Functions and evolutionary impact of transcriptomic novelties in the vertebrate brain

Projektinformationen

NEURAL AS

ID Finanzhilfevereinbarung: 637591

DOI

10.3030/637591

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 26 März 2015

Startdatum 1 April 2015

Enddatum 31 Dezember 2020

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 498 852,00

EU-Beitrag

€ 1 498 852,00

Koordiniert durch

FUNDACIO CENTRE DE REGULACIO GENOMICA
Spain

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (17)

Genomic adaptations to aquatic and aerial life in mayflies and the origin of insect wings

Autoren: Isabel Almudi, Joel Vizueta, Christopher D. R. Wyatt, Alex de Mendoza, Ferdinand Marlétaz, Panos N. Firbas, Roberto Feuda, Giulio Masiero, Patricia Medina, Ana Alcaina-Caro, Fernando Cruz, Jessica Gómez-Garrido, Marta Gut, Tyler S. Alioto, Carlos Vargas-Chavez, Kristofer Davie, Bernhard Misof, Josefa González, Stein Aerts, Ryan Lister, Jordi Paps, Julio Rozas, Alejandro Sánchez-Gracia, Manuel
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16284-8

Alternative splicing landscapes in Arabidopsis thaliana across tissues and stress conditions highlight major functional differences with animals

Autoren: Guiomar Martín, Yamile Márquez, Federica Mantica, Paula Duque, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 22/1, 2021, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-020-02258-y

Huntington’s disease-specific mis-splicing unveils key effector genes and altered splicing factors

Autoren: Ainara Elorza, Yamile Márquez, Jorge R Cabrera, José Luis Sánchez-Trincado, María Santos-Galindo, Ivó H Hernández, Sara Picó, Juan I Díaz-Hernández, Ramón García-Escudero, Manuel Irimia, José J Lucas
Veröffentlicht in: Brain, 2021, ISSN 0006-8950
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/brain/awab087

Ancient Genomic Regulatory Blocks Are a Source for Regulatory Gene Deserts in Vertebrates after Whole-Genome Duplications

Autoren: María Touceda-Suárez, Elizabeth M Kita, Rafael D Acemel, Panos N Firbas, Marta S Magri, Silvia Naranjo, Juan J Tena, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Ignacio Maeso, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 37/10, 2020, Seite(n) 2857-2864, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa123

Genome-wide changes in lncRNA, splicing, and regional gene expression patterns in autism

Autoren: Neelroop N. Parikshak, Vivek Swarup, T. Grant Belgard, Manuel Irimia, Gokul Ramaswami, Michael J. Gandal, Christopher Hartl, Virpi Leppa, Luis de la Torre Ubieta, Jerry Huang, Jennifer K. Lowe, Benjamin J. Blencowe, Steve Horvath, Daniel H. Geschwind
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 540/7633, 2016, Seite(n) 423-427, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature20612

Nodal–Activin pathway is a conserved neural induction signal in chordates

Autoren: Yann Le Petillon, Guillaume Luxardi, Pierluigi Scerbo, Marie Cibois, Anthony Leon, Lucie Subirana, Manuel Irimia, Laurent Kodjabachian, Hector Escriva, Stephanie Bertrand
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 1/8, 2017, Seite(n) 1192-1200, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-017-0226-3

Misregulation of an Activity-Dependent Splicing Network as a Common Mechanism Underlying Autism Spectrum Disorders

Autoren: Mathieu Quesnel-Vallières, Zahra Dargaei, Manuel Irimia, Thomas Gonatopoulos-Pournatzis, Joanna Y. Ip, Mingkun Wu, Timothy Sterne-Weiler, Shinichi Nakagawa, Melanie A. Woodin, Benjamin J. Blencowe, Sabine P. Cordes
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 64/6, 2016, Seite(n) 1023-1034, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2016.11.033

Evolutionary recruitment of flexible Esrp-dependent splicing programs into diverse embryonic morphogenetic processes

Autoren: Demian Burguera, Yamile Marquez, Claudia Racioppi, Jon Permanyer, Antonio Torres-Méndez, Rosaria Esposito, Beatriz Albuixech-Crespo, Lucía Fanlo, Ylenia D’Agostino, Andre Gohr, Enrique Navas-Perez, Ana Riesgo, Claudia Cuomo, Giovanna Benvenuto, Lionel A. Christiaen, Elisa Martí, Salvatore D’Aniello, Antonietta Spagnuolo, Filomena Ristoratore, Maria Ina Arnone, Jordi Garcia-Fernàndez, Manue
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01961-y

Molecular regionalization of the developing amphioxus neural tube challenges major partitions of the vertebrate brain

Autoren: Beatriz Albuixech-Crespo, Laura López-Blanch, Demian Burguera, Ignacio Maeso, Luisa Sánchez-Arrones, Juan Antonio Moreno-Bravo, Ildiko Somorjai, Juan Pascual-Anaya, Eduardo Puelles, Paola Bovolenta, Jordi Garcia-Fernàndez, Luis Puelles, Manuel Irimia, José Luis Ferran
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 15/4, 2017, Seite(n) e2001573, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library Of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.2001573

An atlas of alternative splicing profiles and functional associations reveals new regulatory programs and genes that simultaneously express multiple major isoforms

Autoren: Javier Tapial, Kevin C.H. Ha, Timothy Sterne-Weiler, André Gohr, Ulrich Braunschweig, Antonio Hermoso-Pulido, Mathieu Quesnel-Vallières, Jon Permanyer, Reza Sodaei, Yamile Marquez, Luca Cozzuto, Xinchen Wang, Melisa Gómez-Velázquez, Teresa Rayon, Miguel Manzanares, Julia Ponomarenko, Benjamin J. Blencowe, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 27/10, 2017, Seite(n) 1759-1768, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.220962.117

Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation

Autoren: Ferdinand Marlétaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de la Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 564/7734, 2018, Seite(n) 64-70, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0734-6

RES complex is associated with intron definition and required for zebrafish early embryogenesis

Autoren: Juan Pablo Fernandez, Miguel Angel Moreno-Mateos, Andre Gohr, Liyun Miao, Shun Hang Chan, Manuel Irimia, Antonio J. Giraldez
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 14/7, 2018, Seite(n) e1007473, ISSN 1553-7404
Herausgeber: Plos Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007473

A novel L1CAM isoform with angiogenic activity generated by NOVA2-mediated alternative splicing

Autoren: Francesca Angiolini, Elisa Belloni, Marco Giordano, Matteo Campioni, Federico Forneris, Maria Paola Paronetto, Michela Lupia, Chiara Brandas, Davide Pradella, Anna Di Matteo, Costanza Giampietro, Giovanna Jodice, Chiara Luise, Giovanni Bertalot, Stefano Freddi, Matteo Malinverno, Manuel Irimia, Jon D Moulton, James Summerton, Antonella Chiapparino, Carmen Ghilardi, Raffaella Giavazzi, Daniel Nyqvi
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 8, 2019, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.44305

A novel protein domain in an ancestral splicing factor drove the evolution of neural microexons

Autoren: Antonio Torres-Méndez, Sophie Bonnal, Yamile Marquez, Jonathan Roth, Marta Iglesias, Jon Permanyer, Isabel Almudí, Dave O’Hanlon, Tanit Guitart, Matthias Soller, Anne-Claude Gingras, Fátima Gebauer, Fabian Rentzsch, Benjamin J. Blencowe, Juan Valcárcel, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 3/4, 2019, Seite(n) 691-701, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Nature Ecology and Evolution
DOI: 10.1038/s41559-019-0813-6

Autism-like phenotype and risk gene mRNA deadenylation by CPEB4 mis-splicing

Autoren: Alberto Parras, Héctor Anta, María Santos-Galindo, Vivek Swarup, Ainara Elorza, José L. Nieto-González, Sara Picó, Ivó H. Hernández, Juan I. Díaz-Hernández, Eulàlia Belloc, Annie Rodolosse, Neelroop N. Parikshak, Olga Peñagarikano, Rafael Fernández-Chacón, Manuel Irimia, Pilar Navarro, Daniel H. Geschwind, Raúl Méndez, José J. Lucas
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 560/7719, 2018, Seite(n) 441-446, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0423-5

Srrm234, but not canonical SR and hnRNP proteins drive inclusion of Dscam exon 9 variable exons

Autoren: Pinar Ustaoglu, Irmgard U Haussmann, Hongzhi Liao, Antonio Torres-Mendez, Roland Arnold, Manuel Irimia, Matthias Soller
Veröffentlicht in: RNA, 2019, Seite(n) rna.071316.119, ISSN 1355-8382
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.071316.119

Matt : Unix tools for alternative splicing analysis

Autoren: André Gohr, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 35/1, 2018, Seite(n) 130-132, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty606

Other (2)

ExOrthist: a tool to infer exon orthologies at any evolutionary distance

Autoren: Yamile Márquez, Federica Mantica, Luca Cozzuto, Demian Burguera, Antonio Hermoso-Pulido, Julia Ponomarenko, Scott W. Roy, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.02.22.432358

Parallel evolution of a splicing program controlling neuronal excitability in flies and mammals

Autoren: Antonio Torres-Méndez, Sinziana Pop, Sophie Bonnal, Isabel Almudi, Alida Avola, Ruairí J V Roberts, Chiara Paolantoni, Ana Alcaina, Ane Martín-Anduaga, Irmgard U Haussmann, Violeta Morin, Fernando Casares, Matthias Soller, Sebastian Kadener, Jean-Yves Roignant, Lucia Prieto-Godino, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.02.24.432780