MELanoma GENetics - understanding and biomarking the genetic and immunological determinants of melanoma survival | MELGEN | Project | Results | H2020 | CORDIS

Leistungen

D6.2

Recruitment of all ESRs

D6.1

Appointment of a project manager

D5.5

15 completed PhD examinations

D7.1

Updated outreach plan

D5.6

A policy document about structured melanoma research training within Europe on the website

D7.5

Final report and case study placed on the MELGEN website

D3.6

Published papers on approaches to statistical/bioinformatics approaches to data

Veröffentlichungen

β-Catenin–mediated immune evasion pathway frequently operates in primary cutaneous melanomas

Autoren: Jérémie Nsengimana, Jon Laye, Anastasia Filia, Sally O’Shea, Sathya Muralidhar, Joanna Poźniak, Alastair Droop, May Chan, Christy Walker, Louise Parkinson, Joanne Gascoyne, Tracey Mell, Minttu Polso, Rosalyn Jewell, Juliette Randerson-Moor, Graham P. Cook, D. Timothy Bishop, Julia Newton-Bishop
Veröffentlicht in: Journal of Clinical Investigation, Ausgabe 128/5, 2018, Seite(n) 2048-2063, ISSN 0021-9738
Herausgeber: American Society for Clinical Investigation
DOI: 10.1172/JCI95351

Identification of a gene signature for discriminating metastatic from primary melanoma using a molecular interaction network approach

Autoren: Rahul Metri, Abhilash Mohan, Jérémie Nsengimana, Joanna Pozniak, Carmen Molina-Paris, Julia Newton-Bishop, David Bishop, Nagasuma Chandra
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, Seite(n) 17314, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-17330-0

MX 2 is a novel regulator of cell cycle in melanoma cells

Autoren: Marina Juraleviciute, Joanna Pozniak, Jérémie Nsengimana, Mark Harland, Juliette Randerson‐Moor, Patrik Wernhoff, Assia Bassarova, Geir Frode Øy, Gunhild Trøen, Vivi Ann Flørenes, David Timothy Bishop, Meenhard Herlyn, Julia Newton‐Bishop, Ana Slipicevic
Veröffentlicht in: Pigment Cell & Melanoma Research, 2019, ISSN 1755-1471
Herausgeber: Basil Blackwell
DOI: 10.1111/pcmr.12837

Genetic and Environmental Determinants of Immune Response to Cutaneous Melanoma

Autoren: Joanna Poźniak, Jérémie Nsengimana, Jonathan P. Laye, Sally J. O’Shea, Joey Mark S. Diaz, Alastair P. Droop, Anastasia Filia, Mark Harland, John R. Davies, Tracey Mell, Juliette A. Randerson-Moor, Sathya Muralidhar, Sabrina A. Hogan, Sandra Nicole Freiberger, Mitchell P. Levesque, Graham P. Cook, D. Timothy Bishop, Julia Newton-Bishop
Veröffentlicht in: Cancer Research, Ausgabe 79/10, 2019, Seite(n) 2684-2696, ISSN 0008-5472
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-18-2864

Vitamin D–VDR Signaling Inhibits Wnt/β-Catenin–Mediated Melanoma Progression and Promotes Antitumor Immunity

Autoren: Sathya Muralidhar, Anastasia Filia, Jérémie Nsengimana, Joanna Poźniak, Sally J. O'Shea, Joey M. Diaz, Mark Harland, Juliette A. Randerson-Moor, Jörg Reichrath, Jonathan P. Laye, Louise van der Weyden, David J. Adams, D.T. Bishop, Julia Newton-Bishop
Veröffentlicht in: Cancer Research, Ausgabe 79/23, 2019, Seite(n) 5986-5998, ISSN 0008-5472
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-18-3927

High-Resolution Copy Number Patterns From Clinically Relevant FFPE Material

Autoren: Anastasia Filia, Alastair Droop, Mark Harland, Helene Thygesen, Juliette Randerson-Moor, Helen Snowden, Claire Taylor, Joey Mark S. Diaz, Joanna Pozniak, Jérémie Nsengimana, Jon Laye, Julia A. Newton-Bishop, D. Timothy Bishop
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-45210-2

Transcriptomic Analysis Reveals Prognostic Molecular Signatures of Stage I Melanoma

Autoren: Rohit Thakur, Jonathan P. Laye, Martin Lauss, Joey Mark S. Diaz, Sally Jane O'Shea, Joanna Poźniak, Anastasia Filia, Mark Harland, Joanne Gascoyne, Juliette A. Randerson-Moor, May Chan, Tracey Mell, Göran Jönsson, D. Timothy Bishop, Julia Newton-Bishop, Jennifer H. Barrett, Jérémie Nsengimana
Veröffentlicht in: Clinical Cancer Research, Ausgabe 25/24, 2019, Seite(n) 7424-7435, ISSN 1078-0432
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-18-3659

Application of Circulating Cell-Free Tumor DNA Profiles for Therapeutic Monitoring and Outcome Prediction in Genetically Heterogeneous Metastatic Melanoma

Autoren: Renáta Váraljai, Kilian Wistuba-Hamprecht, Teofila Seremet, Joey Mark S. Diaz, Jérémie Nsengimana, Antje Sucker, Klaus Griewank, Jan-Malte Placke, Peter A. Horn, Nils von Neuhoff, Batool Shannan, Heike Chauvistré, Felix C. E. Vogel, Susanne Horn, Jürgen C. Becker, Julia Newton-Bishop, Andreas Stang, Bart Neyns, Benjamin Weide, Dirk Schadendorf, Alexander Roesch
Veröffentlicht in: JCO Precision Oncology, Ausgabe 3, 2019, Seite(n) 1-10, ISSN 2473-4284
Herausgeber: American Society of Clinical Oncology
DOI: 10.1200/po.18.00229

Plasma Next Generation Sequencing and Droplet Digital-qPCR-Based Quantification of Circulating Cell-Free RNA for Noninvasive Early Detection of Cancer

Autoren: Metzenmacher, Váraljai, Hegedüs, Cima, Forster, Schramm, Scheffler, Horn, Klein, Szarvas, Reis, Bielefeld, Roesch, Aigner, Kunzmann, Wiesweg, Siveke, Schuler, Lueong
Veröffentlicht in: Cancers, Ausgabe 12/2, 2020, Seite(n) 353, ISSN 2072-6694
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers12020353

MEK inhibition and immune responses in advanced melanoma

Autoren: Reinhard Dummer, Egle Ramelyte, Sabrina Schindler, Olaf Thürigen, Mitchell P. Levesque, Peter Koelblinger
Veröffentlicht in: OncoImmunology, Ausgabe 6/8, 2017, Seite(n) e1335843, ISSN 2162-402X
Herausgeber: Taylor & Francis Group
DOI: 10.1080/2162402X.2017.1335843

Melanoma Immunotherapy: Next-Generation Biomarkers

Autoren: Sabrina A. Hogan, Mitchell P. Levesque, Phil F. Cheng
Veröffentlicht in: Frontiers in Oncology, Ausgabe 8, 2018, ISSN 2234-943X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2018.00178

Peripheral Blood TCR Repertoire Profiling May Facilitate Patient Stratification for Immunotherapy against Melanoma

Autoren: Sabrina A. Hogan, Anaïs Courtier, Phil F. Cheng, Nicoletta F. Jaberg-Bentele, Simone M. Goldinger, Manuarii Manuel, Solène Perez, Nadia Plantier, Jean-François Mouret, Thi Dan Linh Nguyen-Kim, Marieke I.G. Raaijmakers, Pia Kvistborg, Nicolas Pasqual, John B.A.G. Haanen, Reinhard Dummer, Mitchell P. Levesque
Veröffentlicht in: Cancer Immunology Research, Ausgabe 7/1, 2019, Seite(n) 77-85, ISSN 2326-6066
Herausgeber: American Association for Cancer Research Inc.
DOI: 10.1158/2326-6066.CIR-18-0136

Assessing a single SNP located at TERT/CLPTM1L multi-cancer risk region as a genetic modifier for risk of pancreatic cancer and melanoma in Dutch CDKN2A mutation carriers

Autoren: E. Christodoulou, M. Visser, T. P. Potjer, N. van der Stoep, M. Rodríguez-Girondo, R. van Doorn, N. Gruis
Veröffentlicht in: Familial Cancer, Ausgabe 18/4, 2019, Seite(n) 439-444, ISSN 1389-9600
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10689-019-00137-5

NEK11 as a candidate high-penetrance melanoma susceptibility gene

Autoren: Eirini Christodoulou, Remco van Doorn, Mijke Visser, Amina Teunisse, Mieke Versluis, Pieter van der Velden, Nicholas K Hayward, Aart Jochemsen, Nelleke Gruis
Veröffentlicht in: Journal of Medical Genetics, Ausgabe 57/3, 2020, Seite(n) 203-210, ISSN 0022-2593
Herausgeber: British Medical Association
DOI: 10.1136/jmedgenet-2019-106134

A novel germline variant in the DOT1L gene co-segregating in a Dutch family with a history of melanoma

Autoren: Catarina Salgado, Eliza Mari Kwesi-Maliepaard, Aart G. Jochemsen, Mijke Visser, Mark Harland, Fred van Leeuwen, Remco van Doorn, Nelleke Gruis
Veröffentlicht in: Melanoma Research, Ausgabe 29/6, 2019, Seite(n) 582-589, ISSN 0960-8931
Herausgeber: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1097/cmr.0000000000000640

Genome‐wide characterization of 5‐hydoxymethylcytosine in melanoma reveals major differences with nevus

Autoren: Catarina Salgado, Jan Oosting, Bart Janssen, Rajiv Kumar, Nelleke Gruis, Remco Doorn
Veröffentlicht in: Genes, Chromosomes and Cancer, 2020, ISSN 1045-2257
Herausgeber: Wiley-Liss Inc
DOI: 10.1002/gcc.22837

Tertiary lymphoid structures improve immunotherapy and survival in melanoma

Autoren: Rita Cabrita, Martin Lauss, Adriana Sanna, Marco Donia, Mathilde Skaarup Larsen, Shamik Mitra, Iva Johansson, Bengt Phung, Katja Harbst, Johan Vallon-Christersson, Alison van Schoiack, Kristina Lövgren, Sarah Warren, Karin Jirström, Håkan Olsson, Kristian Pietras, Christian Ingvar, Karolin Isaksson, Dirk Schadendorf, Henrik Schmidt, Lars Bastholt, Ana Carneiro, Jennifer A. Wargo, Inge Marie Sva
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 577/7791, 2020, Seite(n) 561-565, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1914-8

High-dimensional single-cell analysis predicts response to anti-PD-1 immunotherapy

Autoren: Carsten Krieg, Malgorzata Nowicka, Silvia Guglietta, Sabrina Schindler, Felix J Hartmann, Lukas M Weber, Reinhard Dummer, Mark D Robinson, Mitchell P Levesque, Burkhard Becher
Veröffentlicht in: Nature Medicine, Ausgabe 24/2, 2018, Seite(n) 144-153, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nm.4466

The safety of anti PD-1 therapeutics for the treatment of melanoma

Autoren: Egle Ramelyte, Sabrina A. Schindler, Reinhard Dummer
Veröffentlicht in: Expert Opinion on Drug Safety, Ausgabe 16/1, 2016, Seite(n) 41-53, ISSN 1474-0338
Herausgeber: Ashley Publications Ltd.
DOI: 10.1080/14740338.2016.1248402

Tumor genetic heterogeneity analysis of chronic sun‐damaged melanoma

Autoren: Adriana Sanna, Katja Harbst, Iva Johansson, Gustav Christensen, Martin Lauss, Shamik Mitra, Frida Rosengren, Jari Häkkinen, Johan Vallon‐Christersson, Håkan Olsson, Åsa Ingvar, Karolin Isaksson, Christian Ingvar, Kari Nielsen, Göran Jönsson
Veröffentlicht in: Pigment Cell & Melanoma Research, 2019, ISSN 1755-1471
Herausgeber: Basil Blackwell
DOI: 10.1111/pcmr.12851

Mutational and putative neoantigen load predict clinical benefit of adoptive T cell therapy in melanoma

Autoren: Martin Lauss, Marco Donia, Katja Harbst, Rikke Andersen, Shamik Mitra, Frida Rosengren, Maryem Salim, Johan Vallon-Christersson, Therese Törngren, Anders Kvist, Markus Ringnér, Inge Marie Svane, Göran Jönsson
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8/1, 2017, Seite(n) 1738, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01460-0

The X-Linked DDX3X RNA Helicase Dictates Translation Reprogramming and Metastasis in Melanoma

Autoren: Bengt Phung, Maciej Cieśla, Adriana Sanna, Nicola Guzzi, Giulia Beneventi, Phuong Cao Thi Ngoc, Martin Lauss, Rita Cabrita, Eugenia Cordero, Ana Bosch, Frida Rosengren, Jari Häkkinen, Klaus Griewank, Annette Paschen, Katja Harbst, Håkan Olsson, Christian Ingvar, Ana Carneiro, Hensin Tsao, Dirk Schadendorf, Kristian Pietras, Cristian Bellodi, Göran Jönsson
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 27/12, 2019, Seite(n) 3573-3586.e7, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2019.05.069

Improved survival prognostication of node-positive malignant melanoma patients utilizing shotgun proteomics guided by histopathological characterization and genomic data

Autoren: Lazaro Hiram Betancourt, Krzysztof Pawłowski, Jonatan Eriksson, A. Marcell Szasz, Shamik Mitra, Indira Pla, Charlotte Welinder, Henrik Ekedahl, Per Broberg, Roger Appelqvist, Maria Yakovleva, Yutaka Sugihara, Kenichi Miharada, Christian Ingvar, Lotta Lundgren, Bo Baldetorp, Håkan Olsson, Melinda Rezeli, Elisabet Wieslander, Peter Horvatovich, Johan Malm, Göran Jönsson, György Marko-Varga
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-41625-z

Genome-wide analysis of constitutional DNA methylation in familial melanoma

Autoren: Catarina Salgado, Nelleke Gruis, Bastiaan T. Heijmans, Jan Oosting, Remco van Doorn
Veröffentlicht in: Clinical Epigenetics, Ausgabe 12/1, 2020, ISSN 1868-7075
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1186/s13148-020-00831-7

Analysis of DNA methylation patterns in the tumor immune microenvironment of metastatic melanoma

Autoren: Shamik Mitra, Martin Lauss, Rita Cabrita, Jiyeon Choi, Tongwu Zhang, Karolin Isaksson, Håkan Olsson, Christian Ingvar, Ana Carneiro, Johan Staaf, Markus Ringnér, Kari Nielsen, Kevin M. Brown, Göran Jönsson
Veröffentlicht in: Molecular Oncology, 2020, ISSN 1574-7891
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1878-0261.12663

The Role of PTEN Loss in Immune Escape, Melanoma Prognosis and Therapy Response

Autoren: Rita Cabrita, Shamik Mitra, Adriana Sanna, Henrik Ekedahl, Kristina Lövgren, Håkan Olsson, Christian Ingvar, Karolin Isaksson, Martin Lauss, Ana Carneiro, Göran Jönsson
Veröffentlicht in: Cancers, Ausgabe 12/3, 2020, Seite(n) 742, ISSN 2072-6694
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers12030742

Frequent GNAQ, GNA11 , and EIF1AX Mutations in Iris Melanoma

Autoren: Simone L. Scholz, Inga Möller, Henning Reis, Daniela Süßkind, Johannes A. P. van de Nes, Sonia Leonardelli, Bastian Schilling, Elisabeth Livingstone, Tobias Schimming, Annette Paschen, Antje Sucker, Rajmohan Murali, Klaus-Peter Steuhl, Dirk Schadendorf, Henrike Westekemper, Klaus G. Griewank
Veröffentlicht in: Investigative Opthalmology & Visual Science, Ausgabe 58/9, 2017, Seite(n) 3464, ISSN 1552-5783
Herausgeber: ARVO
DOI: 10.1167/iovs.17-21838

PO-493 ctDNA profiles of metastatic melanoma patients under therapy

Autoren: R Varaljai, N Von Neuhoff, A Sucker, J Newton-Bishop, D Schadendorf, A Roesch
Veröffentlicht in: Poster Presentation: Translational Research, Ausgabe 3 (Suppl 2), 2018, Seite(n) A423.1-A423
Herausgeber: BMJ Publishing Group Ltd
DOI: 10.1136/esmoopen-2018-eacr25.995

PO-399 Tumour CDKN2A loss predisposes to immunotherapy resistance

Autoren: S Leonardelli, S Horn, A Sucker, D Schadendorf, K Griewank, A Paschen
Veröffentlicht in: Genomic Alterations in Cancer, Ausgabe 3 (Suppl 2), 2018, Seite(n) A386.1-A386
Herausgeber: BMJ Publishing Group Ltd
DOI: 10.1136/esmoopen-2018-eacr25.911

Abstract 5372: The mutational landscape of primary cutaneous melanoma

Autoren: Sofia Y. Chen, Rashid Mamunur, Jon Laye, D. Timothy Bishop, Julia A. Newton-Bishop, David J. Adams
Veröffentlicht in: Molecular and Cellular Biology / Genetics, Ausgabe 78(13 Suppl), 2018, Seite(n) 5372-5372
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1538-7445.am2018-5372

Abstract 5204: MYC expression and smoking as drivers of failure of immune response to melanoma

Autoren: Joanna Pozniak, Jeremie Nsengimana, Jon Laye, Sally O'Shea, Sabrina Schindler, Mitch Levesque, Tim Bishop, Julia Newton-Bishop
Veröffentlicht in: Tumor Biology, Ausgabe 78(13 Suppl), 2018, Seite(n) 5204-5204
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1538-7445.am2018-5204

SMR Congress 2017 abstracts

Autoren: Abstracts from ESRs: Marina Juraleviciute, Sabrina Schindler
Veröffentlicht in: Pigment Cell & Melanoma Research, Ausgabe 31/1, 2018, Seite(n) 125-230, ISSN 1755-1471
Herausgeber: Basil Blackwell
DOI: 10.1111/pcmr.12656

ctDNA as a noninvasive monitoring tool in metastatic melanoma.

Autoren: Renata Varaljai, Kilian Wistuba-Hamprecht, Teofila Seremet, Joey Mark Santiago Diaz, Jeremie Nsengimana, Antje Sucker, Klaus Griewank, Peter Horn, Nils von Neuhoff, Batool Shannan, Heike Chauvistré, Felix Christian Eduard Vogel, Susanne Horn, Jürgen C. Becker, Julia Newton-Bishop, Andreas Stang, Bart Neyns, Benjamin Weide, Dirk Schadendorf, Alexander Roesch
Veröffentlicht in: Journal of Clinical Oncology, Ausgabe 37/15_suppl, 2019, Seite(n) 9548-9548, ISSN 0732-183X
Herausgeber: American Society of Clinical Oncology
DOI: 10.1200/jco.2019.37.15_suppl.9548

45th Annual Meeting of the Arbeitsgemeinschaft Dermatologische Forschung (ADF) Zurich, Switzerland, March 7-10, 2018

Autoren: R. Varaljai, N. Neuhoff, A. Sucker, J. Newton‐Bishop, D. Schadendorf, A. Roesch
Veröffentlicht in: Experimental Dermatology, Ausgabe 27/3, 2018, Seite(n) e2-e106, ISSN 0906-6705
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/exd.13486

SMR Congress 2018 Abstracts

Autoren: Multiple abstracts from multiple ESRs: Joanna Pozniak, Sathya Muralidhar, Rohit Thakur, Joey Mark Diaz, Shamik Mitra, Adriana Sanna, Rita Cabrita, Sonia Leonardelli, Ishani Banik
Veröffentlicht in: Pigment Cell & Melanoma Research, Ausgabe 32/1, 2018, Seite(n) 92-172, ISSN 1755-1471
Herausgeber: Basil Blackwell
DOI: 10.1111/pcmr.12738

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