A dynamical view of binding affinity

Informazioni relative al progetto

BAP

ID dell’accordo di sovvenzione: 659025

DOI

10.3030/659025

Progetto chiuso

Data della firma CE 23 Marzo 2015

Data di avvio 1 Ottobre 2015

Data di completamento 30 Settembre 2017

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Costo totale

€ 165 598,80

Contributo UE

€ 165 598,80

Coordinato da

UNIVERSITEIT UTRECHT
Netherlands

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (7)

Contacts-based prediction of binding affinity in protein–protein complexes

Autori: Anna Vangone, Alexandre MJJ Bonvin
Pubblicato in: eLife, Numero 4, 2015, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.07454

Exploring the interplay between experimental methods and the performance of predictors of binding affinity change upon mutations in protein complexes

Autori: Cunliang Geng, Anna Vangone, Alexandre M.J.J. Bonvin
Pubblicato in: Protein Engineering Design and Selection, Numero 29/8, 2016, Pagina/e 291-299, ISSN 1741-0126
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/protein/gzw020

PRODIGY: a web server for predicting the binding affinity of protein–protein complexes

Autori: Li C. Xue, João Pglm Rodrigues, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre Mjj Bonvin, Anna Vangone
Pubblicato in: Bioinformatics, 2016, Pagina/e btw514, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw514

Updates to the Integrated Protein–Protein Interaction Benchmarks: Docking Benchmark Version 5 and Affinity Benchmark Version 2

Autori: Thom Vreven, Iain H. Moal, Anna Vangone, Brian G. Pierce, Panagiotis L. Kastritis, Mieczyslaw Torchala, Raphael Chaleil, Brian Jiménez-García, Paul A. Bates, Juan Fernandez-Recio, Alexandre M.J.J. Bonvin, Zhiping Weng
Pubblicato in: Journal of Molecular Biology, Numero 427/19, 2015, Pagina/e 3031-3041, ISSN 0022-2836
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2015.07.016

Prevention of Vγ9Vδ2 T Cell Activation by a Vγ9Vδ2 TCR Nanobody

Autori: Renée C. G. de Bruin, Anita G. M. Stam, Anna Vangone, Paul M. P. van Bergen en Henegouwen, Henk M. W. Verheul, Zsolt Sebestyén, Jürgen Kuball, Alexandre M. J. J. Bonvin, Tanja D. de Gruijl, Hans J. van der Vliet
Pubblicato in: The Journal of Immunology, Numero 198/1, 2016, Pagina/e 308-317, ISSN 0022-1767
Editore: American Association of Immunologists
DOI: 10.4049/jimmunol.1600948

Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2

Autori: Zeynep Kurkcuoglu, Panagiotis I. Koukos, Nevia Citro, Mikael E. Trellet, J. P. G. L. M. Rodrigues, Irina S. Moreira, Jorge Roel-Touris, Adrien S. J. Melquiond, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Li C. Xue, Anna Vangone, A. M. J. J. Bonvin
Pubblicato in: Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2017, ISSN 0920-654X
Editore: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-017-0049-y

PRODIGY: A Contact-based Predictor of Binding Affinity in Protein-protein Complexes

Autori: Anna Vangone, Alexandre Bonvin
Pubblicato in: BIO-PROTOCOL, Numero 7/3, 2017, ISSN 2331-8325
Editore: Bio-protocols
DOI: 10.21769/BioProtoc.2124