A dynamical view of binding affinity

Projektinformationen

BAP

ID Finanzhilfevereinbarung: 659025

DOI

10.3030/659025

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 23 März 2015

Startdatum 1 Oktober 2015

Enddatum 30 September 2017

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 165 598,80

EU-Beitrag

€ 165 598,80

Koordiniert durch

UNIVERSITEIT UTRECHT
Netherlands

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (7)

Contacts-based prediction of binding affinity in protein–protein complexes

Autoren: Anna Vangone, Alexandre MJJ Bonvin
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 4, 2015, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.07454

Exploring the interplay between experimental methods and the performance of predictors of binding affinity change upon mutations in protein complexes

Autoren: Cunliang Geng, Anna Vangone, Alexandre M.J.J. Bonvin
Veröffentlicht in: Protein Engineering Design and Selection, Ausgabe 29/8, 2016, Seite(n) 291-299, ISSN 1741-0126
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/protein/gzw020

PRODIGY: a web server for predicting the binding affinity of protein–protein complexes

Autoren: Li C. Xue, João Pglm Rodrigues, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre Mjj Bonvin, Anna Vangone
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2016, Seite(n) btw514, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw514

Updates to the Integrated Protein–Protein Interaction Benchmarks: Docking Benchmark Version 5 and Affinity Benchmark Version 2

Autoren: Thom Vreven, Iain H. Moal, Anna Vangone, Brian G. Pierce, Panagiotis L. Kastritis, Mieczyslaw Torchala, Raphael Chaleil, Brian Jiménez-García, Paul A. Bates, Juan Fernandez-Recio, Alexandre M.J.J. Bonvin, Zhiping Weng
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 427/19, 2015, Seite(n) 3031-3041, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2015.07.016

Prevention of Vγ9Vδ2 T Cell Activation by a Vγ9Vδ2 TCR Nanobody

Autoren: Renée C. G. de Bruin, Anita G. M. Stam, Anna Vangone, Paul M. P. van Bergen en Henegouwen, Henk M. W. Verheul, Zsolt Sebestyén, Jürgen Kuball, Alexandre M. J. J. Bonvin, Tanja D. de Gruijl, Hans J. van der Vliet
Veröffentlicht in: The Journal of Immunology, Ausgabe 198/1, 2016, Seite(n) 308-317, ISSN 0022-1767
Herausgeber: American Association of Immunologists
DOI: 10.4049/jimmunol.1600948

Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2

Autoren: Zeynep Kurkcuoglu, Panagiotis I. Koukos, Nevia Citro, Mikael E. Trellet, J. P. G. L. M. Rodrigues, Irina S. Moreira, Jorge Roel-Touris, Adrien S. J. Melquiond, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Li C. Xue, Anna Vangone, A. M. J. J. Bonvin
Veröffentlicht in: Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2017, ISSN 0920-654X
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-017-0049-y

PRODIGY: A Contact-based Predictor of Binding Affinity in Protein-protein Complexes

Autoren: Anna Vangone, Alexandre Bonvin
Veröffentlicht in: BIO-PROTOCOL, Ausgabe 7/3, 2017, ISSN 2331-8325
Herausgeber: Bio-protocols
DOI: 10.21769/BioProtoc.2124