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Global models for protein secretion and secretion stress progression.
Supervisory board of the network establishedSupervisory board of the network established for all partners
Model for protein trafficking through the secretory pathwayModel for protein trafficking through the secretory pathway.
List of common and critical conditions that are relevant during industrial fermentation processesNew method for predicting membrane protein complexes
New method for predicting membrane protein complexes.
First quantitative data for selected membrane proteinsMembrane proteome data sets for B. subtilis + E. coli under all growth regimes
Membrane proteome data sets for B. subtilis + E. coli under all growth regimes.
Secretion bottlenecks identifiedGlobal quantitative analysis of membrane proteome
Global quantitative analysis of membrane proteome.
Definition of protein production stress responses in E. coliDefinition of protein production stress responses in E. coli.
Refined regulatory model including membrane proteins validated with proteomics dataRefined regulatory model including membrane proteins validated with proteomics data.
New algorithms that predict inter-helix pairings in membrane proteinsNew algorithms that predict inter-helix pairings in membrane proteins.
Established model for secretion stress onsetEstablished model for secretion stress onset.
Validated membrane protein complexes and their dynamicsValidated membrane protein complexes and their dynamics.
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Publications
Auteurs:
Nepal S, Maaß S, Grasso S, Cavallo FM, Bartel J, Becher D, Bathoorn E, van Dijl JM
Publié dans:
Antibiotics (Basel), Numéro 10.5, 2021, Page(s) 501, ISSN 2079-6382
Éditeur:
MDPI
DOI:
10.3390/antibiotics10050501
Auteurs:
Nicolaus, F., Metola, A., Mermans, D., Liljenström, A., Krč, A., Abdullahi, S. M., Zimmer, M., Miller Iii, T. F., & von Heijne, G
Publié dans:
eLife, Numéro 10, 2021, Page(s) 64302, ISSN 2050-084X
Éditeur:
eLife Sciences Publications
DOI:
10.7554/elife.64302
Auteurs:
Alexandros Karyolaimos1†, Katarzyna Magdalena Dolata2†, Minia Antelo-Varela2†, Anna Mestre Borras1, Rageia Elfageih1, Susanne Sievers2, Dörte Becher2, Katharina Riedel2 and Jan-Willem de Gier
Publié dans:
Front Bioeng Biotech, 2020, Page(s) 465, ISSN 2296-4185
Éditeur:
Frontiers Media S.A.
DOI:
10.3389/fbioe.2019.00465
Auteurs:
Alexandros Karyolaimos1†, Henry Ampah-Korsah1†, Tamara Hillenaar1, Anna Mestre Borras1, Katarzyna Magdalena Dolata2, Susanne Sievers2, Katharina Riedel2, Robert Daniels1 and Jan-Willem de Gier1*
Publié dans:
Front Bioeng Biotech, 2019, Page(s) 1511, ISSN 1664-302X
Éditeur:
Frontiers Media
DOI:
10.3389/fmicb.2019.01511
Auteurs:
Antelo-Varela M, Bartel J, Quesada-Ganuza A, Appel K, Bernal-Cabas M, Sura T, Otto A, Rasmussen M, van Dijl JM, Nielsen A, Maaß S, Becher D
Publié dans:
Anal Chem, Numéro 91(18), 2019, Page(s) 11972-11980, ISSN 0003-2700
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.analchem.9b02869
Auteurs:
Gabarrini G, Grasso S, van Winkelhoff AJ, van Dijl JM
Publié dans:
Brief Bioinformation, Numéro 22(4), 2021, Page(s) 302, ISSN 1477-4054
Éditeur:
Oxford Academic
DOI:
10.1093/bib/bbaa302
Auteurs:
Aguilar Suárez R, Antelo-Varela M, Maaß S, Neef J, Becher D, van Dijl JM
Publié dans:
mSystems, Numéro 6(6), 2021, Page(s) e0065521, ISSN 2379-5077
Éditeur:
ASM Journals
DOI:
10.1128/msystems.00655-21
Auteurs:
Mekonnen SA, Palma Medina LM, Glasner C, Tsompanidou E, de Jong A, Grasso S, Schaffer M, Mäder U, Larsen AR, Gumpert H, Westh H, Völker U, Otto A, Becher D, van Dijl JM
Publié dans:
Virulence, Numéro 18(6), 2017, Page(s) 891-907, ISSN 2150-5594
Éditeur:
Landes Bioscience
DOI:
10.1080/21505594.2017.1325064
Auteurs:
Alexandros Karyolaimos and Jan-Willem de Gier
Publié dans:
Front Bioeng Biotech, 2021, Page(s) 797334, ISSN 2296-4185
Éditeur:
Frontiers Media S.A.
DOI:
10.3389/fbioe.2021.797334
Auteurs:
Bernal-Cabas M, Miethke M, Antelo-Varela M, Aguilar Suárez R, Neef J, Schön L, Gabarrini G, Otto A, Becher D, Wolf D, van Dijl JM
Publié dans:
Biochim Biophys Acta Mol Cell Res, Numéro 1867(8), 2020, Page(s) 19, ISSN 2079-6382
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.bbamcr.2020.118719
Auteurs:
George A. Sutherland, Katie J. Grayson, Nathan B. P. Adams, Daphne M. J. Mermans, Alexander S. Jones, Angus J. Robertson, Dirk B. Auman, Amanda A. Brindley, Fabio Sterpone, Pierre Tuffery, Philippe Derreumaux, P. Leslie Dutton, Colin Robinson, Andrew Hitchcock, C. Neil Hunter
Publié dans:
Journal of Biological Chemistry, Numéro 293/18, 2018, Page(s) 6672-6681, ISSN 0021-9258
Éditeur:
American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI:
10.1074/jbc.ra117.000880
Auteurs:
Katarzyna M. Dolata, Isabel Guerrero Montero, Wayne Miller, Susanne Sievers, Thomas Sura, Christian Wolff, Rabea Schlüter, Katharina Riedel, Colin Robinson
Publié dans:
Microbiological Research, Numéro 218, 2019, Page(s) 97-107, ISSN 0944-5013
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.micres.2018.10.008
Auteurs:
Isabel Guerrero Montero, Katarzyna Magdalena Dolata, Rabea Schlüter, Gilles Malherbe, Susanne Sievers, Daniela Zühlke, Thomas Sura, Emma Dave, Katharina Riedel, Colin Robinson
Publié dans:
Microbial Cell Factories, Numéro 18/1, 2019, ISSN 1475-2859
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-019-1071-7
Auteurs:
Grietje Kuipers, Alexandros Karyolaimos, Zhe Zhang, Nurzian Ismail, Gianluca Trinco, David Vikström, Dirk Jan Slotboom, Jan-Willem de Gier
Publié dans:
Microbial Cell Factories, Numéro 16/1, 2017, ISSN 1475-2859
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-017-0840-4
Auteurs:
Suruchi Nepal, Florian Bonn, Stefano Grasso, Tim Stobernack, Anne de Jong, Kai Zhou, Ronald Wedema, Sigrid Rosema, Dörte Becher, Andreas Otto, John W. Rossen, Jan Maarten van Dijl, Erik Bathoorn
Publié dans:
Virulence, Numéro 9/1, 2018, Page(s) 1377-1389, ISSN 2150-5594
Éditeur:
Landes Bioscience
DOI:
10.1080/21505594.2018.1509666
Auteurs:
Henriques G, McGovern S, Neef J, Antelo-Varela M, Götz F, Otto A, Becher D, van Dijl JM, Jules M, Delumeau O
Publié dans:
mSphere, Numéro 5(5), 2020, Page(s) 00724-20, ISSN 2379-5042
Éditeur:
ASM Journals
DOI:
10.1128/msphere.00724-20
Auteurs:
Nicolaus, F., Ibrahimi, F., den Besten, A., & von Heijne, G
Publié dans:
FEBS letters, Numéro 10.1002, 2022, ISSN 0014-5793
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1002/1873-3468.14286
Auteurs:
Prajapati B, Bernal-Cabas M, López-Álvarez M, Schaffer M, Bartel J, Rath H, Steil L, Becher D, Völker U, Mäder U, van Dijl JM
Publié dans:
Biochim Biophys Acta Mol Cell Res, Numéro 1868(2), 2020, Page(s) 118914, ISSN 0167-4889
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.bbamcr.2020.118914
Auteurs:
Antelo-Varela M, Aguilar Suárez R, Bartel J, Bernal-Cabas M, Stobernack T, Sura T, van Dijl JM, Maaß S, Becher D
Publié dans:
Front Bioeng Biotechnol, Numéro 8, 2020, Page(s) 143, ISSN 2296-4185
Éditeur:
Frontiers Media S.A
DOI:
10.3389/fbioe.2020.00143
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