Substrate import at work: single-molecule studies of ABC transporters

Informations projet

SM-IMPORT

N° de convention de subvention: 638536

DOI 10.3030/638536

Projet clôturé

Date de signature de la CE 6 Mars 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 30 Juin 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 500 000,00

Contribution de l’UE € 1 500 000,00

Coordonné par

LUDWIG-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET MUENCHEN
Germany

Publications

Peer reviewed articles (21)

Single-Molecule Observation of Ligand Binding and Conformational Changes in FeuA

Auteurs: Marijn de Boer, Giorgos Gouridis, Yusran Abdillah Muthahari, Thorben Cordes
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 117/9, 2019, Page(s) 1642-1654, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2019.08.005

Conformational and dynamic plasticity in substrate-binding proteins underlies selective transport in ABC importers

Auteurs: Marijn de Boer, Giorgos Gouridis, Ruslan Vietrov, Stephanie L Begg, Gea K Schuurman-Wolters, Florence Husada, Nikolaos Eleftheriadis, Bert Poolman, Christopher A McDevitt, Thorben Cordes
Publié dans: eLife, Numéro 8, 2019, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.44652

FRET-based dynamic structural biology: Challenges, perspectives and an appeal for open-science practices

Auteurs: Eitan Lerner, Anders Barth, Jelle Hendrix, Benjamin Ambrose, Victoria Birkedal, Scott C Blanchard, Richard Börner, Hoi Sung Chung, Thorben Cordes, Timothy D Craggs, Ashok A Deniz, Jiajie Diao, Jingyi Fei, Ruben L Gonzalez, Irina V Gopich, Taekjip Ha, Christian A Hanke, Gilad Haran, Nikos S Hatzakis, Sungchul Hohng, Seok-Cheol Hong, Thorsten Hugel, Antonino Ingargiola, Chirlmin Joo, Achillefs N Ka
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60416

ColiCoords: A Python package for the analysis of bacterial fluorescence microscopy data

Auteurs: Jochem H. Smit, Yichen Li, Eliza M. Warszawik, Andreas Herrmann, Thorben Cordes
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 14/6, 2019, Page(s) e0217524, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0217524

Characterization of fluorescent proteins with intramolecular photostabilization

Auteurs: Sarah S. Henrikus; Konstantinos Tassis; Lei Zhang; Jasper H. M. van der Velde; Christian Gebhardt; Andreas Herrmann; Gregor Jung; Thorben Cordes
Publié dans: ChemBioChem, Numéro 1, 2021, Page(s) 1-2, ISSN 1439-7633
Éditeur: Wiley-VCH
DOI: 10.1101/2020.03.07.980722

Self-Healing Dyes—Keeping the Promise?

Auteurs: Michael Isselstein, Lei Zhang, Viktorija Glembockyte, Oliver Brix, Gonzalo Cosa, Philip Tinnefeld, Thorben Cordes
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numéro 11/11, 2020, Page(s) 4462-4480, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.9b03833

ABCE1 Controls Ribosome Recycling by an Asymmetric Dynamic Conformational Equilibrium

Auteurs: Giorgos Gouridis, Bianca Hetzert, Kristin Kiosze-Becker, Marijn de Boer, Holger Heinemann, Elina Nürenberg-Goloub, Thorben Cordes, Robert Tampé
Publié dans: Cell Reports, Numéro 28/3, 2019, Page(s) 723-734.e6, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2019.06.052

Toward dynamic structural biology: Two decades of single-molecule Förster resonance energy transfer

Auteurs: Eitan Lerner, Thorben Cordes, Antonino Ingargiola, Yazan Alhadid, SangYoon Chung, Xavier Michalet, Shimon Weiss
Publié dans: Science, Numéro 359/6373, 2018, Page(s) eaan1133, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aan1133

Konformationsbewegungen von aktiven Membrantransportern

Auteurs: Rebecca Mächtel, Christian Gebhardt, Thorben Cordes
Publié dans: BIOspektrum, Numéro 24/5, 2018, Page(s) 495-497, ISSN 0947-0867
Éditeur: Spektrum Akademischer Verlag GmbH
DOI: 10.1007/s12268-018-0945-2

Self-healing dyes for super-resolution fluorescence microscopy

Auteurs: Jasper H M van der Velde, Jochem H Smit, Elke Hebisch, Michiel Punter, Thorben Cordes
Publié dans: Journal of Physics D: Applied Physics, Numéro 52/3, 2019, Page(s) 034001, ISSN 0022-3727
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6463/aae752

On the impact of competing intra- and intermolecular triplet-state quenching on photobleaching and photoswitching kinetics of organic fluorophores

Auteurs: Jochem H. Smit, Jasper H. M. van der Velde, Jingyi Huang, Vanessa Trauschke, Sarah S. Henrikus, Si Chen, Nikolaos Eleftheriadis, Eliza M. Warszawik, Andreas Herrmann, Thorben Cordes
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 21/7, 2019, Page(s) 3721-3733, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8cp05063e

Precision and accuracy of single-molecule FRET measurements—a multi-laboratory benchmark study

Auteurs: Björn Hellenkamp, Sonja Schmid, Olga Doroshenko, Oleg Opanasyuk, Ralf Kühnemuth, Soheila Rezaei Adariani, Benjamin Ambrose, Mikayel Aznauryan, Anders Barth, Victoria Birkedal, Mark E. Bowen, Hongtao Chen, Thorben Cordes, Tobias Eilert, Carel Fijen, Christian Gebhardt, Markus Götz, Giorgos Gouridis, Enrico Gratton, Taekjip Ha, Pengyu Hao, Christian A. Hanke, Andreas Hartmann, Jelle Hendrix, Lass
Publié dans: Nature Methods, Numéro 15/9, 2018, Page(s) 669-676, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0085-0

Conformational dynamics of the ABC transporter McjD seen by single‐molecule FRET

Auteurs: Florence Husada, Kiran Bountra, Konstantinos Tassis, Marijn de Boer, Maria Romano, Sylvie Rebuffat, Konstantinos Beis, Thorben Cordes
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 37/21, 2018, Page(s) e100056, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018100056

Single-molecule FRET reveals the pre-initiation and initiation conformations of influenza virus promoter RNA

Auteurs: Nicole C. Robb, Aartjan J. W. te Velthuis, Ralph Wieneke, Robert Tampé, Thorben Cordes, Ervin Fodor, Achillefs N. Kapanidis
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro (2016) 44 (21): 10304-10315, 2016, Page(s) gkw884, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw884

A Quantitative Theoretical Framework For Protein-Induced Fluorescence Enhancement–Förster-Type Resonance Energy Transfer (PIFE-FRET)

Auteurs: Eitan Lerner, Evelyn Ploetz, Johannes Hohlbein, Thorben Cordes, Shimon Weiss
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 120/26, 2016, Page(s) 6401-6410, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03692

Förster resonance energy transfer and protein-induced fluorescence enhancement as synergetic multi-scale molecular rulers

Auteurs: Evelyn Ploetz, Eitan Lerner, Florence Husada, Martin Roelfs, SangYoon Chung, Johannes Hohlbein, Shimon Weiss, Thorben Cordes
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 6/1, 2016, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep33257

A simple and versatile design concept for fluorophore derivatives with intramolecular photostabilization

Auteurs: Jasper H. M. van der Velde, Jens Oelerich, Jingyi Huang, Jochem H. Smit, Atieh Aminian Jazi, Silvia Galiani, Kirill Kolmakov, Giorgos Guoridis, Christian Eggeling, Andreas Herrmann, Gerard Roelfes, Thorben Cordes
Publié dans: Nature Communications, Numéro 7, 2016, Page(s) 10144, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms10144

Caging and Photoactivation in Single-Molecule Förster Resonance Energy Transfer Experiments

Auteurs: Atieh Aminian Jazi, Evelyn Ploetz, Muhamad Arizki, Balasubramaniam Dhandayuthapani, Izabela Waclawska, Reinhard Krämer, Christine Ziegler, Thorben Cordes
Publié dans: Biochemistry, Numéro 56/14, 2017, Page(s) 2031-2041, ISSN 0006-2960
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.biochem.6b00916

Molecular structure, DNA binding mode, photophysical properties and recommendations for use of SYBR Gold

Auteurs: Pauline J Kolbeck, Willem Vanderlinden, Gerd Gemmecker, Christian Gebhardt, Martin Lehmann, Aidin Lak, Thomas Nicolaus, Thorben Cordes, Jan Lipfert
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49/9, 2021, Page(s) 5143-5158, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab265

Single‐molecule studies of conformational states and dynamics in the ABC importer OpuA

Auteurs: Konstantinos Tassis, Ruslan Vietrov, Matthijs Koning, Marijn Boer, Giorgos Gouridis, Thorben Cordes
Publié dans: FEBS Letters, Numéro 595/6, 2021, Page(s) 717-734, ISSN 0014-5793
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14026

An integrated transport mechanism of the maltose ABC importer

Auteurs: Rebecca Mächtel, Alessandra Narducci, Douglas A. Griffith, Thorben Cordes, Cédric Orelle
Publié dans: Research in Microbiology, Numéro 170/8, 2019, Page(s) 321-337, ISSN 0923-2508
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.resmic.2019.09.004