Topological organization of vertebrate regulatory landscapes: The Hox genes paradigm

Informations projet

RegulHox

N° de convention de subvention: 667156

DOI

10.3030/667156

Projet clôturé

Date de signature de la CE 26 Juin 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 28 Février 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 499 628,00

Contribution de l’UE

€ 2 499 628,00

Coordonné par

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (10)

Control of Hoxd gene transcription in the mammary bud by hijacking a preexisting regulatory landscape

Auteurs: Ruben Schep, Anamaria Necsulea, Eddie Rodríguez-Carballo, Isabel Guerreiro, Guillaume Andrey, Thi Hanh Nguyen Huynh, Virginie Marcet, Jozsef Zákány, Denis Duboule, Leonardo Beccari
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 113/48, 2016, Page(s) E7720-E7729, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1617141113

Large scale genomic reorganization of topological domains at the HoxD locus

Auteurs: Pierre J. Fabre, Marion Leleu, Benjamin H. Mormann, Lucille Lopez-Delisle, Daan Noordermeer, Leonardo Beccari, Denis Duboule
Publié dans: Genome Biology, Numéro 18/1, 2017, ISSN 1474-760X
Éditeur: Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-017-1278-z

Embryonic timing, axial stem cells, chromatin dynamics, and the Hox clock

Auteurs: Jacqueline Deschamps, Denis Duboule
Publié dans: Genes & Development, Numéro 31/14, 2017, Page(s) 1406-1416, ISSN 0890-9369
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.303123.117

Hotair Is Dispensible for Mouse Development

Auteurs: Ana Rita Amândio, Anamaria Necsulea, Elisabeth Joye, Bénédicte Mascrez, Denis Duboule
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 12/12, 2016, Page(s) e1006232, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1006232

Integration of Shh and Fgf signaling in controlling Hox gene expression in cultured limb cells

Auteurs: Alan R. Rodrigues, Nayuta Yakushiji-Kaminatsui, Yuji Atsuta, Guillaume Andrey, Patrick Schorderet, Denis Duboule, Clifford J. Tabin
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 114/12, 2017, Page(s) 3139-3144, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1620767114

Nanoscale spatial organization of the HoxD gene cluster in distinct transcriptional states

Auteurs: Pierre J. Fabre, Alexander Benke, Elisabeth Joye, Thi Hanh Nguyen Huynh, Suliana Manley, Denis Duboule
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 112/45, 2015, Page(s) 13964-13969, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1517972112

The HoxD cluster is a dynamic and resilient TAD boundary controlling the segregation of antagonistic regulatory landscapes

Auteurs: Eddie Rodríguez-Carballo, Lucille Lopez-Delisle, Ye Zhan, Pierre J. Fabre, Leonardo Beccari, Imane El-Idrissi, Thi Hanh Nguyen Huynh, Hakan Ozadam, Job Dekker, Denis Duboule
Publié dans: Genes & Development, Numéro 31/22, 2017, Page(s) 2264-2281, ISSN 0890-9369
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.307769.117

Control of growth and gut maturation by HoxD genes and the associated lncRNA Haglr

Auteurs: Jozsef Zakany, Fabrice Darbellay, Bénédicte Mascrez, Anamaria Necsulea, Denis Duboule
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 114/44, 2017, Page(s) E9290-E9299, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1712511114

A role for HOX13 proteins in the regulatory switch between TADs at the HoxD locus

Auteurs: Leonardo Beccari, Nayuta Yakushiji-Kaminatsui, Joost M. Woltering, Anamaria Necsulea, Nicolas Lonfat, Eddie Rodríguez-Carballo, Benedicte Mascrez, Shiori Yamamoto, Atsushi Kuroiwa, Denis Duboule
Publié dans: Genes & Development, 2016, ISSN 0890-9369
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.281055.116

Reorganisation of Hoxd regulatory landscapes during the evolution of a snake-like body plan

Auteurs: Isabel Guerreiro, Sandra Gitto, Ana Novoa, Julien Codourey, Thi Hanh Nguyen Huynh, Federico Gonzalez, Michel C Milinkovitch, Moises Mallo, Denis Duboule
Publié dans: eLife, Numéro 5, 2016, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.16087