed by us, will be simultaneously developed and applied for the project. At the level of conformational analysis, novel methods for description of the conformational space of the loops will be proposed, based on the cluster analysis approach. In order to confront our simulations results with physical data, the RNA models will also be chemically synthesised and their melting thermodynamics will be studied based on magnesium dependence. The picture of RNA/magnesium binding sites emerging from simulations will be confronted with results of Mg2+ ion-promoted RNA cleavages studied by electrophoresis.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften anorganische Chemie Erdalkalimetalle
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP6-2002-MOBILITY-11
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
POZNAN
Polen
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.