Substrate import at work: single-molecule studies of ABC transporters

Projektinformationen

SM-IMPORT

ID Finanzhilfevereinbarung: 638536

DOI 10.3030/638536

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 6 März 2015

Startdatum 1 September 2015

Enddatum 30 Juni 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 500 000,00

EU-Beitrag € 1 500 000,00

Koordiniert durch

LUDWIG-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET MUENCHEN
Germany

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (21)

Single-Molecule Observation of Ligand Binding and Conformational Changes in FeuA

Autoren: Marijn de Boer, Giorgos Gouridis, Yusran Abdillah Muthahari, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 117/9, 2019, Seite(n) 1642-1654, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2019.08.005

Conformational and dynamic plasticity in substrate-binding proteins underlies selective transport in ABC importers

Autoren: Marijn de Boer, Giorgos Gouridis, Ruslan Vietrov, Stephanie L Begg, Gea K Schuurman-Wolters, Florence Husada, Nikolaos Eleftheriadis, Bert Poolman, Christopher A McDevitt, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 8, 2019, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.44652

FRET-based dynamic structural biology: Challenges, perspectives and an appeal for open-science practices

Autoren: Eitan Lerner, Anders Barth, Jelle Hendrix, Benjamin Ambrose, Victoria Birkedal, Scott C Blanchard, Richard Börner, Hoi Sung Chung, Thorben Cordes, Timothy D Craggs, Ashok A Deniz, Jiajie Diao, Jingyi Fei, Ruben L Gonzalez, Irina V Gopich, Taekjip Ha, Christian A Hanke, Gilad Haran, Nikos S Hatzakis, Sungchul Hohng, Seok-Cheol Hong, Thorsten Hugel, Antonino Ingargiola, Chirlmin Joo, Achillefs N Ka
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 10, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60416

ColiCoords: A Python package for the analysis of bacterial fluorescence microscopy data

Autoren: Jochem H. Smit, Yichen Li, Eliza M. Warszawik, Andreas Herrmann, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 14/6, 2019, Seite(n) e0217524, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0217524

Characterization of fluorescent proteins with intramolecular photostabilization

Autoren: Sarah S. Henrikus; Konstantinos Tassis; Lei Zhang; Jasper H. M. van der Velde; Christian Gebhardt; Andreas Herrmann; Gregor Jung; Thorben Cordes
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) 1-2, ISSN 1439-7633
Herausgeber: Wiley-VCH
DOI: 10.1101/2020.03.07.980722

Self-Healing Dyes—Keeping the Promise?

Autoren: Michael Isselstein, Lei Zhang, Viktorija Glembockyte, Oliver Brix, Gonzalo Cosa, Philip Tinnefeld, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Ausgabe 11/11, 2020, Seite(n) 4462-4480, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.9b03833

ABCE1 Controls Ribosome Recycling by an Asymmetric Dynamic Conformational Equilibrium

Autoren: Giorgos Gouridis, Bianca Hetzert, Kristin Kiosze-Becker, Marijn de Boer, Holger Heinemann, Elina Nürenberg-Goloub, Thorben Cordes, Robert Tampé
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 28/3, 2019, Seite(n) 723-734.e6, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2019.06.052

Toward dynamic structural biology: Two decades of single-molecule Förster resonance energy transfer

Autoren: Eitan Lerner, Thorben Cordes, Antonino Ingargiola, Yazan Alhadid, SangYoon Chung, Xavier Michalet, Shimon Weiss
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 359/6373, 2018, Seite(n) eaan1133, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aan1133

Konformationsbewegungen von aktiven Membrantransportern

Autoren: Rebecca Mächtel, Christian Gebhardt, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: BIOspektrum, Ausgabe 24/5, 2018, Seite(n) 495-497, ISSN 0947-0867
Herausgeber: Spektrum Akademischer Verlag GmbH
DOI: 10.1007/s12268-018-0945-2

Self-healing dyes for super-resolution fluorescence microscopy

Autoren: Jasper H M van der Velde, Jochem H Smit, Elke Hebisch, Michiel Punter, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: Journal of Physics D: Applied Physics, Ausgabe 52/3, 2019, Seite(n) 034001, ISSN 0022-3727
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6463/aae752

On the impact of competing intra- and intermolecular triplet-state quenching on photobleaching and photoswitching kinetics of organic fluorophores

Autoren: Jochem H. Smit, Jasper H. M. van der Velde, Jingyi Huang, Vanessa Trauschke, Sarah S. Henrikus, Si Chen, Nikolaos Eleftheriadis, Eliza M. Warszawik, Andreas Herrmann, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: Physical Chemistry Chemical Physics, Ausgabe 21/7, 2019, Seite(n) 3721-3733, ISSN 1463-9076
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8cp05063e

Precision and accuracy of single-molecule FRET measurements—a multi-laboratory benchmark study

Autoren: Björn Hellenkamp, Sonja Schmid, Olga Doroshenko, Oleg Opanasyuk, Ralf Kühnemuth, Soheila Rezaei Adariani, Benjamin Ambrose, Mikayel Aznauryan, Anders Barth, Victoria Birkedal, Mark E. Bowen, Hongtao Chen, Thorben Cordes, Tobias Eilert, Carel Fijen, Christian Gebhardt, Markus Götz, Giorgos Gouridis, Enrico Gratton, Taekjip Ha, Pengyu Hao, Christian A. Hanke, Andreas Hartmann, Jelle Hendrix, Lass
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15/9, 2018, Seite(n) 669-676, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0085-0

Conformational dynamics of the ABC transporter McjD seen by single‐molecule FRET

Autoren: Florence Husada, Kiran Bountra, Konstantinos Tassis, Marijn de Boer, Maria Romano, Sylvie Rebuffat, Konstantinos Beis, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 37/21, 2018, Seite(n) e100056, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018100056

Single-molecule FRET reveals the pre-initiation and initiation conformations of influenza virus promoter RNA

Autoren: Nicole C. Robb, Aartjan J. W. te Velthuis, Ralph Wieneke, Robert Tampé, Thorben Cordes, Ervin Fodor, Achillefs N. Kapanidis
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe (2016) 44 (21): 10304-10315, 2016, Seite(n) gkw884, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw884

A Quantitative Theoretical Framework For Protein-Induced Fluorescence Enhancement–Förster-Type Resonance Energy Transfer (PIFE-FRET)

Autoren: Eitan Lerner, Evelyn Ploetz, Johannes Hohlbein, Thorben Cordes, Shimon Weiss
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry B, Ausgabe 120/26, 2016, Seite(n) 6401-6410, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03692

Förster resonance energy transfer and protein-induced fluorescence enhancement as synergetic multi-scale molecular rulers

Autoren: Evelyn Ploetz, Eitan Lerner, Florence Husada, Martin Roelfs, SangYoon Chung, Johannes Hohlbein, Shimon Weiss, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 6/1, 2016, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep33257

A simple and versatile design concept for fluorophore derivatives with intramolecular photostabilization

Autoren: Jasper H. M. van der Velde, Jens Oelerich, Jingyi Huang, Jochem H. Smit, Atieh Aminian Jazi, Silvia Galiani, Kirill Kolmakov, Giorgos Guoridis, Christian Eggeling, Andreas Herrmann, Gerard Roelfes, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 7, 2016, Seite(n) 10144, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms10144

Caging and Photoactivation in Single-Molecule Förster Resonance Energy Transfer Experiments

Autoren: Atieh Aminian Jazi, Evelyn Ploetz, Muhamad Arizki, Balasubramaniam Dhandayuthapani, Izabela Waclawska, Reinhard Krämer, Christine Ziegler, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: Biochemistry, Ausgabe 56/14, 2017, Seite(n) 2031-2041, ISSN 0006-2960
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.biochem.6b00916

Molecular structure, DNA binding mode, photophysical properties and recommendations for use of SYBR Gold

Autoren: Pauline J Kolbeck, Willem Vanderlinden, Gerd Gemmecker, Christian Gebhardt, Martin Lehmann, Aidin Lak, Thomas Nicolaus, Thorben Cordes, Jan Lipfert
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 49/9, 2021, Seite(n) 5143-5158, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab265

Single‐molecule studies of conformational states and dynamics in the ABC importer OpuA

Autoren: Konstantinos Tassis, Ruslan Vietrov, Matthijs Koning, Marijn Boer, Giorgos Gouridis, Thorben Cordes
Veröffentlicht in: FEBS Letters, Ausgabe 595/6, 2021, Seite(n) 717-734, ISSN 0014-5793
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14026

An integrated transport mechanism of the maltose ABC importer

Autoren: Rebecca Mächtel, Alessandra Narducci, Douglas A. Griffith, Thorben Cordes, Cédric Orelle
Veröffentlicht in: Research in Microbiology, Ausgabe 170/8, 2019, Seite(n) 321-337, ISSN 0923-2508
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.resmic.2019.09.004