Systematic discovery of functional elements in RNA virus genomes: an Encyclopedia of RNA Virus Elements

Informations projet

ERVE

N° de convention de subvention: 646891

DOI

10.3030/646891

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Août 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 31 Août 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 780 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 780 000,00

Coordonné par

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (31)

Discovery of three RNA viruses using ant transcriptomic datasets

Auteurs: Eleni Kleanthous, Ingrida Olendraite, Nina I. Lukhovitskaya, Andrew E. Firth
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 164/2, 2019, Page(s) 643-647, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-018-4093-2

A case for a negative-strand coding sequence in a group of positive-sense RNA viruses.

Auteurs: Dinan, Adam M; Lukhovitskaya, Nina; Olendraite, Ingrida; Firth, Andrew
Publié dans: Virus Evolution, Numéro 1, 2020, Page(s) veaa007, ISSN 2057-1577
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/veaa007

Detection of novel and recognized RNA viruses in mosquitoes from the Yucatan Peninsula of Mexico using metagenomics and characterization of their in vitro host ranges

Auteurs: Jermilia Charles, Chandra S. Tangudu, Stefanie L. Hurt, Charlotte Tumescheit, Andrew E. Firth, Julian E. Garcia-Rejon, Carlos Machain-Williams, Bradley J. Blitvich
Publié dans: Journal of General Virology, Numéro 99/12, 2018, Page(s) 1729-1738, ISSN 0022-1317
Éditeur: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001165

Programmed −2/−1 Ribosomal Frameshifting in Simarteriviruses: an Evolutionarily Conserved Mechanism

Auteurs: Yanhua Li, Andrew E. Firth, Ian Brierley, Yingyun Cai, Sawsan Napthine, Tao Wang, Xingyu Yan, Jens H. Kuhn, Ying Fang
Publié dans: Journal of Virology, Numéro 93/16, 2019, Page(s) e00370-19, ISSN 0022-538X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00370-19

Hybrid Gene Origination Creates Human-Virus Chimeric Proteins during Infection

Auteurs: Jessica Sook Yuin Ho, Matthew Angel, Yixuan Ma, Elizabeth Sloan, Guojun Wang, Carles Martinez-Romero, Marta Alenquer, Vladimir Roudko, Liliane Chung, Simin Zheng, Max Chang, Yesai Fstkchyan, Sara Clohisey, Adam M. Dinan, James Gibbs, Robert Gifford, Rong Shen, Quan Gu, Nerea Irigoyen, Laura Campisi, Cheng Huang, Nan Zhao, Joshua D. Jones, Ingeborg van Knippenberg, Zeyu Zhu, Natasha Moshkina, Léa
Publié dans: Cell, Numéro 181/7, 2020, Page(s) 1502-1517.e23, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.035

Propensity of a picornavirus polymerase to slip on potyvirus-derived transcriptional slippage sites

Auteurs: Hazel Stewart, Allan Olspert, Benjamin G. Butt, Andrew E. Firth
Publié dans: Journal of General Virology, Numéro 100/2, 2019, Page(s) 199-205, ISSN 0022-1317
Éditeur: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001189

Targeting the Conserved Stem Loop 2 Motif in the SARS-CoV-2 Genome

Auteurs: Lulla V, Wandel MP, Bandyra KJ, Ulferts R, Wu M, Dendooven T, Yang X, Doyle N, Oerum S, Beale R, O'Rourke SM, Randow F, Maier HJ, Scott W, Ding Y, Firth AE, Bloznelyte K, Luisi BF
Publié dans: Journal of Virology, Numéro 95, 2021, Page(s) e0066321, ISSN 0022-538X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jvi.00663-21

A hidden gene in astroviruses encodes a viroporin

Auteurs: Valeria Lulla, Andrew E. Firth
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17906-x

Enterovirus Competition Assay to Assess Replication Fitness

Auteurs: Valeria Lulla, Andrew Firth
Publié dans: BIO-PROTOCOL, Numéro 9/10, 2019, ISSN 2331-8325
Éditeur: bio-protocol
DOI: 10.21769/bioprotoc.3233

Complete genome sequences of two insect-specific flaviviruses

Auteurs: Jermilia Charles, Chandra S. Tangudu, Andrew E. Firth, Bradley J. Blitvich
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 162/12, 2017, Page(s) 3913-3917, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-017-3552-5

ASXL gain-of-function truncation mutants: defective and dysregulated forms of a natural ribosomal frameshifting product?

Auteurs: Adam M. Dinan, John F. Atkins, Andrew E. Firth
Publié dans: Biology Direct, Numéro 12/1, 2017, ISSN 1745-6150
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13062-017-0195-0

A Review of Flaviviruses that Have No Known Arthropod Vector

Auteurs: Bradley Blitvich, Andrew Firth
Publié dans: Viruses, Numéro 9/6, 2017, Page(s) 154, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v9060154

Avoidance of reporter assay distortions from fused dual reporters

Auteurs: Gary Loughran, Michael T. Howard, Andrew E. Firth, John F. Atkins
Publié dans: RNA, Numéro 23/8, 2017, Page(s) 1285-1289, ISSN 1355-8382
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.061051.117

Ribosome profiling of the retrovirus murine leukemia virus

Auteurs: Nerea Irigoyen, Adam M. Dinan, Ian Brierley, Andrew E. Firth
Publié dans: Retrovirology, Numéro 15/1, 2018, ISSN 1742-4690
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12977-018-0394-5

Protein-directed ribosomal frameshifting temporally regulates gene expression

Auteurs: Sawsan Napthine, Roger Ling, Leanne K. Finch, Joshua D. Jones, Susanne Bell, Ian Brierley, Andrew E. Firth
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8, 2017, Page(s) 15582, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15582

An analysis by metabolic labelling of the encephalomyocarditis virus ribosomal frameshifting efficiency and stimulators

Auteurs: Roger Ling, Andrew E. Firth
Publié dans: Journal of General Virology, Numéro 98/8, 2017, Page(s) 2100-2105, ISSN 0022-1317
Éditeur: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000888

Polycipiviridae: a proposed new family of polycistronic picorna-like RNA viruses

Auteurs: Ingrida Olendraite, Nina I. Lukhovitskaya, Sanford D. Porter, Steven M. Valles, Andrew E. Firth
Publié dans: Journal of General Virology, Numéro 98/9, 2017, Page(s) 2368-2378, ISSN 0022-1317
Éditeur: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000902

Transcriptional and Translational Landscape of Equine Torovirus

Auteurs: Hazel Stewart, Katherine Brown, Adam M. Dinan, Nerea Irigoyen, Eric J. Snijder, Andrew E. Firth
Publié dans: Journal of Virology, Numéro 92/17, 2018, ISSN 0022-538X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00589-18

Isolation and characterization of Nylanderia fulva virus 1, a positive-sense, single-stranded RNA virus infecting the tawny crazy ant, Nylanderia fulva

Auteurs: Steven M. Valles, David H. Oi, James J. Becnel, James K. Wetterer, John S. LaPolla, Andrew E. Firth
Publié dans: Virology, Numéro 496, 2016, Page(s) 244-254, ISSN 0042-6822
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.virol.2016.06.014

Ribosomal frameshifting and transcriptional slippage: From genetic steganography and cryptography to adventitious use

Auteurs: John F. Atkins, Gary Loughran, Pramod R. Bhatt, Andrew E. Firth, Pavel V. Baranov
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2016, Page(s) gkw530, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw530

High-Resolution Analysis of Coronavirus Gene Expression by RNA Sequencing and Ribosome Profiling

Auteurs: Nerea Irigoyen, Andrew E. Firth, Joshua D. Jones, Betty Y.-W. Chung, Stuart G. Siddell, Ian Brierley
Publié dans: PLOS Pathogens, Numéro 12/2, 2016, Page(s) e1005473, ISSN 1553-7374
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1005473

Mutational analysis of the Potyviridae transcriptional slippage site utilized for expression of the P3N-PIPO and P1N-PISPO proteins

Auteurs: Allan Olspert, John P. Carr, Andrew E. Firth
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 44/16, 2016, Page(s) 7618-7629, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw441

Characterization of the stimulators of protein-directed ribosomal frameshifting in Theiler's murine encephalomyelitis virus

Auteurs: Sawsan Napthine, Susanne Bell, Chris H Hill, Ian Brierley, Andrew E Firth
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/15, 2019, Page(s) 8207-8223, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz503

Discovery of a novel Tymoviridae-like virus in mosquitoes from Mexico

Auteurs: Jermilia Charles, Chandra S. Tangudu, Stefanie L. Hurt, Charlotte Tumescheit, Andrew E. Firth, Julian E. Garcia-Rejon, Carlos Machain-Williams, Bradley J. Blitvich
Publié dans: Archives of Virology, Numéro 164/2, 2019, Page(s) 649-652, ISSN 0304-8608
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-018-4098-x

Manipulation of the unfolded protein response: A pharmacological strategy against coronavirus infection

Auteurs: Echavarría-Consuegra L, Cook GM, Busnadiego I, Lefèvre C, Keep S, Brown K, Doyle N, Dowgier G, Franaszek K, Moore NA, Siddell SG, Bickerton E, Hale BG, Firth AE, Brierley I, Irigoyen N
Publié dans: PLoS Pathogens, Numéro 17, 2021, Page(s) e1009644, ISSN 1553-7374
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1009644

A putative new SARS-CoV protein, 3c, encoded in an ORF overlapping ORF3a

Auteurs: Andrew E. Firth
Publié dans: Journal of General Virology, 2020, ISSN 0022-1317
Éditeur: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001469

An upstream protein-coding region in enteroviruses modulates virus infection in gut epithelial cells

Auteurs: Valeria Lulla, Adam M. Dinan, Myra Hosmillo, Yasmin Chaudhry, Lee Sherry, Nerea Irigoyen, Komal M. Nayak, Nicola J. Stonehouse, Matthias Zilbauer, Ian Goodfellow, Andrew E. Firth
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 4/2, 2019, Page(s) 280-292, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.1038/s41564-018-0297-1

C6orf203 is an RNA-binding protein involved in mitochondrial protein synthesis

Auteurs: Shreekara Gopalakrishna, Sarah F Pearce, Adam M Dinan, Florian A Schober, Miriam Cipullo, Henrik Spåhr, Anas Khawaja, Camilla Maffezzini, Christoph Freyer, Anna Wredenberg, Ilian Atanassov, Andrew E Firth, Joanna Rorbach
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/17, 2019, Page(s) 9386-9399, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz684

Comparative Analysis of Gene Expression in Virulent and Attenuated Strains of Infectious Bronchitis Virus at Subcodon Resolution

Auteurs: Adam M. Dinan, Sarah Keep, Erica Bickerton, Paul Britton, Andrew E. Firth, Ian Brierley
Publié dans: Journal of Virology, Numéro 93/18, 2019, ISSN 0022-538X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00714-19

Investigating molecular mechanisms of 2A-stimulated ribosomal pausing and frameshifting in Theilovirus

Auteurs: Hill CH, Cook GM, Napthine S, Kibe A, Brown K, Caliskan N, Firth AE, Graham SC, Brierley I
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49, 2021, Page(s) 11938-11958, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab969

Structural and molecular basis for Cardiovirus 2A protein as a viral gene expression switch

Auteurs: Hill CH, Pekarek L, Napthine S, Kibe A, Firth AE, Graham SC, Caliskan N, Brierley I
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, Page(s) 7166, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27400-7