A dynamical view of binding affinity

Información del proyecto

BAP

Identificador del acuerdo de subvención: 659025

DOI

10.3030/659025

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 23 Marzo 2015

Fecha de inicio 1 Octubre 2015

Fecha de finalización 30 Septiembre 2017

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coste total

€ 165 598,80

Aportación de la UE

€ 165 598,80

Coordinado por

UNIVERSITEIT UTRECHT
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (7)

Contacts-based prediction of binding affinity in protein–protein complexes

Autores: Anna Vangone, Alexandre MJJ Bonvin
Publicado en: eLife, Edición 4, 2015, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.07454

Exploring the interplay between experimental methods and the performance of predictors of binding affinity change upon mutations in protein complexes

Autores: Cunliang Geng, Anna Vangone, Alexandre M.J.J. Bonvin
Publicado en: Protein Engineering Design and Selection, Edición 29/8, 2016, Página(s) 291-299, ISSN 1741-0126
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/protein/gzw020

PRODIGY: a web server for predicting the binding affinity of protein–protein complexes

Autores: Li C. Xue, João Pglm Rodrigues, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre Mjj Bonvin, Anna Vangone
Publicado en: Bioinformatics, 2016, Página(s) btw514, ISSN 1367-4803
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw514

Updates to the Integrated Protein–Protein Interaction Benchmarks: Docking Benchmark Version 5 and Affinity Benchmark Version 2

Autores: Thom Vreven, Iain H. Moal, Anna Vangone, Brian G. Pierce, Panagiotis L. Kastritis, Mieczyslaw Torchala, Raphael Chaleil, Brian Jiménez-García, Paul A. Bates, Juan Fernandez-Recio, Alexandre M.J.J. Bonvin, Zhiping Weng
Publicado en: Journal of Molecular Biology, Edición 427/19, 2015, Página(s) 3031-3041, ISSN 0022-2836
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2015.07.016

Prevention of Vγ9Vδ2 T Cell Activation by a Vγ9Vδ2 TCR Nanobody

Autores: Renée C. G. de Bruin, Anita G. M. Stam, Anna Vangone, Paul M. P. van Bergen en Henegouwen, Henk M. W. Verheul, Zsolt Sebestyén, Jürgen Kuball, Alexandre M. J. J. Bonvin, Tanja D. de Gruijl, Hans J. van der Vliet
Publicado en: The Journal of Immunology, Edición 198/1, 2016, Página(s) 308-317, ISSN 0022-1767
Editor: American Association of Immunologists
DOI: 10.4049/jimmunol.1600948

Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2

Autores: Zeynep Kurkcuoglu, Panagiotis I. Koukos, Nevia Citro, Mikael E. Trellet, J. P. G. L. M. Rodrigues, Irina S. Moreira, Jorge Roel-Touris, Adrien S. J. Melquiond, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Li C. Xue, Anna Vangone, A. M. J. J. Bonvin
Publicado en: Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2017, ISSN 0920-654X
Editor: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-017-0049-y

PRODIGY: A Contact-based Predictor of Binding Affinity in Protein-protein Complexes

Autores: Anna Vangone, Alexandre Bonvin
Publicado en: BIO-PROTOCOL, Edición 7/3, 2017, ISSN 2331-8325
Editor: Bio-protocols
DOI: 10.21769/BioProtoc.2124