Membrane proteins – development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors

Informazioni relative al progetto

MEMBRANEPROT

ID dell’accordo di sovvenzione: 659826

DOI

10.3030/659826

Progetto chiuso

Data della firma CE 23 Marzo 2015

Data di avvio 1 Marzo 2016

Data di completamento 28 Febbraio 2018

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Costo totale

€ 177 598,80

Contributo UE

€ 177 598,80

Coordinato da

UNIVERSITEIT UTRECHT
Netherlands

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (7)

Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2

Autori: Zeynep Kurkcuoglu, Panagiotis I. Koukos, Nevia Citro, Mikael E. Trellet, J. P. G. L. M. Rodrigues, Irina S. Moreira, Jorge Roel-Touris, Adrien S. J. Melquiond, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Li C. Xue, Anna Vangone, A. M. J. J. Bonvin
Pubblicato in: Journal of Computer-Aided Molecular Design, Numero 32/1, 2018, Pagina/e 175-185, ISSN 0920-654X
Editore: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-017-0049-y

A Machine Learning Approach for Hot-Spot Detection at Protein-Protein Interfaces

Autori: Rita Melo, Robert Fieldhouse, André Melo, João Correia, Maria Cordeiro, Zeynep Gümüş, Joaquim Costa, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, Numero 17/8, 2016, Pagina/e 1215, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms17081215

SpotOn: High Accuracy Identification of Protein-Protein Interface Hot-Spots

Autori: Irina S. Moreira, Panagiotis I. Koukos, Rita Melo, Jose G. Almeida, Antonio J. Preto, Joerg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Zeynep H. Gümüş, Joaquim Costa, Alexandre M. J. J. Bonvin
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-08321-2

Membrane proteins structures: A review on computational modeling tools

Autori: Jose G. Almeida, Antonio J. Preto, Panagiotis I. Koukos, Alexandre M.J.J. Bonvin, Irina S. Moreira
Pubblicato in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, Numero 1859/10, 2017, Pagina/e 2021-2039, ISSN 0005-2736
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamem.2017.07.008

Understanding the Differential Selectivity of Arrestins toward the Phosphorylation State of the Receptor

Autori: Ozge Sensoy, Irina S. Moreira, Giulia Morra
Pubblicato in: ACS Chemical Neuroscience, Numero 7/9, 2016, Pagina/e 1212-1224, ISSN 1948-7193
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschemneuro.6b00073

In silico studies targeting G-protein coupled receptors for drug research against Parkinson’s disease

Autori: Agostinho Lemos, Rita Meloc, Antonio J. Preto, Jose G. Almeida, Irina S. Moreira, M. Natalia D. S. Cordeiro
Pubblicato in: Current Neuropharmacology, Numero 16, 2018, ISSN 1570-159X
Editore: Bentham Science Publishers
DOI: 10.2174/1570159X16666180308161642

Spoton: A Machine-Learning Approach for Hot-Spot Determination

Autori: Irina S. Moreira, Panos Koukos, Rita Melo, Jose G. Almeida, Antonio J. Preto, Jorg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Zeynep H. Gumus, Joaquim Costa, Alexandre M.J.J. Bonvin
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 112/3, 2017, Pagina/e 45a, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2016.11.284

Conference proceedings (6)

Alpha-helical and beta-sheet membrane- membrane protein dimers: centralizing information

Autori: Pedro Filipe, António Preto, Panos Koukos, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Pubblicato in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2018, Pagina/e 5107
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05107

Co-evolution importance on binding Hot-Spot prediction methods

Autori: Irina Moreira, José Almeida, António Preto, Rita Melo, Zeynep Gümüş, Joaquim Costa, Alexandre Bonvin
Pubblicato in: Proceedings of MOL2NET 2016, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 2nd edition, 2017, Pagina/e 3889
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-02-03889

<strong>Creating a valid <em>in silico</em> Dopamine D2-receptor model for small molecular docking studies</strong>

Autori: Beatriz Bueschbell, António Preto, Carlos Barreto, Anke Schiedel, Irina Moreira
Pubblicato in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Pagina/e 5088
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05088

Structural mechanism of HER2-antibodies complexes by molecular dynamics studies

Autori: Rita Melo, Jose Almeida, Sandra Cabo Verde, Zeynep Gumus, I. Moreira, J. Correia
Pubblicato in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Pagina/e 5084
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05084

Using big-data to understand the protein interface landscape

Autori: José Almeida, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Pubblicato in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Pagina/e 5087
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05087

<strong>Structural and dynamic understanding of the ghrelin receptor high constitutive activity </strong>

Autori: Carlos Barreto, Miguel Machuqueiro, Alexandre Bonvin, Irina Moreira
Pubblicato in: Proceedings of MOL2NET 2017, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 3rd edition, 2017, Pagina/e 5089
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/mol2net-03-05089

Book chapters (1)

Computer-Aided Drug Design Approaches to Study Key Therapeutic Targets in Alzheimer’s Disease

Autori: Agostinho Lemos, Rita Melo, Irina S. Moreira, M. Natália D. S. Cordeiro
Pubblicato in: Neuromethods, 2018, Pagina/e 61-106
Editore: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-7404-7_3