Systematic discovery of functional elements in RNA virus genomes: an Encyclopedia of RNA Virus Elements

Projektinformationen

ERVE

ID Finanzhilfevereinbarung: 646891

DOI 10.3030/646891

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 17 August 2015

Startdatum 1 September 2015

Enddatum 31 August 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 780 000,00

EU-Beitrag € 1 780 000,00

Koordiniert durch

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (31)

Discovery of three RNA viruses using ant transcriptomic datasets

Autoren: Eleni Kleanthous, Ingrida Olendraite, Nina I. Lukhovitskaya, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 164/2, 2019, Seite(n) 643-647, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-018-4093-2

A case for a negative-strand coding sequence in a group of positive-sense RNA viruses.

Autoren: Dinan, Adam M; Lukhovitskaya, Nina; Olendraite, Ingrida; Firth, Andrew
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 1, 2020, Seite(n) veaa007, ISSN 2057-1577
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/veaa007

Detection of novel and recognized RNA viruses in mosquitoes from the Yucatan Peninsula of Mexico using metagenomics and characterization of their in vitro host ranges

Autoren: Jermilia Charles, Chandra S. Tangudu, Stefanie L. Hurt, Charlotte Tumescheit, Andrew E. Firth, Julian E. Garcia-Rejon, Carlos Machain-Williams, Bradley J. Blitvich
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 99/12, 2018, Seite(n) 1729-1738, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001165

Programmed −2/−1 Ribosomal Frameshifting in Simarteriviruses: an Evolutionarily Conserved Mechanism

Autoren: Yanhua Li, Andrew E. Firth, Ian Brierley, Yingyun Cai, Sawsan Napthine, Tao Wang, Xingyu Yan, Jens H. Kuhn, Ying Fang
Veröffentlicht in: Journal of Virology, Ausgabe 93/16, 2019, Seite(n) e00370-19, ISSN 0022-538X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00370-19

Hybrid Gene Origination Creates Human-Virus Chimeric Proteins during Infection

Autoren: Jessica Sook Yuin Ho, Matthew Angel, Yixuan Ma, Elizabeth Sloan, Guojun Wang, Carles Martinez-Romero, Marta Alenquer, Vladimir Roudko, Liliane Chung, Simin Zheng, Max Chang, Yesai Fstkchyan, Sara Clohisey, Adam M. Dinan, James Gibbs, Robert Gifford, Rong Shen, Quan Gu, Nerea Irigoyen, Laura Campisi, Cheng Huang, Nan Zhao, Joshua D. Jones, Ingeborg van Knippenberg, Zeyu Zhu, Natasha Moshkina, Léa
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 181/7, 2020, Seite(n) 1502-1517.e23, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.035

Propensity of a picornavirus polymerase to slip on potyvirus-derived transcriptional slippage sites

Autoren: Hazel Stewart, Allan Olspert, Benjamin G. Butt, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 100/2, 2019, Seite(n) 199-205, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001189

Targeting the Conserved Stem Loop 2 Motif in the SARS-CoV-2 Genome

Autoren: Lulla V, Wandel MP, Bandyra KJ, Ulferts R, Wu M, Dendooven T, Yang X, Doyle N, Oerum S, Beale R, O'Rourke SM, Randow F, Maier HJ, Scott W, Ding Y, Firth AE, Bloznelyte K, Luisi BF
Veröffentlicht in: Journal of Virology, Ausgabe 95, 2021, Seite(n) e0066321, ISSN 0022-538X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jvi.00663-21

A hidden gene in astroviruses encodes a viroporin

Autoren: Valeria Lulla, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17906-x

Enterovirus Competition Assay to Assess Replication Fitness

Autoren: Valeria Lulla, Andrew Firth
Veröffentlicht in: BIO-PROTOCOL, Ausgabe 9/10, 2019, ISSN 2331-8325
Herausgeber: bio-protocol
DOI: 10.21769/bioprotoc.3233

Complete genome sequences of two insect-specific flaviviruses

Autoren: Jermilia Charles, Chandra S. Tangudu, Andrew E. Firth, Bradley J. Blitvich
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 162/12, 2017, Seite(n) 3913-3917, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-017-3552-5

ASXL gain-of-function truncation mutants: defective and dysregulated forms of a natural ribosomal frameshifting product?

Autoren: Adam M. Dinan, John F. Atkins, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Biology Direct, Ausgabe 12/1, 2017, ISSN 1745-6150
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13062-017-0195-0

A Review of Flaviviruses that Have No Known Arthropod Vector

Autoren: Bradley Blitvich, Andrew Firth
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 9/6, 2017, Seite(n) 154, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v9060154

Avoidance of reporter assay distortions from fused dual reporters

Autoren: Gary Loughran, Michael T. Howard, Andrew E. Firth, John F. Atkins
Veröffentlicht in: RNA, Ausgabe 23/8, 2017, Seite(n) 1285-1289, ISSN 1355-8382
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.061051.117

Ribosome profiling of the retrovirus murine leukemia virus

Autoren: Nerea Irigoyen, Adam M. Dinan, Ian Brierley, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Retrovirology, Ausgabe 15/1, 2018, ISSN 1742-4690
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12977-018-0394-5

Protein-directed ribosomal frameshifting temporally regulates gene expression

Autoren: Sawsan Napthine, Roger Ling, Leanne K. Finch, Joshua D. Jones, Susanne Bell, Ian Brierley, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8, 2017, Seite(n) 15582, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15582

An analysis by metabolic labelling of the encephalomyocarditis virus ribosomal frameshifting efficiency and stimulators

Autoren: Roger Ling, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 98/8, 2017, Seite(n) 2100-2105, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000888

Polycipiviridae: a proposed new family of polycistronic picorna-like RNA viruses

Autoren: Ingrida Olendraite, Nina I. Lukhovitskaya, Sanford D. Porter, Steven M. Valles, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 98/9, 2017, Seite(n) 2368-2378, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.000902

Transcriptional and Translational Landscape of Equine Torovirus

Autoren: Hazel Stewart, Katherine Brown, Adam M. Dinan, Nerea Irigoyen, Eric J. Snijder, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Journal of Virology, Ausgabe 92/17, 2018, ISSN 0022-538X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00589-18

Isolation and characterization of Nylanderia fulva virus 1, a positive-sense, single-stranded RNA virus infecting the tawny crazy ant, Nylanderia fulva

Autoren: Steven M. Valles, David H. Oi, James J. Becnel, James K. Wetterer, John S. LaPolla, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Virology, Ausgabe 496, 2016, Seite(n) 244-254, ISSN 0042-6822
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.virol.2016.06.014

Ribosomal frameshifting and transcriptional slippage: From genetic steganography and cryptography to adventitious use

Autoren: John F. Atkins, Gary Loughran, Pramod R. Bhatt, Andrew E. Firth, Pavel V. Baranov
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2016, Seite(n) gkw530, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw530

High-Resolution Analysis of Coronavirus Gene Expression by RNA Sequencing and Ribosome Profiling

Autoren: Nerea Irigoyen, Andrew E. Firth, Joshua D. Jones, Betty Y.-W. Chung, Stuart G. Siddell, Ian Brierley
Veröffentlicht in: PLOS Pathogens, Ausgabe 12/2, 2016, Seite(n) e1005473, ISSN 1553-7374
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1005473

Mutational analysis of the Potyviridae transcriptional slippage site utilized for expression of the P3N-PIPO and P1N-PISPO proteins

Autoren: Allan Olspert, John P. Carr, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 44/16, 2016, Seite(n) 7618-7629, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw441

Characterization of the stimulators of protein-directed ribosomal frameshifting in Theiler's murine encephalomyelitis virus

Autoren: Sawsan Napthine, Susanne Bell, Chris H Hill, Ian Brierley, Andrew E Firth
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/15, 2019, Seite(n) 8207-8223, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz503

Discovery of a novel Tymoviridae-like virus in mosquitoes from Mexico

Autoren: Jermilia Charles, Chandra S. Tangudu, Stefanie L. Hurt, Charlotte Tumescheit, Andrew E. Firth, Julian E. Garcia-Rejon, Carlos Machain-Williams, Bradley J. Blitvich
Veröffentlicht in: Archives of Virology, Ausgabe 164/2, 2019, Seite(n) 649-652, ISSN 0304-8608
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00705-018-4098-x

Manipulation of the unfolded protein response: A pharmacological strategy against coronavirus infection

Autoren: Echavarría-Consuegra L, Cook GM, Busnadiego I, Lefèvre C, Keep S, Brown K, Doyle N, Dowgier G, Franaszek K, Moore NA, Siddell SG, Bickerton E, Hale BG, Firth AE, Brierley I, Irigoyen N
Veröffentlicht in: PLoS Pathogens, Ausgabe 17, 2021, Seite(n) e1009644, ISSN 1553-7374
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1009644

A putative new SARS-CoV protein, 3c, encoded in an ORF overlapping ORF3a

Autoren: Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, 2020, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001469

An upstream protein-coding region in enteroviruses modulates virus infection in gut epithelial cells

Autoren: Valeria Lulla, Adam M. Dinan, Myra Hosmillo, Yasmin Chaudhry, Lee Sherry, Nerea Irigoyen, Komal M. Nayak, Nicola J. Stonehouse, Matthias Zilbauer, Ian Goodfellow, Andrew E. Firth
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 4/2, 2019, Seite(n) 280-292, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Nature Research
DOI: 10.1038/s41564-018-0297-1

C6orf203 is an RNA-binding protein involved in mitochondrial protein synthesis

Autoren: Shreekara Gopalakrishna, Sarah F Pearce, Adam M Dinan, Florian A Schober, Miriam Cipullo, Henrik Spåhr, Anas Khawaja, Camilla Maffezzini, Christoph Freyer, Anna Wredenberg, Ilian Atanassov, Andrew E Firth, Joanna Rorbach
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/17, 2019, Seite(n) 9386-9399, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz684

Comparative Analysis of Gene Expression in Virulent and Attenuated Strains of Infectious Bronchitis Virus at Subcodon Resolution

Autoren: Adam M. Dinan, Sarah Keep, Erica Bickerton, Paul Britton, Andrew E. Firth, Ian Brierley
Veröffentlicht in: Journal of Virology, Ausgabe 93/18, 2019, ISSN 0022-538X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00714-19

Investigating molecular mechanisms of 2A-stimulated ribosomal pausing and frameshifting in Theilovirus

Autoren: Hill CH, Cook GM, Napthine S, Kibe A, Brown K, Caliskan N, Firth AE, Graham SC, Brierley I
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 49, 2021, Seite(n) 11938-11958, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab969

Structural and molecular basis for Cardiovirus 2A protein as a viral gene expression switch

Autoren: Hill CH, Pekarek L, Napthine S, Kibe A, Firth AE, Graham SC, Caliskan N, Brierley I
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 7166, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27400-7