Projektbeschreibung
Vollständige Charakterisierung undefinierter langer, intervenierender nichtkodierender RNS
Im Jahr 2003 wurde im Rahmen des Humangenomprojekts, einer umfassenden multinationalen Zusammenarbeit und einem der ehrgeizigsten wissenschaftlichen Vorhaben aller Zeiten, eine Genomsequenz erstellt, die über 90 % des menschlichen Genoms umfasst. Nach jahrzehntelanger Forschung wissen wir heute, dass der sehr große Teil unserer DNS, der aus nicht-proteinkodierenden Regionen, den sogenannten intergenen Regionen, besteht, nicht überflüssig ist, sondern eine Schlüsselrolle bei der Genregulierung spielt. Das vom Europäischen Forschungsrat finanzierte Projekt lincSAFARI wird die Rolle(n) der langen intervenierenden nichtkodierenden RNS (lincRNA) bei der Genregulierung während der Zelldifferenzierung untersuchen. Das Team wird vergleichende Genomik, quantitative molekulare Phänotypisierung und Hochdurchsatz-Screening zusammen mit computergestützter Biologie einsetzen, um bisher uncharakterisierte lincRNA erschöpfend zu beschreiben.
Ziel
It is now clear that many intergenic regions in eukaryotic genomes give rise to a range of processed and regulated transcripts that do not appear to code for functional proteins. A subset of these are long (>200 nt), capped and polyadenylated RNAs transcribed by RNA polymerase II and collectively called long intervening noncoding RNAs or lincRNAs. The recent estimates are that the human genome encodes >10,000 distinct lincRNAs, many of which show tissue-specific expression and are frequently dysregulated in human disease, including neurodegeneration.
Given the growing number of lincRNAs implicated in human disease or required for proper development, fundamental questions that need to be addressed are: Which lincRNAs are functional? How is functional information encoded in the lincRNA sequence? Is this information interpreted in the context of the mature or the nascent RNA? What are the identities and functional roles of specific sequence domains within lincRNA genes?
Our main hypothesis is that many lincRNA loci play key roles in gene regulation during cell differentiation, both via functionally important transcription events and post-transcriptionally, through the combined action of multiple short sequence domains. We will test this hypothesis using three complementary approaches – comparative genomics, detailed perturbations in mammalian cells followed by quantitative molecular phenotyping, and high-throughput screens for sequences able to carry out specific functions.
We propose an interdisciplinary approach combining computational, molecular and stem cell biology. Our methodology will be scalable, allowing us to tackle completely uncharacterized long RNAs and eventually zoom in and study their individual bases. Upon successful accomplishment of the program, we will delineate modes of action of numerous lincRNAs, report sequence patches that are functionally important and understand how specific bases and structures act in concert to drive lincRNA function.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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(öffnet in neuem Fenster) ERC-2014-STG
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7610001 Rehovot
Israel