Understanding and manipulating the dynamics of chromosome topologies in transcriptional control

Informations projet

CHROMTOPOLOGY

N° de convention de subvention: 678624

DOI

10.3030/678624

Projet clôturé

Date de signature de la CE 30 Mai 2016

Date de début 1 Juin 2016

Date de fin 31 Decembre 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 500 000,00

Coordonné par

CENTRE EUROPEEN DE RECHERCHE EN BIOLOGIE ET EN MEDECINE
France

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (8)

Integration of high-throughput reporter assays identify a critical enhancer of the Ikzf1 gene.

Auteurs: Jaafar Alomairi; Anne Molitor; Nori Sadouni; Saadat Hussain; Magali Torres; Wiam Saadi; Lan T.M. Dao; Guillaume Charbonnier; David Santiago-Algarra; Jean-Christophe Andrau; Denis Puthier; Tom Sexton; Salvatore Spicuglia
Publié dans: PLoS ONE, Numéro 15(5), 2020, Page(s) pp.e0233191, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0233191

Precise measurements of chromatin diffusion dynamics by modeling using Gaussian processes

Auteurs: Guilherme M Oliveira, Attila Oravecz, Dominique Kobi, Manon Maroquenne, Kerstin Bystricky, Tom Sexton, Nacho Molina
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12(1), 2021, Page(s) 6184, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26466-7

Myod1 and GR coordinate myofiber-specific transcriptional enhancers

Auteurs: Daniela Rovito, Anna-Isavella Rerra, Vanessa Ueberschlag-Pitiot, Shilpy Joshi, Nezih Karasu, Vanessa Dacleu-Siewe, Khalil Ben Rayana, Kamar Ghaibour, Maxime Parisotto, Arnaud Ferry, Scott A Jelinsky, Gilles Laverny, Bruno P Klaholz, Tom Sexton, Isabelle M L Billas, Delphine Duteil, Daniel Metzger
Publié dans: Nucleic Acids Res, Numéro 49(8), 2021, Page(s) 4472-4492, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab226

Alternative Enhancer Usage and Targeted Polycomb Marking Hallmark Promoter Choice during T Cell Differentiation

Auteurs: Muhammad Ahmad Maqbool; Léo Pioger; Amal Zine El Aabidine; Nezih Karasu; Anne Molitor; Lan T.M. Dao; Guillaume Charbonnier; Francois van Laethem; Romain Fenouil; Frederic Koch; Georges Lacaud; Ivo Gut; Marta Gut; Sebastian Amigorena; Olivier Joffre; Tom Sexton; Salvatore Spicuglia; Jean-Christophe Andrau
Publié dans: https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03015018, Numéro 4, 2020, Page(s) 108048, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108048

Age-related and disease locus-specific mechanisms contribute to early remodelling of chromatin structure in Huntington's disease mice

Auteurs: Rafael Alcalá-Vida, Jonathan Seguin, Caroline Lotz, Anne M Molitor, Ibai Irastorza-Azcarate, Ali Awada, Nezih Karasu, Aurélie Bombardier, Brigitte Cosquer, Jose Luis Gomez Skarmeta , Jean-Christophe Cassel, Anne-Laurence Boutillier, Thomas Sexton, Karine Merienne
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12(1), 2021, Page(s) 364, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20605-2

Defining Functionally Relevant Spatial Chromatin Domains: It is a TAD Complicated

Auteurs: Natalia Sikorska, Tom Sexton
Publié dans: J. Mol. Biol., Numéro 432(3), 2020, Page(s) 653-664, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.12.006

ChiCMaxima: a robust and simple pipeline for detection and visualization of chromatin looping in Capture Hi-C

Auteurs: Yousra Ben Zouari, Anne M. Molitor, Natalia Sikorska, Vera Pancaldi, Tom Sexton
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/s13059-019-1706-3

4See: A Flexible Browser to Explore 4C Data

Auteurs: Yousra Ben Zouari, Angeliki Platania, Anne M. Molitor, Tom Sexton
Publié dans: Frontiers in Genetics, Numéro 10, 2020, ISSN 1664-8021
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2019.01372

Other (4)

Additional file 1: of ChiCMaxima: a robust and simple pipeline for detection and visualization of chromatin looping in Capture Hi-C

Auteurs: Zouari, Yousra Ben; Molitor, Anne; Sikorska, Natalia; Pancaldi, Vera; Sexton, Tom
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20(1), 2021, Page(s) 6184, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.6084/m9.figshare.8172704

Additional file 3: of ChiCMaxima: a robust and simple pipeline for detection and visualization of chromatin looping in Capture Hi-C

Auteurs: Zouari, Yousra Ben; Molitor, Anne; Sikorska, Natalia; Pancaldi, Vera; Sexton, Tom
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20(1), 2021, Page(s) 6184, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.6084/m9.figshare.8172722.v1

Additional file 2: of ChiCMaxima: a robust and simple pipeline for detection and visualization of chromatin looping in Capture Hi-C

Auteurs: Zouari, Yousra Ben; Molitor, Anne; Sikorska, Natalia; Pancaldi, Vera; Sexton, Tom
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20(1), 2019, ISSN 1474-760X
Éditeur: Biomed Central
DOI: 10.6084/m9.figshare.8172713.v1

Transcriptional regulation and chromatin architecture maintenance are decoupled modular functions at the Sox2 locus

Auteurs: Tiegh Taylor, Natalia Sikorska, Virlana M Shchuka, Sanjay Chahar, Chenfan Ji, Neil N Macpherson, Sakthi D Moorthy, Jennifer A Mitchell, Tom Sexton
Publié dans: bioRxiv, 2022
Éditeur: Preprint
DOI: 10.1101/2022.02.09.479674