Ziel
Gene expression is the fundamental process that in all cells produces functional protein from a genomic DNA template using a messenger RNA (mRNA) intermediate. Eukaryotic gene expression involves transcription--the polymerization of mRNA--and splicing--the removal of non-coding regions from the mRNA. Recent evidence shows that nascent mRNAs are spliced while still being transcribed, not after completion of transcription, and that splicing machinery regulates transcription. This cross-talk complicates understanding of gene expression, as its mechanism and consequences are not understood. This project proposes using model-based data analysis, applied to multiple types of data, to study the kinetics of coupled transcription and splicing.
Model-based data analysis is a statistical framework in which models are formulated as probability distributions encoding the stochastic interactions between components, including observed data. Knowledge of the underlying mechanism--here, biological--is used to quantify both the phenomenon, and the uncertainty resulting from partial knowledge and noisy observations. The need for such analysis is acute in modern biology: decades of molecular biology have yielded detailed information on specific molecules and pathways, and now next-generation sequencing (NGS) allows scientists to collect gigabytes of data on thousands of distinct molecules simultaneously. Yet, integrating these approaches is challenging: biologists struggle to analyze NGS data in ways that give insight into known--and previously unknown--biological mechanisms.
Here, the model-based data analysis paradigm will be used to interrogate the interplay of transcription and splicing, using state-of the art data including time-resolved NGS measurements of RNA processing. Working with experimentalists, we will quantify the kinetics of splicing in constitutive genes by labeling nascent transcripts, and estimate the effect of splicing on polymerase elongation genome-wide.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik RNS
- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Datenwissenschaften Datenverarbeitung
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Molekularbiologie
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2014
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
EH8 9YL Edinburgh
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.