Risultati finali
Global models for protein secretion and secretion stress progression.
Supervisory board of the network establishedSupervisory board of the network established for all partners
Model for protein trafficking through the secretory pathwayModel for protein trafficking through the secretory pathway.
List of common and critical conditions that are relevant during industrial fermentation processesNew method for predicting membrane protein complexes
New method for predicting membrane protein complexes.
First quantitative data for selected membrane proteinsMembrane proteome data sets for B. subtilis + E. coli under all growth regimes
Membrane proteome data sets for B. subtilis + E. coli under all growth regimes.
Secretion bottlenecks identifiedGlobal quantitative analysis of membrane proteome
Global quantitative analysis of membrane proteome.
Definition of protein production stress responses in E. coliDefinition of protein production stress responses in E. coli.
Refined regulatory model including membrane proteins validated with proteomics dataRefined regulatory model including membrane proteins validated with proteomics data.
New algorithms that predict inter-helix pairings in membrane proteinsNew algorithms that predict inter-helix pairings in membrane proteins.
Established model for secretion stress onsetEstablished model for secretion stress onset.
Validated membrane protein complexes and their dynamicsValidated membrane protein complexes and their dynamics.
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Pubblicazioni
Autori:
Nepal S, Maaß S, Grasso S, Cavallo FM, Bartel J, Becher D, Bathoorn E, van Dijl JM
Pubblicato in:
Antibiotics (Basel), Numero 10.5, 2021, Pagina/e 501, ISSN 2079-6382
Editore:
MDPI
DOI:
10.3390/antibiotics10050501
Autori:
Nicolaus, F., Metola, A., Mermans, D., Liljenström, A., Krč, A., Abdullahi, S. M., Zimmer, M., Miller Iii, T. F., & von Heijne, G
Pubblicato in:
eLife, Numero 10, 2021, Pagina/e 64302, ISSN 2050-084X
Editore:
eLife Sciences Publications
DOI:
10.7554/elife.64302
Autori:
Alexandros Karyolaimos1†, Katarzyna Magdalena Dolata2†, Minia Antelo-Varela2†, Anna Mestre Borras1, Rageia Elfageih1, Susanne Sievers2, Dörte Becher2, Katharina Riedel2 and Jan-Willem de Gier
Pubblicato in:
Front Bioeng Biotech, 2020, Pagina/e 465, ISSN 2296-4185
Editore:
Frontiers Media S.A.
DOI:
10.3389/fbioe.2019.00465
Autori:
Alexandros Karyolaimos1†, Henry Ampah-Korsah1†, Tamara Hillenaar1, Anna Mestre Borras1, Katarzyna Magdalena Dolata2, Susanne Sievers2, Katharina Riedel2, Robert Daniels1 and Jan-Willem de Gier1*
Pubblicato in:
Front Bioeng Biotech, 2019, Pagina/e 1511, ISSN 1664-302X
Editore:
Frontiers Media
DOI:
10.3389/fmicb.2019.01511
Autori:
Antelo-Varela M, Bartel J, Quesada-Ganuza A, Appel K, Bernal-Cabas M, Sura T, Otto A, Rasmussen M, van Dijl JM, Nielsen A, Maaß S, Becher D
Pubblicato in:
Anal Chem, Numero 91(18), 2019, Pagina/e 11972-11980, ISSN 0003-2700
Editore:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.analchem.9b02869
Autori:
Gabarrini G, Grasso S, van Winkelhoff AJ, van Dijl JM
Pubblicato in:
Brief Bioinformation, Numero 22(4), 2021, Pagina/e 302, ISSN 1477-4054
Editore:
Oxford Academic
DOI:
10.1093/bib/bbaa302
Autori:
Aguilar Suárez R, Antelo-Varela M, Maaß S, Neef J, Becher D, van Dijl JM
Pubblicato in:
mSystems, Numero 6(6), 2021, Pagina/e e0065521, ISSN 2379-5077
Editore:
ASM Journals
DOI:
10.1128/msystems.00655-21
Autori:
Mekonnen SA, Palma Medina LM, Glasner C, Tsompanidou E, de Jong A, Grasso S, Schaffer M, Mäder U, Larsen AR, Gumpert H, Westh H, Völker U, Otto A, Becher D, van Dijl JM
Pubblicato in:
Virulence, Numero 18(6), 2017, Pagina/e 891-907, ISSN 2150-5594
Editore:
Landes Bioscience
DOI:
10.1080/21505594.2017.1325064
Autori:
Alexandros Karyolaimos and Jan-Willem de Gier
Pubblicato in:
Front Bioeng Biotech, 2021, Pagina/e 797334, ISSN 2296-4185
Editore:
Frontiers Media S.A.
DOI:
10.3389/fbioe.2021.797334
Autori:
Bernal-Cabas M, Miethke M, Antelo-Varela M, Aguilar Suárez R, Neef J, Schön L, Gabarrini G, Otto A, Becher D, Wolf D, van Dijl JM
Pubblicato in:
Biochim Biophys Acta Mol Cell Res, Numero 1867(8), 2020, Pagina/e 19, ISSN 2079-6382
Editore:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.bbamcr.2020.118719
Autori:
George A. Sutherland, Katie J. Grayson, Nathan B. P. Adams, Daphne M. J. Mermans, Alexander S. Jones, Angus J. Robertson, Dirk B. Auman, Amanda A. Brindley, Fabio Sterpone, Pierre Tuffery, Philippe Derreumaux, P. Leslie Dutton, Colin Robinson, Andrew Hitchcock, C. Neil Hunter
Pubblicato in:
Journal of Biological Chemistry, Numero 293/18, 2018, Pagina/e 6672-6681, ISSN 0021-9258
Editore:
American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI:
10.1074/jbc.ra117.000880
Autori:
Katarzyna M. Dolata, Isabel Guerrero Montero, Wayne Miller, Susanne Sievers, Thomas Sura, Christian Wolff, Rabea Schlüter, Katharina Riedel, Colin Robinson
Pubblicato in:
Microbiological Research, Numero 218, 2019, Pagina/e 97-107, ISSN 0944-5013
Editore:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.micres.2018.10.008
Autori:
Isabel Guerrero Montero, Katarzyna Magdalena Dolata, Rabea Schlüter, Gilles Malherbe, Susanne Sievers, Daniela Zühlke, Thomas Sura, Emma Dave, Katharina Riedel, Colin Robinson
Pubblicato in:
Microbial Cell Factories, Numero 18/1, 2019, ISSN 1475-2859
Editore:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-019-1071-7
Autori:
Grietje Kuipers, Alexandros Karyolaimos, Zhe Zhang, Nurzian Ismail, Gianluca Trinco, David Vikström, Dirk Jan Slotboom, Jan-Willem de Gier
Pubblicato in:
Microbial Cell Factories, Numero 16/1, 2017, ISSN 1475-2859
Editore:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-017-0840-4
Autori:
Suruchi Nepal, Florian Bonn, Stefano Grasso, Tim Stobernack, Anne de Jong, Kai Zhou, Ronald Wedema, Sigrid Rosema, Dörte Becher, Andreas Otto, John W. Rossen, Jan Maarten van Dijl, Erik Bathoorn
Pubblicato in:
Virulence, Numero 9/1, 2018, Pagina/e 1377-1389, ISSN 2150-5594
Editore:
Landes Bioscience
DOI:
10.1080/21505594.2018.1509666
Autori:
Henriques G, McGovern S, Neef J, Antelo-Varela M, Götz F, Otto A, Becher D, van Dijl JM, Jules M, Delumeau O
Pubblicato in:
mSphere, Numero 5(5), 2020, Pagina/e 00724-20, ISSN 2379-5042
Editore:
ASM Journals
DOI:
10.1128/msphere.00724-20
Autori:
Nicolaus, F., Ibrahimi, F., den Besten, A., & von Heijne, G
Pubblicato in:
FEBS letters, Numero 10.1002, 2022, ISSN 0014-5793
Editore:
Elsevier BV
DOI:
10.1002/1873-3468.14286
Autori:
Prajapati B, Bernal-Cabas M, López-Álvarez M, Schaffer M, Bartel J, Rath H, Steil L, Becher D, Völker U, Mäder U, van Dijl JM
Pubblicato in:
Biochim Biophys Acta Mol Cell Res, Numero 1868(2), 2020, Pagina/e 118914, ISSN 0167-4889
Editore:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.bbamcr.2020.118914
Autori:
Antelo-Varela M, Aguilar Suárez R, Bartel J, Bernal-Cabas M, Stobernack T, Sura T, van Dijl JM, Maaß S, Becher D
Pubblicato in:
Front Bioeng Biotechnol, Numero 8, 2020, Pagina/e 143, ISSN 2296-4185
Editore:
Frontiers Media S.A
DOI:
10.3389/fbioe.2020.00143
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