A dynamical view of binding affinity

Informations projet

BAP

N° de convention de subvention: 659025

DOI

10.3030/659025

Projet clôturé

Date de signature de la CE 23 Mars 2015

Date de début 1 Octobre 2015

Date de fin 30 Septembre 2017

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 165 598,80

Contribution de l’UE

€ 165 598,80

Coordonné par

UNIVERSITEIT UTRECHT
Netherlands

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (7)

Contacts-based prediction of binding affinity in protein–protein complexes

Auteurs: Anna Vangone, Alexandre MJJ Bonvin
Publié dans: eLife, Numéro 4, 2015, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.07454

Exploring the interplay between experimental methods and the performance of predictors of binding affinity change upon mutations in protein complexes

Auteurs: Cunliang Geng, Anna Vangone, Alexandre M.J.J. Bonvin
Publié dans: Protein Engineering Design and Selection, Numéro 29/8, 2016, Page(s) 291-299, ISSN 1741-0126
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/protein/gzw020

PRODIGY: a web server for predicting the binding affinity of protein–protein complexes

Auteurs: Li C. Xue, João Pglm Rodrigues, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre Mjj Bonvin, Anna Vangone
Publié dans: Bioinformatics, 2016, Page(s) btw514, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw514

Updates to the Integrated Protein–Protein Interaction Benchmarks: Docking Benchmark Version 5 and Affinity Benchmark Version 2

Auteurs: Thom Vreven, Iain H. Moal, Anna Vangone, Brian G. Pierce, Panagiotis L. Kastritis, Mieczyslaw Torchala, Raphael Chaleil, Brian Jiménez-García, Paul A. Bates, Juan Fernandez-Recio, Alexandre M.J.J. Bonvin, Zhiping Weng
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 427/19, 2015, Page(s) 3031-3041, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2015.07.016

Prevention of Vγ9Vδ2 T Cell Activation by a Vγ9Vδ2 TCR Nanobody

Auteurs: Renée C. G. de Bruin, Anita G. M. Stam, Anna Vangone, Paul M. P. van Bergen en Henegouwen, Henk M. W. Verheul, Zsolt Sebestyén, Jürgen Kuball, Alexandre M. J. J. Bonvin, Tanja D. de Gruijl, Hans J. van der Vliet
Publié dans: The Journal of Immunology, Numéro 198/1, 2016, Page(s) 308-317, ISSN 0022-1767
Éditeur: American Association of Immunologists
DOI: 10.4049/jimmunol.1600948

Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2

Auteurs: Zeynep Kurkcuoglu, Panagiotis I. Koukos, Nevia Citro, Mikael E. Trellet, J. P. G. L. M. Rodrigues, Irina S. Moreira, Jorge Roel-Touris, Adrien S. J. Melquiond, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Li C. Xue, Anna Vangone, A. M. J. J. Bonvin
Publié dans: Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2017, ISSN 0920-654X
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-017-0049-y

PRODIGY: A Contact-based Predictor of Binding Affinity in Protein-protein Complexes

Auteurs: Anna Vangone, Alexandre Bonvin
Publié dans: BIO-PROTOCOL, Numéro 7/3, 2017, ISSN 2331-8325
Éditeur: Bio-protocols
DOI: 10.21769/BioProtoc.2124