Membrane proteins – development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors

Projektinformationen

MEMBRANEPROT

ID Finanzhilfevereinbarung: 659826

DOI

10.3030/659826

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 23 März 2015

Startdatum 1 März 2016

Enddatum 28 Februar 2018

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 177 598,80

EU-Beitrag

€ 177 598,80

Koordiniert durch

UNIVERSITEIT UTRECHT
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (7)

Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2

Autoren: Zeynep Kurkcuoglu, Panagiotis I. Koukos, Nevia Citro, Mikael E. Trellet, J. P. G. L. M. Rodrigues, Irina S. Moreira, Jorge Roel-Touris, Adrien S. J. Melquiond, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Li C. Xue, Anna Vangone, A. M. J. J. Bonvin
Veröffentlicht in: Journal of Computer-Aided Molecular Design, Ausgabe 32/1, 2018, Seite(n) 175-185, ISSN 0920-654X
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-017-0049-y

A Machine Learning Approach for Hot-Spot Detection at Protein-Protein Interfaces

Autoren: Rita Melo, Robert Fieldhouse, André Melo, João Correia, Maria Cordeiro, Zeynep Gümüş, Joaquim Costa, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 17/8, 2016, Seite(n) 1215, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms17081215

SpotOn: High Accuracy Identification of Protein-Protein Interface Hot-Spots

Autoren: Irina S. Moreira, Panagiotis I. Koukos, Rita Melo, Jose G. Almeida, Antonio J. Preto, Joerg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Zeynep H. Gümüş, Joaquim Costa, Alexandre M. J. J. Bonvin
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-08321-2

Membrane proteins structures: A review on computational modeling tools

Autoren: Jose G. Almeida, Antonio J. Preto, Panagiotis I. Koukos, Alexandre M.J.J. Bonvin, Irina S. Moreira
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, Ausgabe 1859/10, 2017, Seite(n) 2021-2039, ISSN 0005-2736
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamem.2017.07.008

Understanding the Differential Selectivity of Arrestins toward the Phosphorylation State of the Receptor

Autoren: Ozge Sensoy, Irina S. Moreira, Giulia Morra
Veröffentlicht in: ACS Chemical Neuroscience, Ausgabe 7/9, 2016, Seite(n) 1212-1224, ISSN 1948-7193
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschemneuro.6b00073

In silico studies targeting G-protein coupled receptors for drug research against Parkinson’s disease

Autoren: Agostinho Lemos, Rita Meloc, Antonio J. Preto, Jose G. Almeida, Irina S. Moreira, M. Natalia D. S. Cordeiro
Veröffentlicht in: Current Neuropharmacology, Ausgabe 16, 2018, ISSN 1570-159X
Herausgeber: Bentham Science Publishers
DOI: 10.2174/1570159X16666180308161642

Spoton: A Machine-Learning Approach for Hot-Spot Determination

Autoren: Irina S. Moreira, Panos Koukos, Rita Melo, Jose G. Almeida, Antonio J. Preto, Jorg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Zeynep H. Gumus, Joaquim Costa, Alexandre M.J.J. Bonvin
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 112/3, 2017, Seite(n) 45a, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2016.11.284

Conference proceedings (6)

Alpha-helical and beta-sheet membrane- membrane protein dimers: centralizing information

Autoren: Pedro Filipe, António Preto, Panos Koukos, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Veröffentlicht in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2018, Seite(n) 5107
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05107

Co-evolution importance on binding Hot-Spot prediction methods

Autoren: Irina Moreira, José Almeida, António Preto, Rita Melo, Zeynep Gümüş, Joaquim Costa, Alexandre Bonvin
Veröffentlicht in: Proceedings of MOL2NET 2016, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 2nd edition, 2017, Seite(n) 3889
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-02-03889

<strong>Creating a valid <em>in silico</em> Dopamine D2-receptor model for small molecular docking studies</strong>

Autoren: Beatriz Bueschbell, António Preto, Carlos Barreto, Anke Schiedel, Irina Moreira
Veröffentlicht in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Seite(n) 5088
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05088

Structural mechanism of HER2-antibodies complexes by molecular dynamics studies

Autoren: Rita Melo, Jose Almeida, Sandra Cabo Verde, Zeynep Gumus, I. Moreira, J. Correia
Veröffentlicht in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Seite(n) 5084
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05084

Using big-data to understand the protein interface landscape

Autoren: José Almeida, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Veröffentlicht in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Seite(n) 5087
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05087

<strong>Structural and dynamic understanding of the ghrelin receptor high constitutive activity </strong>

Autoren: Carlos Barreto, Miguel Machuqueiro, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Veröffentlicht in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Seite(n) 5089
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05089

Book chapters (1)

Computer-Aided Drug Design Approaches to Study Key Therapeutic Targets in Alzheimer’s Disease

Autoren: Agostinho Lemos, Rita Melo, Irina S. Moreira, M. Natália D. S. Cordeiro
Veröffentlicht in: Neuromethods, 2018, Seite(n) 61-106
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-7404-7_3