Integrating spatial and genetic information via automated image analysis and interactive visualization of tissue data

Información del proyecto

TissueMaps

Identificador del acuerdo de subvención: 682810

DOI

10.3030/682810

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 14 Marzo 2016

Fecha de inicio 1 Abril 2016

Fecha de finalización 31 Marzo 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 738 690,00

Aportación de la UE

€ 1 738 690,00

Coordinado por

UPPSALA UNIVERSITET
Sweden

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Publicaciones

Peer reviewed articles (13)

Machine learning for cell classification and neighborhood analysis in glioma tissue

Autores: Leslie Solorzano; Lina Wik; Thomas Olsson Bontell; Thomas Olsson Bontell; Yuyu Wang; Anna H. Klemm; Anna H. Klemm; Johan Öfverstedt; Asgeir Store Jakola; Asgeir Store Jakola; Arne Östman; Carolina Wählby; Carolina Wählby
Publicado en: Cytometry, Edición 4, 2021, ISSN 1552-4922
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.24467

Automated identification of the mouse brain’s spatial compartments from in situ sequencing data

Autores: Gabriele Partel, Markus M. Hilscher, Giorgia Milli, Leslie Solorzano, Anna H. Klemm, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Publicado en: BMC Biology, Edición 18/1, 2020, ISSN 1741-7007
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00874-5

Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures

Autores: Gabriele Partel, Carolina Wählby
Publicado en: The FEBS Journal, 2020, ISSN 1742-464X
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15572

Automated Training of Deep Convolutional Neural Networks for Cell Segmentation

Autores: Sajith Kecheril Sadanandan, Petter Ranefall, Sylvie Le Guyader, Carolina Wählby
Publicado en: Scientific Reports, Edición 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-07599-6

A short feature vector for image matching: The Log-Polar Magnitude feature descriptor

Autores: Damian J. Matuszewski, Anders Hast, Carolina Wählby, Ida-Maria Sintorn
Publicado en: PLOS ONE, Edición 12/11, 2017, Página(s) e0188496, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0188496

A comprehensive structural, biochemical and biological profiling of the human NUDIX hydrolase family

Autores: Jordi Carreras-Puigvert, Marinka Zitnik, Ann-Sofie Jemth, Megan Carter, Judith E. Unterlass, Björn Hallström, Olga Loseva, Zhir Karem, José Manuel Calderón-Montaño, Cecilia Lindskog, Per-Henrik Edqvist, Damian J. Matuszewski, Hammou Ait Blal, Ronnie P. A. Berntsson, Maria Häggblad, Ulf Martens, Matthew Studham, Bo Lundgren, Carolina Wählby, Erik L. L. Sonnhammer, Emma Lundberg, Pål Stenmar
Publicado en: Nature Communications, Edición 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01642-w

Deep Learning in Image Cytometry: A Review

Autores: Anindya Gupta, Philip J. Harrison, Håkan Wieslander, Nicolas Pielawski, Kimmo Kartasalo, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Amit Suveer, Anna H. Klemm, Ola Spjuth, Ida‐Maria Sintorn, Carolina Wählby
Publicado en: Cytometry Part A, Edición 95/4, 2019, Página(s) 366-380, ISSN 1552-4922
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.23701

TissUUmaps: Interactive visualization of large-scale spatial gene expression and tissue morphology data

Autores: Leslie Solorzano, Gabriele Partel, Carolina Wählby
Publicado en: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa541

Deep learning and conformal prediction for hierarchical analysis of large-scale whole-slide tissue images

Autores: Hakan Wieslander, Philip J Harrison, Gabriel Skogberg, Sonya Jackson, Marcus Friden, Johan Karlsson, Ola Spjuth, Carolina Wahlby
Publicado en: IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2020, Página(s) 1-1, ISSN 2168-2194
Editor: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/jbhi.2020.2996300

Introducing Hann windows for reducing edge-effects in patch-based image segmentation

Autores: Nicolas Pielawski, Carolina Wählby
Publicado en: PLOS ONE, Edición 15/3, 2020, Página(s) e0229839, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0229839

Artificial intelligence for diagnosis and grading of prostate cancer in biopsies: a population-based, diagnostic study

Autores: Peter Ström, Kimmo Kartasalo, Henrik Olsson, Leslie Solorzano, Brett Delahunt, Daniel M Berney, David G Bostwick, Andrew J Evans, David J Grignon, Peter A Humphrey, Kenneth A Iczkowski, James G Kench, Glen Kristiansen, Theodorus H van der Kwast, Katia R M Leite, Jesse K McKenney, Jon Oxley, Chin-Chen Pan, Hemamali Samaratunga, John R Srigley, Hiroyuki Takahashi, Toyonori Tsuzuki, Murali Varma, Mi
Publicado en: The Lancet Oncology, Edición 21/2, 2020, Página(s) 222-232, ISSN 1470-2045
Editor: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/s1470-2045(19)30738-7

14 th European congress on digital pathology

Autores: Leslie Solorzano, Carolina Wählby
Publicado en: Journal of Pathology Informatics, Edición 10/1, 2019, Página(s) 32, ISSN 2153-3539
Editor: Association of Pathology Informatics
DOI: 10.4103/2153-3539.270744

Comparison of East-Asia and West-Europe cohorts explains disparities in survival outcomes and highlights predictive biomarkers of early gastric cancer aggressiveness.

Autores: Carla Pereira; Carla Pereira; Ji-Hyeon Park; Sofia Campelos; Irene Gullo; Carolina Lemos; Carolina Lemos; Leslie Solorzano; Diana Martins; Diana Martins; Diana Martins; Gilza Gonçalves; Dina Leitão; Hyuk-Joon Lee; Hyuk-Joon Lee; Seong-Ho Kong; Seong-Ho Kong; Ana André; Ana André; C. Borges; D. Almeida; Carolina Wälbhy; Raquel Almeida; Woo Ho Kim; Fátima Carneiro; Han-Kwang Yang; Han-Kwang Ya
Publicado en: International Journal of Cancer, Edición 7, 2021, ISSN 0020-7136
Editor: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ijc.33872

Book chapters (1)

Decoding Gene Expression in 2D and 3D

Autores: Maxime Bombrun, Petter Ranefall, Joakim Lindblad, Amin Allalou, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Xiaoyan Qian, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Publicado en: Lecture Notes in Computer Science (LNCS), Edición 10270, 2017, Página(s) 257-268, ISBN 978-3-319-59128-5
Editor: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-59129-2_22

Conference proceedings (2)

Whole Slide Image Registration for the Study of Tumor Heterogeneity

Autores: Leslie Solorzano, Gabriela M. Almeida, Bárbara Mesquita, Diana Martins, Carla Oliveira, Carolina Wählby
Publicado en: Computational Pathology and Ophthalmic Medical Image Analysis. OMIA 2018, COMPAY 2018. Lecture Notes in Computer Science, vol 11039. Springer, Cham, Edición vol 11039, 2018, Página(s) 95-102, ISBN 978-3-030-00949-6
Editor: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00949-6_12

Transcriptome-Supervised Classification of Tissue Morphology Using Deep Learning

Autores: Axel Andersson, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Carolina Wahlby
Publicado en: 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2020, Página(s) 1630-1633, ISBN 978-1-5386-9330-8
Editor: IEEE
DOI: 10.1109/isbi45749.2020.9098361

Thesis and dissertations (1)

Improving recall of In situ sequencing by self-learned features and classical image analysis techniques

Autores: Giorgia Milli
Publicado en: 2018
Editor: Rel. Elisa Ficarra. Politecnico di Torino, Corso di laurea magistrale in Ingegneria Biomedica, 2018