Virus discovery and epidemic tracing from high throughput metagenomic sequencing

Informations projet

VIROGENESIS

N° de convention de subvention: 634650

DOI 10.3030/634650

Projet clôturé

Date de signature de la CE 27 Mars 2015

Date de début 1 Juin 2015

Date de fin 31 Mai 2018

Financé au titre de

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Coût total € 2 995 969,98

Contribution de l’UE € 2 995 968,74

Coordonné par

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

Livrables

Other (12)

GUI Epidemiological analysis tools for pilot study
Epidemiological tracing tool
GUI entire platform for pilot study

GUI entire platform for pilot study

Virome comparison tool
Report on use of HPM for NGS data analysis
Pan-viral typing tool
NGS assembly tool
Classification tool
Phylogenetic analysis method for reticulation
GUI NGS assembly tool for pilot study
GUI Virome comparison tools for pilot study
GUI Pan-viral typing tool for pilot study

Documents, reports (4)

Colloquium
Plan for the dissemination and exploitation of results
Report pilot studies
Training module NGS data analysis

Publications

Peer reviewed articles (7)

Phylogenetic analysis as a forensic tool in HIV transmission investigations

Auteurs: Ana B. Abecasis, Marta Pingarilho, Anne-Mieke Vandamme
Publié dans: AIDS, 2018, Page(s) 1, ISSN 0269-9370
Éditeur: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1097/QAD.0000000000001728

SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes

Auteurs: Filip Bielejec, Guy Baele, Bram Vrancken, Marc A. Suchard, Andrew Rambaut, Philippe Lemey
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 33/8, 2016, Page(s) 2167-2169, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw082

Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic

Auteurs: Gytis Dudas, Luiz Max Carvalho, Trevor Bedford, Andrew J. Tatem, Guy Baele, Nuno R. Faria, Daniel J. Park, Jason T. Ladner, Armando Arias, Danny Asogun, Filip Bielejec, Sarah L. Caddy, Matthew Cotten, Jonathan D’Ambrozio, Simon Dellicour, Antonino Di Caro, Joseph W. Diclaro, Sophie Duraffour, Michael J. Elmore, Lawrence S. Fakoli, Ousmane Faye, Merle L. Gilbert, Sahr M. Gevao, Stephen Gire, Adri
Publié dans: Nature, Numéro 544/7650, 2017, Page(s) 309-315, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22040

The multi-faceted dynamics of HIV-1 transmission in Northern Alberta: A combined analysis of virus genetic and public health data

Auteurs: B. Vrancken, D. Adachi, M. Benedet, A. Singh, R. Read, S. Shafran, G.D. Taylor, K. Simmonds, C. Sikora, P. Lemey, C.L. Charlton, J.W. Tang
Publié dans: Infection, Genetics and Evolution, Numéro 52, 2017, Page(s) 100-105, ISSN 1567-1348
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2017.04.005

Challenges in the analysis of viral metagenomes

Auteurs: Rebecca Rose, Bede Constantinides, Avraam Tapinos, David L Robertson, Mattia Prosperi
Publié dans: Virus Evolution, Numéro 2/2, 2016, Page(s) vew022, ISSN 2057-1577
Éditeur: Oxford Journals
DOI: 10.1093/ve/vew022

Visual programming for next-generation sequencing data analytics

Auteurs: Franco Milicchio, Rebecca Rose, Jiang Bian, Jae Min, Mattia Prosperi
Publié dans: BioData Mining, Numéro 9/1, 2016, ISSN 1756-0381
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13040-016-0095-3

Genome Sequences of a Novel Vietnamese Bat Bunyavirus

Auteurs: Bas B. Oude Munnink, My V. T. Phan, Lia van der Hoek, Paul Kellam, Matthew Cotten
Publié dans: Genome Announcements, Numéro 4/6, 2016, Page(s) e01366-16, ISSN 2169-8287
Éditeur: Genome Announcements
DOI: 10.1128/genomeA.01366-16