Leistungen
This report will provide targeted profiles of selected biopsies and will be used improve clone inference in WP1, prognostic-biomarker inference in WP3, tumour classification WP4, sample and assay selection in WP6. Results will influence the construction of amplicon deliverables in D2.3.
Targeted ultra-deep sequencing of cancer-gene lociThis report will provide targeted profiles of selected biopsies and will be used to improve clone inference in WP1, prognostic-biomarker inference in WP3, and tumour classification in WP4. Results will influence the construction of amplicon deliverables in D2.2 and D2.3.
Generate amplicon sequencing profiles from sample punches prepared in D.6.2This deliverable converts the validation cohort tissue samples into quantitative genomic amplicon profiles.
Robust cross-cohort clinical patient classifierWe will provide molecular signatures and/or biomarkers of clinical groups based on the integration of all analyzed data types.
Generic modelIn this deliverable, we will construct a generic logical model that will include altered signalling pathways identified by WP3 and WP4, complemented by pathways that are known to be frequently altered in cancer.
Data Management PlanThe purpose of the DMP is to provide an analysis of the main elements of the data management policy that will be used by the applications with regard to all the datasets that will be generated by the project. The DMP is not a fixed document, but evolves during the lifespan of the project.
Project quality planThe project quality plan (the project handbook) constitutes a set of project templates, explanations on the project management process, review process, quality checks, meeting organisation, which is communicated to all partners.
Generate cell line drug sensitivity/resistance validation assaysThis deliverable will validate the drug predictions for prostatic cell lines inferred in WP5.
Proteomic data sets in cancer cell linesIn this deliverable the data required to train the logical models will be provided.
Clonal classification of tumoursClassification of tumours according to dominant clonal content.
Final clone inferenceRefined clonality models and associated biomarkers.
Generate SWATH proteome profiles from sample punches prepared in D.6.2This deliverable converts the validation cohort tissue samples into quantitative protein profiles.
1st Interim Progress ReportThe interim project progress report will address the main achievements and concrete key outcomes of the first project year (project summary, work performed and main results, risk assessment, list of scientific publications and dissemination activities). All work packages will summarize their work, challenges and outcomes in order to contribute to this report.
Targeted profiling of prospective cohortThis report will provide profiles of selected biopsies and will be used to inform sample and assay selection in WP6.
Final regulatory network inferenceRefined reversed engineered regulatory networks in PC tumours based on updated methodology for network integration and analyses of small datasets.
A complete catalogue of targeted profilesThis report will provide normalized molecular profiles, including DNA and protein-expression profiles, of all biopsies studied in WP2.
2nd Interim Progress ReportThe interim project progress report will address the main achievements and concrete key outcomes of the second project year (project summary, work performed and main results, risk assessment, list of scientific publications and dissemination activities). All work packages will summarize their work, challenges and outcomes in order to contribute to this report.
Catalogue of molecular alterations and dysregulated pathwaysWe will provide lists of molecular alterations and targeted pathways. The list will be segregated according to pathological stage (Gleason score), clonal structure and patient.
We will finalize dashboard implementation and interface with data access and depository, refactored methods, ACSN, and Watson. Integration of data and methods will be followed by extensive application testing.
First data-driven reconstruction of context-specific networkProteome networks based on MS and phospho-MS data from prostatic cells lines and from samples of the proCOC and MetaProC biopsies.
Computational pipeline to extract prior network information at the proteomic levelProvides a computational tool to extract and to mathematically aggregate prior information for later use in data-driven network reconstruction.
Network reconstruction algorithms for MS dataProvides novel algorithms for protein network reconstruction tailored to the MS data format of partner ETH and evaluated on the already existing prostatic cell line data of ETH.
Re-implement methodsAnalyses methods will be refactored and re-implemented within the framework.
Data input and input interfaceWe will input data and implement a framework for depositing future data into SmartBiobank.
Design and integrate pathway visualizationWe will provide visual profiles of data from patients, clones and cell lines using ACSN and networks created in WP3 and WP5.
Identification of systematic alterations of networks for different prognosis and for different clonal compositionFound alterations enable the comparison with the genomic analysis of WP1 and provide predictions to be validated in WP6.
Interactome of molecular interactions in prostate cancerThis deliverable provides comprehensive information of all known and inferred interactions in prostate cancer.
The external IT communication infrastructure constitutes a guideline for communication of the PrECISE project to external target groups including conferences, marketing measures and communication channels. Furthermore this deliverable constitutes the launch of the internal PrECISE communication infrastructure including the establishment of mailing lists or a subversion server, and the PrECISE website.
Veröffentlichungen
Autoren:
Matteo Manica, Philippe Chouvarine, Roland Mathis, Ulrich Wagner, Kathrin Oehl, Karim Saba, Laura De Vargas Roditi, Arati N Pati, Maria Rodriguez-Martinez, Peter J Wild, Pavel Sumazin
Veröffentlicht in:
ISMB 2017, 2017
Herausgeber:
ISMB conference
DOI:
10.5281/zenodo.841110
Autoren:
Mathis, Roland; Manica, Matteo; Rodriguez Martinez, Maria
Veröffentlicht in:
ISMB 2017, 2017
Herausgeber:
ISMB conference
DOI:
10.5281/zenodo.841164
Autoren:
Linzner, Dominik
Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
ISMB 2017, 2017
Herausgeber:
ISMB Conference
DOI:
10.5281/zenodo.841160
Autoren:
Al- Sayed, Sara
Department of Electrical Engineering Technische Universität Darmstadt, Germany
; Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
IEEE MLSP 2018, 2018
Herausgeber:
IEEE MLSP conference
DOI:
10.5281/zenodo.1488636
Autoren:
Oskooei, Ali; Born, Jannis; Manica, Matteo; Subramanian, Vigneshwari; Saez-Rodriguez, Julio; Rodriguez- Martinez, Maria
Veröffentlicht in:
32nd Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2018), 2018
Herausgeber:
NeurIPs 2018
DOI:
10.5281/zenodo.1967105
Autoren:
Yang, Sikun
Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
IEEE International conference on data mining (ICDM 2018), 2018
Herausgeber:
IEEE ICDM
DOI:
10.5281/zenodo.1966177
Autoren:
Linzner, Dominik
Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
32nd Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPs 2018), 2018
Herausgeber:
NeurIPs 2018
DOI:
10.5281/zenodo.1966609
Autoren:
Yang, Sikun; Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
AAAI 2018 - Association for the Advancement of Artificial Intelligence 2018, Ausgabe 3, 2018
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.1242987
Autoren:
Yang, Sikun; Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
Ausgabe 10, 2018
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.1314290
Autoren:
Traynard, Pauline; Tobalina, Luis; Eduati, Federica; Calzone, Laurence; Saez-Rodriguez, Julio
Veröffentlicht in:
Ausgabe 1, 2018
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.841126
Autoren:
Oskooei, Ali; Born, Jannis; Manica, Matteo; Subramanian, Vigneshwari; Saez-Rodriguez, Julio; Rodriguez- Martinez, Maria
Veröffentlicht in:
Ausgabe 7, 2018
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.1967104
Autoren:
LInzner, Dominik; Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
Ausgabe 10, 2018
Herausgeber:
Arxiv
DOI:
10.5281/zenodo.1966608
Autoren:
Yang, Sikun; Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
Ausgabe 3, 2018
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.1966176
Autoren:
Linzner, Dominik; Koepply, Heinz
Veröffentlicht in:
ISMB 2017 / CMSB 2017, 2017
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.841159
Autoren:
Cuklina, Jelena; Lee, Chloe; Williams, Evan G.; Sajic, Tatjana; Collins, Ben; Rodriguez-Martinez, Maria; Pedrioli, Patrick; Aebersold, Ruedi
Veröffentlicht in:
Ausgabe 10, 2018
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.1446001
Autoren:
Traynard, Pauline; Beal, Jonas; Tobalina, Luis; Barillot, Emmanuel; Saez-Rodriguez, Julio; Calzone, Laurence
Veröffentlicht in:
ISMB 2017, Ausgabe 9, 2017
Herausgeber:
ISMB conference
DOI:
10.5281/zenodo.841116
Autoren:
Al- Sayed, Sara; Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
(MLSP 2018) 2018 IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing, Ausgabe 2, 2018
Herausgeber:
IEEE
DOI:
10.5281/zenodo.1488635
Autoren:
Mathis, Roland; Manica, Matteo; Rodriguez Martinez, Maria
Veröffentlicht in:
Ausgabe 2, 2017
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.841163
Autoren:
Al-Sayed, Sara; Koeppl, Heinz
Veröffentlicht in:
ISMB 2017, Ausgabe 5, 2017
Herausgeber:
ISMB Conference
DOI:
10.5281/zenodo.841132
Autoren:
Cuklina, Jelena; Wu, Yibo; Williams, Evan G.; Rodriguez Martinez, Maria; Aebersold, Ruedi
Veröffentlicht in:
ISMB 2017, Ausgabe 6, 2017
Herausgeber:
ISMB Conference
DOI:
10.5281/zenodo.841208
Autoren:
Subramanian, Vigneshwari; Szalai, Bence; Tobalina, Luis; Saez-Rodriguez, Julio
Veröffentlicht in:
NETTAB 2017, Ausgabe 4, 2017
Herausgeber:
NETTAB conference
DOI:
10.5281/zenodo.1066906
Autoren:
Mathis, Roland; Manica, Matteo; Martinez Rodriguez, Maria
Veröffentlicht in:
Ausgabe 9, 2016
Herausgeber:
ROCKY 2016
DOI:
10.5281/zenodo.840078
Autoren:
Türei, Denes; Tobalina, Luis; Henriques, David; Traynard, Pauline; Calzone, Laurence; Korcsmáros, Tamás; Saez-Rodriguez, Julio
Veröffentlicht in:
Ausgabe 4, 2016
Herausgeber:
ICSB 2016
DOI:
10.5281/zenodo.840094
Autoren:
Traynard, Pauline; Tobalina, Luis; Henriques, David; Barillot, Emmanuel; Saez-Rodriguez, Julio; Calzone, Laurence
Veröffentlicht in:
Ausgabe 11, 2016
Herausgeber:
ICSB 2016
DOI:
10.5281/zenodo.840084
Autoren:
Manica, Matteo; Mathis, Roland; Martinez Rodriguez, Maria
Veröffentlicht in:
Ausgabe 6, 2016
Herausgeber:
All SystemsX.ch Day 2016
DOI:
10.5281/zenodo.839692
Autoren:
Tobalina, Luis; Henriques, David; Saez-Rodriguez, Julio
Veröffentlicht in:
2016
Herausgeber:
byteMAL
DOI:
10.5281/zenodo.835692
Autoren:
Guo, Tiannan; Li, Li; Zhong, Qing; Rupp, Niels J.; Charmpi, Konstantina; Wong, Christine E.; Wagner, Ulrich; Rueschoff, Jan H.; Jochum, Wolfram; Fankhauser, Christian; Saba, Karim; Poyet, Cedric; Wild, Peter; Aebersold, Ruedi; Beyer, Andreas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 1, 2016
Herausgeber:
All SystemsX.ch Day 2016
DOI:
10.5281/zenodo.841216
Autoren:
Čuklina, Jelena; Wu, Yibo; Williams, Evan. G.; Rodríguez-Martínez, María; Aebersold, Ruedi
Veröffentlicht in:
Ausgabe 8, 2016
Herausgeber:
LATSIS Symposium on Personalized Medicine
DOI:
10.5281/zenodo.846702
Autoren:
Traynard, Pauline; Tobalina, Luis; Eduati, Federica; Calzone, Laurence; Saez-Rodriguez, Julio
Veröffentlicht in:
ISMB 2017, 2017
Herausgeber:
ISMB conference
DOI:
10.5281/zenodo.841127
Autoren:
Cuklina, Jelena; Lee, Chloe; Williams, Evan G.; Sajic, Tatjana; Collins, Ben; Rodriguez-Martinez, Maria; Pedrioli, Patrick; Aebersold, Ruedi
Veröffentlicht in:
HUPO 2018, 2018
Herausgeber:
HUPO conference
DOI:
10.5281/zenodo.1446001
Autoren:
Tobalina, Luis
Veröffentlicht in:
Logic and System Biology Workshop, 2018
Herausgeber:
Logic and System Biology Workshop
DOI:
10.5281/zenodo.1474213
Autoren:
Menden, Michael P; Wang, Dennis; Guan, Yuanfang; Mason, Michael; Szalai, Bence; Bulusu, Krishna C; Yu, Thomas; Kang, Jaewoo; Jeon, Minji; Wolfinger, Russ; Nguyen, Tin; Zaskavskiy, Mikhail; DREAM consortium; Jang, In Sock; Ghazoui, Zara; Ahsen, Mehmet Eren; Vogel, Robert; Neto, Elias Chaibub; Norman, Thea; Tang, Eric KY; Garnett, Matthew J; Di Veroli, Giovanni; Fawell, Steve; Stolovitzky, Gustavo;
Veröffentlicht in:
DREAM Challenges 2017, 2017
Herausgeber:
DREAM Challenges
DOI:
10.1101/200451
Autoren:
Arnau Montagud, Jonas Béal, Pauline Traynard, Luis Tobalina, Julio Sáez-Rodríguez, Emmanuel Barillot and Laurence Calzone
Veröffentlicht in:
2018
Herausgeber:
ECCB 2018
DOI:
10.5281/zenodo.2416618
Autoren:
Jonas Béal, Arnau Montagud, Pauline Traynard, Emmanuel Barillot and Laurence Calzone
Veröffentlicht in:
2017
Herausgeber:
ECCB 2018
DOI:
10.5281/zenodo.2417118
Autoren:
Angeliki Kalamara, Luis Tobalina, Julio Saez-Rodriguez
Veröffentlicht in:
Current Opinion in Systems Biology, Ausgabe 10, 2018, Seite(n) 53-62, ISSN 2452-3100
Herausgeber:
ELSEVIER
DOI:
10.1016/j.coisb.2018.07.001
Autoren:
Dmytro Ustianenko, Hua-Sheng Chiu, Thomas Treiber, Sebastien M. Weyn-Vanhentenryck, Nora Treiber, Gunter Meister, Pavel Sumazin, Chaolin Zhang
Veröffentlicht in:
Molecular Cell, Ausgabe 71/2, 2018, Seite(n) 271-283.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.molcel.2018.06.029
Autoren:
Jonas Béal, Arnau Montagud, Pauline Traynard, Emmanuel Barillot, Laurence Calzone
Veröffentlicht in:
Frontiers in Physiology, Ausgabe 9, 2019, ISSN 1664-042X
Herausgeber:
Frontiers Research Foundation
DOI:
10.3389/fphys.2018.01965
Autoren:
Gaelle Letort, Arnau Montagud, Gautier Stoll, Randy Heiland, Emmanuel Barillot, Paul Macklin, Andrei Zinovyev, Laurence Calzone
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, 2018, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/bty766
Autoren:
Calzone, Laurence; Barillot, Emmanuel; Zinovyev, Andrei
Veröffentlicht in:
Current Opinion in Chemical Engineering 21 22-31, Ausgabe 1, 2018, ISSN 2211-3398
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.5281/zenodo.1243004
Autoren:
Pauline Traynard, Luis Tobalina, Federica Eduati, Laurence Calzone, Julio Saez-Rodriguez
Veröffentlicht in:
CPT: Pharmacometrics & Systems Pharmacology, Ausgabe 6/8, 2017, Seite(n) 499-511, ISSN 2163-8306
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1002/psp4.12225
Autoren:
Hua-Sheng Chiu, Sonal Somvanshi, Ektaben Patel, Ting-Wen Chen, Vivek P. Singh, Barry Zorman, Sagar L. Patil, Yinghong Pan, Sujash S. Chatterjee, Anil K. Sood, Preethi H. Gunaratne, Pavel Sumazin, Samantha J. Caesar-Johnson, John A. Demchok, Ina Felau, Melpomeni Kasapi, Martin L. Ferguson, Carolyn M. Hutter, Heidi J. Sofia, Roy Tarnuzzer, Zhining Wang, Liming Yang, Jean C. Zenklusen, Jiashan (Julia
Veröffentlicht in:
Cell Reports, Ausgabe 23/1, 2018, Seite(n) 297-312.e12, ISSN 2211-1247
Herausgeber:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.celrep.2018.03.064
Autoren:
Stoll, Gautier; Caron, Barthelemy; Viara, Eric; Dugourd, Aurelien; Zinovyev, Andrei; Naldi, Aurelien; Kroemer, Guido
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 5, 2017, Seite(n) 2226–2228, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.5281/zenodo.841168
Autoren:
Traynard, Pauline; Tobalina, Luis; Eduati, Federica; Calzone, Laurence; Saez-Rodriguez, Julio
Veröffentlicht in:
CPT: Pharmacometrics and Systems Pharmacology, Ausgabe 5, 2017, ISSN 2163-8306
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.5281/zenodo.841206
Autoren:
H. Alexander Ebhardt, Alex Root, Yansheng Liu, Nicholas Paul Gauthier, Chris Sander, Ruedi Aebersold
Veröffentlicht in:
npj Systems Biology and Applications, Ausgabe 4/1, 2018, ISSN 2056-7189
Herausgeber:
Zenodo
DOI:
10.1038/s41540-018-0064-1
Autoren:
Tiannan Guo, Li Li, Qing Zhong, Niels J Rupp, Konstantina Charmpi, Christine E Wong, Ulrich Wagner, Jan H Rueschoff, Wolfram Jochum, Christian Daniel Fankhauser, Karim Saba, Cedric Poyet, Peter J Wild, Ruedi Aebersold, Andreas Beyer
Veröffentlicht in:
Life Science Alliance, Ausgabe 1/2, 2018, Seite(n) e201800042, ISSN 2575-1077
Herausgeber:
Life Science Alliance
DOI:
10.26508/lsa.201800042
Autoren:
Matteo Manica, Joris Cadow, Roland Mathis, María Rodríguez Martínez
Veröffentlicht in:
npj Systems Biology and Applications, Ausgabe 5/1, 2019, ISSN 2056-7189
Herausgeber:
Cornell University
DOI:
10.1038/s41540-019-0086-3
Rechte des geistigen Eigentums
Antrags-/Publikationsnummer:
US
94520169
Datum:
2017-12-01
Antragsteller:
IBM RESEARCH GMBH
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