Understanding and Designing Novel NanoPores

Publications

Digital Sensing and Molecular Computation by an Enzyme-Free DNA Circuit

Auteurs: William E. Arter; Yuriy Yusim; Quentin Peter; Chris Taylor; David Klenerman; Ulrich F. Keyser; Tuomas P. J. Knowles
Publié dans: ACS Nano, Numéro 3, 2020, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.17863/cam.56064

Optimizing Brownian escape rates by potential shaping

Auteurs: Marie Chupeau, Jannes Gladrow, Alexei Chepelianskii, Ulrich F. Keyser, Emmanuel Trizac
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/3, 2020, Page(s) 1383-1388, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1910677116

Electrical DNA Sequence Mapping Using Oligodeoxynucleotide Labels and Nanopores

Auteurs: Kaikai Chen, Felix Gularek, Boyao Liu, Elmar Weinhold, Ulrich F. Keyser
Publié dans: ACS Nano, Numéro 15/2, 2021, Page(s) 2679-2685, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c07947

Experimental Measurement of Relative Path Probabilities and Stochastic Actions

Auteurs: Jannes Gladrow, Ulrich F. Keyser, R. Adhikari, Julian Kappler
Publié dans: Physical Review X, Numéro 11/3, 2021, ISSN 2160-3308
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.11.031022

Nanopore-Based DNA Hard Drives for Rewritable and Secure Data Storage

Auteurs: Kaikai Chen, Jinbo Zhu, Filip Bošković, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 20/5, 2020, Page(s) 3754-3760, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.0c00755

Single-cell microfluidics facilitates the rapid quantification of antibiotic accumulation in Gram-negative bacteria

Auteurs: Jehangir Cama, Margaritis Voliotis, Jeremy Metz, Ashley Smith, Jari Iannucci, Ulrich F. Keyser, Krasimira Tsaneva-Atanasova, Stefano Pagliara
Publié dans: Lab on a Chip, Numéro 20/15, 2020, Page(s) 2765-2775, ISSN 1473-0197
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0lc00242a

Particle transport across a channel via an oscillating potential

Auteurs: Yizhou Tan, Jannes Gladrow, Ulrich F. Keyser, Leonardo Dagdug, Stefano Pagliara
Publié dans: Physical Review E, Numéro 96/5, 2017, ISSN 2470-0045
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.96.052401

Characterization of lipid composition and diffusivity in OLA generated vesicles

Auteurs: Michael Schaich, Diana Sobota, Hannah Sleath, Jehangir Cama, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, Numéro 1862/9, 2020, Page(s) 183359, ISSN 0005-2736
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamem.2020.183359

Direct detection of molecular intermediates from first-passage times

Auteurs: Alice L. Thorneywork, Jannes Gladrow, Yujia Qing, Marc Rico-Pasto, Felix Ritort, Hagan Bayley, Anatoly B. Kolomeisky, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Science Advances, Numéro 6/18, 2020, Page(s) eaaz4642, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.aaz4642

Switching Cytolytic Nanopores into Antimicrobial Fractal Ruptures by a Single Side Chain Mutation

Auteurs: Katharine Hammond, Flaviu Cipcigan, Kareem Al Nahas, Valeria Losasso, Helen Lewis, Jehangir Cama, Fausto Martelli, Patrick W. Simcock, Marcus Fletcher, Jascindra Ravi, Phillip J. Stansfeld, Stefano Pagliara, Bart W. Hoogenboom, Ulrich F. Keyser, Mark S. P. Sansom, Jason Crain, Maxim G. Ryadnov
Publié dans: ACS Nano, Numéro 15/6, 2021, Page(s) 9679-9689, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.1c00218

Kinetics of Toehold-Mediated DNA Strand Displacement Depend on FeII4L4 Tetrahedron Concentration.

Auteurs: Jinbo Zhu; Filip Bošković; Bao-Nguyen T. Nguyen; Jonathan R. Nitschke; Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 4, 2021, ISSN 1530-6992
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.17863/cam.63011

Cations Regulate Membrane Attachment and Functionality of DNA Nanostructures.

Auteurs: Morzy, Diana; Rubio-Sánchez, Roger; Joshi, Himanshu; Aksimentiev, Aleksei; Di Michele, Lorenzo; Keyser, Ulrich F
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 3, 2021, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.17863/cam.68738

Large-Conductance Transmembrane Porin Made from DNA Origami

Auteurs: Kerstin Göpfrich, Chen-Yu Li, Maria Ricci, Satya Prathyusha Bhamidimarri, Jejoong Yoo, Bertalan Gyenes, Alexander Ohmann, Mathias Winterhalter, Aleksei Aksimentiev, Ulrich F. Keyser
Publié dans: ACS Nano, 2016, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.6b03759

Digitally encoded DNA nanostructures for multiplexed, single-molecule protein sensing with nanopores

Auteurs: Nicholas A. W. Bell, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nature Nanotechnology, Numéro 11/7, 2016, Page(s) 645-651, ISSN 1748-3387
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nnano.2016.50

Ion Channels Made from a Single Membrane-Spanning DNA Duplex

Auteurs: Kerstin Göpfrich, Chen-Yu Li, Iwona Mames, Satya Prathyusha Bhamidimarri, Maria Ricci, Jejoong Yoo, Adam Mames, Alexander Ohmann, Mathias Winterhalter, Eugen Stulz, Aleksei Aksimentiev, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 16/7, 2016, Page(s) 4665-4669, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.6b02039

Extrinsic Cation Selectivity of 2D Membranes

Auteurs: Walker, MI; Ubych, K; Saraswat, V; Chalklen, EA; Braeuninger-Weimer, P; Caneva, S; Weatherup, RS; Hofmann, S; Keyser, UF
Publié dans: ACS Nano, Numéro 3, 2017, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.17863/CAM.9055

Asymmetric dynamics of DNA entering and exiting a strongly confining nanopore

Auteurs: Nicholas A. W. Bell, Kaikai Chen, Sandip Ghosal, Maria Ricci, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-00423-9

Correction to Ion Channels Made from a Single Membrane-Spanning DNA Duplex

Auteurs: Kerstin Göpfrich, Chen-Yu Li, Iwona Mames, Satya Prathyusha Bhamidimarri, Maria Ricci, Jejoong Yoo, Adam Mames, Alexander Ohmann, Mathias Winterhalter, Eugen Stulz, Aleksei Aksimentiev, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 17/7, 2017, Page(s) 4548-4548, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.7b02430

Ionic Current-Based Mapping of Short Sequence Motifs in Single DNA Molecules Using Solid-State Nanopores

Auteurs: Kaikai Chen, Matyas Juhasz, Felix Gularek, Elmar Weinhold, Yu Tian, Ulrich F. Keyser, Nicholas A. W. Bell
Publié dans: Nano Letters, Numéro 17/9, 2017, Page(s) 5199-5205, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.7b01009

Optical Voltage Sensing Using DNA Origami.

Auteurs: Hemmig, Elisa A; Fitzgerald, Clare; Maffeo, Christopher; Hecker, Lisa; Ochmann, Sarah E; Aksimentiev, Aleksei; Tinnefeld, Philip; Keyser, Ulrich Felix
Publié dans: Nano Letters, Numéro 3, 2018, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.17863/CAM.22565

QuipuNet: Convolutional Neural Network for Single-Molecule Nanopore Sensing

Auteurs: Karolis Misiunas, Niklas Ermann, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 18/6, 2018, Page(s) 4040-4045, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.8b01709

Tunable Anion-Selective Transport through Monolayer Graphene and Hexagonal Boron Nitride

Auteurs: Mustafa Caglar, Inese Silkina, Bertram T. Brown, Alice L. Thorneywork, Oliver J. Burton, Vitaliy Babenko, Stephen Matthew Gilbert, Alex Zettl, Stephan Hofmann, Ulrich F. Keyser
Publié dans: ACS Nano, 2020, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.9b08168

An Integrated Microfluidic Platform for Quantifying Drug Permeation across Biomimetic Vesicle Membranes

Auteurs: Michael Schaich, Jehangir Cama, Kareem Al Nahas, Diana Sobota, Hannah Sleath, Kevin Jahnke, Siddharth Deshpande, Cees Dekker, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Molecular Pharmaceutics, Numéro 16/6, 2019, Page(s) 2494-2501, ISSN 1543-8384
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.molpharmaceut.9b00086

A microfluidic platform for the characterisation of membrane active antimicrobials

Auteurs: K. Al Nahas, J. Cama, M. Schaich, K. Hammond, S. Deshpande, C. Dekker, M. G. Ryadnov, U. F. Keyser
Publié dans: Lab on a Chip, Numéro 19/5, 2019, Page(s) 837-844, ISSN 1473-0197
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8lc00932e

Current Enhancement in Solid-State Nanopores Depends on Three-Dimensional DNA Structure

Auteurs: Vivian Wang, Niklas Ermann, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 19/8, 2019, Page(s) 5661-5666, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.9b02219

Monitoring G-Quadruplex Formation with DNA Carriers and Solid-State Nanopores

Auteurs: Filip Bošković, Jinbo Zhu, Kaikai Chen, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 19/11, 2019, Page(s) 7996-8001, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.9b03184

Multiplexed DNA Identification Using Site Specific dCas9 Barcodes and Nanopore Sensing

Auteurs: Nicole E. Weckman, Niklas Ermann, Richard Gutierrez, Kaikai Chen, James Graham, Ran Tivony, Andrew Heron, Ulrich F. Keyser
Publié dans: ACS Sensors, Numéro 4/8, 2019, Page(s) 2065-2072, ISSN 2379-3694
Éditeur: American Chemcial Society
DOI: 10.1021/acssensors.9b00686

Cation dependent electroosmotic flow in glass nanopores

Auteurs: Jeffrey Mc Hugh, Kurt Andresen, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Applied Physics Letters, Numéro 115/11, 2019, Page(s) 113702, ISSN 0003-6951
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/1.5116760

Nonlinear Electrophoresis of Highly Charged Nonpolarizable Particles

Auteurs: Soichiro Tottori, Karolis Misiunas, Ulrich F. Keyser, Douwe Jan Bonthuis
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 123/1, 2019, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/PhysRevLett.123.014502

A synthetic enzyme built from DNA flips 107 lipids per second in biological membranes

Auteurs: Alexander Ohmann, Chen-Yu Li, Christopher Maffeo, Kareem Al Nahas, Kevin N. Baumann, Kerstin Göpfrich, Jejoong Yoo, Ulrich F. Keyser, Aleksei Aksimentiev
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-04821-5

Density-Dependent Speed-up of Particle Transport in Channels

Auteurs: Karolis Misiunas, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 122/21, 2019, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/PhysRevLett.122.214501

Promoting single-file DNA translocations through nanopores using electro-osmotic flow

Auteurs: Niklas Ermann, Nikita Hanikel, Vivian Wang, Kaikai Chen, Nicole E. Weckman, Ulrich F. Keyser
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 149/16, 2018, Page(s) 163311, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/1.5031010

Specific Biosensing Using DNA Aptamers and Nanopores

Auteurs: Jinglin Kong, Jinbo Zhu, Kaikai Chen, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Advanced Functional Materials, Numéro 29/3, 2019, Page(s) 1807555, ISSN 1616-301X
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/adfm.201807555

Experimental evidence of symmetry breaking of transition-path times

Auteurs: J. Gladrow, M. Ribezzi-Crivellari, F. Ritort, U. F. Keyser
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07873-9

Digital Data Storage Using DNA Nanostructures and Solid-State Nanopores

Auteurs: Kaikai Chen, Jinglin Kong, Jinbo Zhu, Niklas Ermann, Paul Predki, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 19/2, 2019, Page(s) 1210-1215, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.8b04715

Controlling aggregation of cholesterol-modified DNA nanostructures

Auteurs: Alexander Ohmann, Kerstin Göpfrich, Himanshu Joshi, Rebecca F Thompson, Diana Sobota, Neil A Ranson, Aleksei Aksimentiev, Ulrich F Keyser
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/21, 2019, Page(s) 11441-11451, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz914

Tailoring Interleaflet Lipid Transfer with a DNA-based Synthetic Enzyme

Auteurs: Diana Sobota, Himanshu Joshi, Alexander Ohmann, Aleksei Aksimentiev, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Nano Letters, Numéro 20/6, 2020, Page(s) 4306-4311, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.0c00990

Image Encoding Using Multi‐Level DNA Barcodes with Nanopore Readout

Auteurs: Jinbo Zhu; Niklas Ermann; Kaikai Chen; Ulrich F. Keyser
Publié dans: Crossref, Numéro 2, 2021, ISSN 1613-6810
Éditeur: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.17863/cam.71444

DNA Structural Barcode Copying and Random Access

Auteurs: Filip Bošković, Alexander Ohmann, Ulrich F. Keyser, Kaikai Chen
Publié dans: Small Structures, Numéro 2/5, 2021, Page(s) 2000144, ISSN 2688-4062
Éditeur: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/sstr.202000144

Single molecule based SNP detection using designed DNA carriers and solid-state nanopores

Auteurs: Kong, Jinglin; Zhu, Jinbo; Keyser, Ulrich F.
Publié dans: Chemical Communications, Numéro 1, 2017, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.17863/cam.7988

Channel-length dependence of particle diffusivity in confinement

Auteurs: Soichiro Tottori, Karolis Misiunas, Vahe Tshitoyan, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Soft Matter, Numéro 17/20, 2021, Page(s) 5131-5136, ISSN 1744-683X
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sm00289a

Direction- and Salt-Dependent Ionic Current Signatures for DNA Sensing with Asymmetric Nanopores

Auteurs: Kaikai Chen, Nicholas A.W. Bell, Jinglin Kong, Yu Tian, Ulrich F. Keyser
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 112/4, 2017, Page(s) 674-682, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2016.12.033

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