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Sequence and Function Relationships in Long Intervening Noncoding RNAs

Descripción del proyecto

Caracterización completa de los ARN no codificantes de cadena larga de intervención indefinidos

En 2003, el Proyecto Genoma Humano, una amplia colaboración multinacional y una de las empresas científicas más ambiciosas jamás emprendidas, produjo una secuencia genómica que representa más del 90  % del genoma humano. Tras decenios de investigaciones posteriores, ahora sabemos que la gran parte de nuestro ADN formada por regiones no codificadoras de proteínas, las llamadas regiones intergénicas, no son superfluas, sino que desempeñan funciones clave en la regulación génica. El proyecto lincSAFARI, financiado por el Consejo Europeo de Investigación, investigará la función o funciones de los ARN no codificantes de cadena larga de intervención (lincARN, por sus siglas en inglés) en la regulación génica durante la diferenciación celular. El equipo empleará la genómica comparativa, el fenotipado molecular cuantitativo y el cribado de alto rendimiento junto con la biología computacional para describir exhaustivamente lincRNA no caracterizados previamente.

Objetivo

It is now clear that many intergenic regions in eukaryotic genomes give rise to a range of processed and regulated transcripts that do not appear to code for functional proteins. A subset of these are long (>200 nt), capped and polyadenylated RNAs transcribed by RNA polymerase II and collectively called long intervening noncoding RNAs or lincRNAs. The recent estimates are that the human genome encodes >10,000 distinct lincRNAs, many of which show tissue-specific expression and are frequently dysregulated in human disease, including neurodegeneration.

Given the growing number of lincRNAs implicated in human disease or required for proper development, fundamental questions that need to be addressed are: Which lincRNAs are functional? How is functional information encoded in the lincRNA sequence? Is this information interpreted in the context of the mature or the nascent RNA? What are the identities and functional roles of specific sequence domains within lincRNA genes?

Our main hypothesis is that many lincRNA loci play key roles in gene regulation during cell differentiation, both via functionally important transcription events and post-transcriptionally, through the combined action of multiple short sequence domains. We will test this hypothesis using three complementary approaches – comparative genomics, detailed perturbations in mammalian cells followed by quantitative molecular phenotyping, and high-throughput screens for sequences able to carry out specific functions.

We propose an interdisciplinary approach combining computational, molecular and stem cell biology. Our methodology will be scalable, allowing us to tackle completely uncharacterized long RNAs and eventually zoom in and study their individual bases. Upon successful accomplishment of the program, we will delineate modes of action of numerous lincRNAs, report sequence patches that are functionally important and understand how specific bases and structures act in concert to drive lincRNA function.

Ámbito científico

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.

Régimen de financiación

ERC-STG - Starting Grant

Institución de acogida

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Aportación neta de la UEn
€ 1 500 000,00
Dirección
HERZL STREET 234
7610001 Rehovot
Israel

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Tipo de actividad
Higher or Secondary Education Establishments
Enlaces
Coste total
€ 1 500 000,00

Beneficiarios (1)