The determinants of cross-seeding of protein aggregation: a Multiple TANGO

Intrinsic and extrinsic determinants of protein folding, aggregation and abundance

Autoren: Reshmi Ramakrishnan
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: KU Leuven

PROTEIN AGGREGATION AS A NEW STRATEGY TO COMBAT GRAM NEGATIVE BACTERIA : PROTEÏNEAGGREGATIE ALS EEN NIEUWE STRATEGIE OM BACTERIËN TE BESTRIJDEN

Autoren: Khodaparast, Ladan
Veröffentlicht in: Ausgabe 2, 2017
Herausgeber: KU Leuven

Aggregation as a mechanism for p53 oncogenic transformation: clinical relevance and new tools for its study : Aggregatie als een mechanisme voor p53-gemedieerde oncogene transformatie: klinische relevantie en nieuwe manieren om dit te bestuderen.

Autoren: Saiz Rubio, Mirian
Veröffentlicht in: Ausgabe 1, 2017
Herausgeber: KU Leuven

Targeting protein aggregation during cancer development

Autoren: Evelyne Naus
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: KU Leuven

Processing Induced Changes in Food Proteins: Amyloid Formation during Boiling of Hen Egg White

Autoren: Margarita Monge-Morera, Marlies A. Lambrecht, Lomme J. Deleu, Rodrigo Gallardo, Nikolaos N. Louros, Matthias De Vleeschouwer, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz, Jan A. Delcour
Veröffentlicht in: Biomacromolecules, Ausgabe 21/6, 2020, Seite(n) 2218-2228, ISSN 1525-7797
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.biomac.0c00186

Nuclear inclusion bodies of mutant and wild-type p53 in cancer: a hallmark of p53 inactivation and proteostasis remodelling by p53 aggregation

Autoren: Frederik De Smet, Mirian Saiz Rubio, Daphne Hompes, Evelyne Naus, Greet De Baets, Tobias Langenberg, Mark S Hipp, Bert Houben, Filip Claes, Sarah Charbonneau, Javier Delgado Blanco, Stephane Plaisance, Shakti Ramkissoon, Lori Ramkissoon, Colinda Simons, Piet van den Brandt, Matty Weijenberg, Manon Van England, Sandrina Lambrechts, Frederic Amant, André D'Hoore, Keith L Ligon, Xavier Sagaert, Joos
Veröffentlicht in: The Journal of Pathology, Ausgabe 242/1, 2017, Seite(n) 24-38, ISSN 0022-3417
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/path.4872

Prediction and Reduction of the Aggregation of Monoclonal Antibodies

Autoren: Rob van der Kant, Anne R. Karow-Zwick, Joost Van Durme, Michaela Blech, Rodrigo Gallardo, Daniel Seeliger, Kerstin Aßfalg, Pieter Baatsen, Griet Compernolle, Ann Gils, Joey M. Studts, Patrick Schulz, Patrick Garidel, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 429/8, 2017, Seite(n) 1244-1261, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2017.03.014

Sequence-specific protein aggregation generates defined protein knockdowns in plants

Autoren: Camilla Betti, Isabelle Vanhoutte, Silvie Coutuer, Riet Maria De Rycke, Kiril Mishev, Marnik Vuylsteke, Stijn Aesaert, Debbie Rombaut, Rodrigo Gallardo, Frederik De Smet, Jie Xu, Mieke Van Lijsebettens, Frank Van Breusegem, Dirk Inzé, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz, Eugenia Russinova
Veröffentlicht in: Plant Physiology, 2016, Seite(n) pp.00335.2016, ISSN 0032-0889
Herausgeber: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1104/pp.16.00335

Alzheimer’s-Causing Mutations Shift Aβ Length by Destabilizing γ-Secretase-Aβn Interactions

Autoren: Maria Szaruga, Bogdan Munteanu, Sam Lismont, Sarah Veugelen, Katrien Horré, Marc Mercken, Takaomi C. Saido, Natalie S. Ryan, Tatjana De Vos, Savvas N. Savvides, Rodrigo Gallardo, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau, Nick C. Fox, Carsten Hopf, Bart De Strooper, Lucía Chávez-Gutiérrez
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 170/3, 2017, Seite(n) 443-456.e14, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.07.004

Phase Separation of C9orf72 Dipeptide Repeats Perturbs Stress Granule Dynamics

Autoren: Steven Boeynaems, Elke Bogaert, Denes Kovacs, Albert Konijnenberg, Evy Timmerman, Alex Volkov, Mainak Guharoy, Mathias De Decker, Tom Jaspers, Veronica H. Ryan, Abigail M. Janke, Pieter Baatsen, Thomas Vercruysse, Regina-Maria Kolaitis, Dirk Daelemans, J. Paul Taylor, Nancy Kedersha, Paul Anderson, Francis Impens, Frank Sobott, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau, Nicolas L. Fawzi, Wim Robberecht
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 65/6, 2017, Seite(n) 1044-1055.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/J.MOLCEL.2017.02.013

Structural hot spots for the solubility of globular proteins

Autoren: Ashok Ganesan, Aleksandra Siekierska, Jacinte Beerten, Marijke Brams, Joost Van Durme, Greet De Baets, Rob Van der Kant, Rodrigo Gallardo, Meine Ramakers, Tobias Langenberg, Hannah Wilkinson, Frederik De Smet, Chris Ulens, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 7, 2016, Seite(n) 10816, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms10816

Solubis: a webserver to reduce protein aggregation through mutation

Autoren: Joost Van Durme, Greet De Baets, Rob Van Der Kant, Meine Ramakers, Ashok Ganesan, Hannah Wilkinson, Rodrigo Gallardo, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Protein Engineering Design and Selection, Ausgabe 29/8, 2016, Seite(n) 285-289, ISSN 1741-0126
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/protein/gzw019

De novo design of a biologically active amyloid

Autoren: Rodrigo Gallardo, Meine Ramakers, Frederik De Smet, Filip Claes, Ladan Khodaparast, Laleh Khodaparast, José R. Couceiro, Tobias Langenberg, Maxime Siemons, Sofie Nyström, Laurence J. Young, Romain F. Laine, Lydia Young, Enrico Radaelli, Iryna Benilova, Manoj Kumar, An Staes, Matyas Desager, Manu Beerens, Petra Vandervoort, Aernout Luttun, Kris Gevaert, Guy Bormans, Mieke Dewerchin, Johan Van Eld
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 354/6313, 2016, Seite(n) aah4949, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aah4949

WALTZ-DB 2.0: an updated database containing structural information of experimentally determined amyloid-forming peptides

Autoren: Nikolaos Louros, Katerina Konstantoulea, Matthias De Vleeschouwer, Meine Ramakers, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/D1, 2019, Seite(n) D389-D393, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz758

Adaption of human antibody λ and κ light chain architectures to CDR repertoires

Autoren: Rob van der Kant, Joschka Bauer, Anne R Karow-Zwick, Sebastian Kube, Patrick Garidel, Michaela Blech, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Protein Engineering, Design and Selection, Ausgabe 32/3, 2019, Seite(n) 109-127, ISSN 1741-0126
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/protein/gzz012

Protein Homeostasis Database: protein quality control in E.coli

Autoren: Reshmi Ramakrishnan, Bert Houben, Łukasz Kreft, Alexander Botzki, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz628

Differential proteostatic regulation of insoluble and abundant proteins

Autoren: Reshmi Ramakrishnan, Bert Houben, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 35/20, 2019, Seite(n) 4098-4107, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz214

Molecular Dissection of FUS Points at Synergistic Effect of Low-Complexity Domains in Toxicity

Autoren: Elke Bogaert, Steven Boeynaems, Masato Kato, Lin Guo, Thomas R. Caulfield, Jolien Steyaert, Wendy Scheveneels, Nathalie Wilmans, Wanda Haeck, Nicole Hersmus, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau, James Shorter, Patrick Callaerts, Wim Robberecht, Philip Van Damme, Ludo Van Den Bosch
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 24/3, 2018, Seite(n) 529-537.e4, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.070

Protein Phase Separation: A New Phase in Cell Biology

Autoren: Steven Boeynaems, Simon Alberti, Nicolas L. Fawzi, Tanja Mittag, Magdalini Polymenidou, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz, James Shorter, Benjamin Wolozin, Ludo Van Den Bosch, Peter Tompa, Monika Fuxreiter
Veröffentlicht in: Trends in Cell Biology, Ausgabe 28/6, 2018, Seite(n) 420-435, ISSN 0962-8924
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcb.2018.02.004

Comprehensive subcellular topologies of polypeptides in Streptomyces

Autoren: Konstantinos C. Tsolis, Evridiki-Pandora Tsare, Georgia Orfanoudaki, Tobias Busche, Katerina Kanaki, Reshmi Ramakrishnan, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz, Christian Rückert, Jörn Kalinowski, Jozef Anné, Spyridoula Karamanou, Maria I. Klapa, Anastassios Economou
Veröffentlicht in: Microbial Cell Factories, Ausgabe 17/1, 2018, ISSN 1475-2859
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-018-0892-0

Aggregating sequences that occur in many proteins constitute weak spots of bacterial proteostasis

Autoren: Ladan Khodaparast, Laleh Khodaparast, Rodrigo Gallardo, Nikolaos N. Louros, Emiel Michiels, Reshmi Ramakrishnan, Meine Ramakers, Filip Claes, Lydia Young, Mohammad Shahrooei, Hannah Wilkinson, Matyas Desager, Wubishet Mengistu Tadesse, K. Peter R. Nilsson, Per Hammarström, Abram Aertsen, Sebastien Carpentier, Johan Van Eldere, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-03131-0

Increased Aggregation Is More Frequently Associated to Human Disease-Associated Mutations Than to Neutral Polymorphisms

Autoren: Greet De Baets, Loic Van Doorn, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 11/9, 2015, Seite(n) e1004374, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004374

Transcellular Spreading of Tau in Tauopathies

Autoren: Koen Demaegd, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 19/23, 2018, Seite(n) 2424-2432, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.201800288

Thermodynamic and Evolutionary Coupling between the Native and Amyloid State of Globular Proteins

Autoren: Tobias Langenberg, Rodrigo Gallardo, Rob van der Kant, Nikolaos Louros, Emiel Michiels, Ramon Duran-Romaña, Bert Houben, Rafaela Cassio, Hannah Wilkinson, Teresa Garcia, Chris Ulens, Joost Van Durme, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 31/2, 2020, Seite(n) 107512, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.03.076

Reverse engineering synthetic antiviral amyloids

Autoren: Emiel Michiels, Kenny Roose, Rodrigo Gallardo, Ladan Khodaparast, Laleh Khodaparast, Rob van der Kant, Maxime Siemons, Bert Houben, Meine Ramakers, Hannah Wilkinson, Patricia Guerreiro, Nikolaos Louros, Suzanne J. F. Kaptein, Lorena Itatí Ibañez, Anouk Smet, Pieter Baatsen, Shu Liu, Ina Vorberg, Guy Bormans, Johan Neyts, Xavier Saelens, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16721-8

Autonomous aggregation suppression by acidic residues explains why chaperones favour basic residues

Autoren: Bert Houben, Emiel Michiels, Meine Ramakers, Katerina Konstantoulea, Nikolaos Louros, Joffré Verniers, Rob der Kant, Matthias De Vleeschouwer, Nuno Chicória, Thomas Vanpoucke, Rodrigo Gallardo, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 39/11, 2020, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019102864

Entropic Bristles Tune the Seeding Efficiency of Prion-Nucleating Fragments

Autoren: Emiel Michiels, Shu Liu, Rodrigo Gallardo, Nikolaos Louros, Marion Mathelié-Guinlet, Yves Dufrêne, Joost Schymkowitz, Ina Vorberg, Frederic Rousseau
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 30/8, 2020, Seite(n) 2834-2845.e3, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.01.098

Structure-based machine-guided mapping of amyloid sequence space reveals uncharted sequence clusters with higher solubilities

Autoren: Nikolaos Louros, Gabriele Orlando, Matthias De Vleeschouwer, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17207-3

Selective Knockdowns in Maize by Sequence-Specific Protein Aggregation

Autoren: Camilla Betti, Joost Schymkowitz, Frederic Rousseau, Eugenia Russinova
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, 2017, Seite(n) 109-127
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-7315-6_6

SolubiS: Optimizing Protein Solubility by Minimal Point Mutations

Autoren: Rob van der Kant, Joost van Durme, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz
Veröffentlicht in: Protein Misfolding Diseases - Methods and Protocols, Ausgabe 1873, 2019, Seite(n) 317-333, ISBN 978-1-4939-8819-8
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-8820-4_21

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