Objectif
In the last few years genome-wide association studies have revealed thousands of genetic variants associated to immune-mediated diseases, such as rheumatoid arthritis and Crohn's disease. Although it is evident that non-genetic factors can also trigger these diseases, presumably by interacting with the risk SNPs, we do not know what these factors are or how they affect risk-SNPs.
I hypothesize that environmental factors that increase disease risk also mediate the downstream molecular effects of disease-associated genetic variants. Since I am able to identify the downstream molecular effects of many risk-SNPs, and can identify molecular pathways regulated by specific exogenous factors like viral, bacterial or fungal stimuli, I now propose to combine these two approaches into a new analytical framework that will allow me to identify some of the exogenous factors that interact with risk-SNPs and together predispose to immune-mediated diseases.
My aim is to determine how exogenous triggers alter molecular pathways that are critical in immune-mediated diseases. For this we will generate single-cell RNA-seq data on white blood cells from 100 individuals (~1,000 cells per person) and conduct expression QTL analyses. We will then use this information to identify exogenous risk factors for immune-mediated diseases by re-analysing public RNA-seq data from >20,000 samples generated in the presence and absence of different (disease) stimuli.
This project is given direction by three developments by my research group: (1) our collection and integration of large functional genomics datasets, (2) our ability to develop computational frameworks for identifying the downstream consequences of SNPs using such datasets, and (3) my methodology to identify context-specific eQTLs.
This research will improve insight into the complex interplay between risk-SNPs and exogenous factors in modulating the molecular pathways that are crucial for the development of immune-mediated diseases.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences médicales et de la santé médecine clinique rhumatologie
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie mycologie
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule lipides
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
ERC-STG - Starting Grant
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2014-STG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
9713 GZ Groningen
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.