Virus discovery and epidemic tracing from high throughput metagenomic sequencing

Leistungen

GUI Epidemiological analysis tools for pilot study
Epidemiological tracing tool
GUI entire platform for pilot study

GUI entire platform for pilot study

Virome comparison tool
Report on use of HPM for NGS data analysis
Pan-viral typing tool
NGS assembly tool
Classification tool
Phylogenetic analysis method for reticulation
GUI NGS assembly tool for pilot study
GUI Virome comparison tools for pilot study
GUI Pan-viral typing tool for pilot study

Colloquium
Plan for the dissemination and exploitation of results
Report pilot studies
Training module NGS data analysis

Veröffentlichungen

Phylogenetic analysis as a forensic tool in HIV transmission investigations

Autoren: Ana B. Abecasis, Marta Pingarilho, Anne-Mieke Vandamme
Veröffentlicht in: AIDS, 2018, Page(s) 1, ISSN 0269-9370
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1097/QAD.0000000000001728

SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes

Autoren: Filip Bielejec, Guy Baele, Bram Vrancken, Marc A. Suchard, Andrew Rambaut, Philippe Lemey
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Issue 33/8, 2016, Page(s) 2167-2169, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw082

Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic

Autoren: Gytis Dudas, Luiz Max Carvalho, Trevor Bedford, Andrew J. Tatem, Guy Baele, Nuno R. Faria, Daniel J. Park, Jason T. Ladner, Armando Arias, Danny Asogun, Filip Bielejec, Sarah L. Caddy, Matthew Cotten, Jonathan D’Ambrozio, Simon Dellicour, Antonino Di Caro, Joseph W. Diclaro, Sophie Duraffour, Michael J. Elmore, Lawrence S. Fakoli, Ousmane Faye, Merle L. Gilbert, Sahr M. Gevao, Stephen Gire, Adri
Veröffentlicht in: Nature, Issue 544/7650, 2017, Page(s) 309-315, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22040

The multi-faceted dynamics of HIV-1 transmission in Northern Alberta: A combined analysis of virus genetic and public health data

Autoren: B. Vrancken, D. Adachi, M. Benedet, A. Singh, R. Read, S. Shafran, G.D. Taylor, K. Simmonds, C. Sikora, P. Lemey, C.L. Charlton, J.W. Tang
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Issue 52, 2017, Page(s) 100-105, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2017.04.005

Challenges in the analysis of viral metagenomes

Autoren: Rebecca Rose, Bede Constantinides, Avraam Tapinos, David L Robertson, Mattia Prosperi
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Issue 2/2, 2016, Page(s) vew022, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford Journals
DOI: 10.1093/ve/vew022

Visual programming for next-generation sequencing data analytics

Autoren: Franco Milicchio, Rebecca Rose, Jiang Bian, Jae Min, Mattia Prosperi
Veröffentlicht in: BioData Mining, Issue 9/1, 2016, ISSN 1756-0381
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13040-016-0095-3

Genome Sequences of a Novel Vietnamese Bat Bunyavirus

Autoren: Bas B. Oude Munnink, My V. T. Phan, Lia van der Hoek, Paul Kellam, Matthew Cotten
Veröffentlicht in: Genome Announcements, Issue 4/6, 2016, Page(s) e01366-16, ISSN 2169-8287
Herausgeber: Genome Announcements
DOI: 10.1128/genomeA.01366-16

Leistungen

Veröffentlichungen

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