Integrating spatial and genetic information via automated image analysis and interactive visualization of tissue data

Informations projet

TissueMaps

N° de convention de subvention: 682810

DOI

10.3030/682810

Projet clôturé

Date de signature de la CE 14 Mars 2016

Date de début 1 Avril 2016

Date de fin 31 Mars 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 738 690,00

Contribution de l’UE

€ 1 738 690,00

Coordonné par

UPPSALA UNIVERSITET
Sweden

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (13)

Machine learning for cell classification and neighborhood analysis in glioma tissue

Auteurs: Leslie Solorzano; Lina Wik; Thomas Olsson Bontell; Thomas Olsson Bontell; Yuyu Wang; Anna H. Klemm; Anna H. Klemm; Johan Öfverstedt; Asgeir Store Jakola; Asgeir Store Jakola; Arne Östman; Carolina Wählby; Carolina Wählby
Publié dans: Cytometry, Numéro 4, 2021, ISSN 1552-4922
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.24467

Automated identification of the mouse brain’s spatial compartments from in situ sequencing data

Auteurs: Gabriele Partel, Markus M. Hilscher, Giorgia Milli, Leslie Solorzano, Anna H. Klemm, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Publié dans: BMC Biology, Numéro 18/1, 2020, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00874-5

Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures

Auteurs: Gabriele Partel, Carolina Wählby
Publié dans: The FEBS Journal, 2020, ISSN 1742-464X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15572

Automated Training of Deep Convolutional Neural Networks for Cell Segmentation

Auteurs: Sajith Kecheril Sadanandan, Petter Ranefall, Sylvie Le Guyader, Carolina Wählby
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-07599-6

A short feature vector for image matching: The Log-Polar Magnitude feature descriptor

Auteurs: Damian J. Matuszewski, Anders Hast, Carolina Wählby, Ida-Maria Sintorn
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 12/11, 2017, Page(s) e0188496, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0188496

A comprehensive structural, biochemical and biological profiling of the human NUDIX hydrolase family

Auteurs: Jordi Carreras-Puigvert, Marinka Zitnik, Ann-Sofie Jemth, Megan Carter, Judith E. Unterlass, Björn Hallström, Olga Loseva, Zhir Karem, José Manuel Calderón-Montaño, Cecilia Lindskog, Per-Henrik Edqvist, Damian J. Matuszewski, Hammou Ait Blal, Ronnie P. A. Berntsson, Maria Häggblad, Ulf Martens, Matthew Studham, Bo Lundgren, Carolina Wählby, Erik L. L. Sonnhammer, Emma Lundberg, Pål Stenmar
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01642-w

Deep Learning in Image Cytometry: A Review

Auteurs: Anindya Gupta, Philip J. Harrison, Håkan Wieslander, Nicolas Pielawski, Kimmo Kartasalo, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Amit Suveer, Anna H. Klemm, Ola Spjuth, Ida‐Maria Sintorn, Carolina Wählby
Publié dans: Cytometry Part A, Numéro 95/4, 2019, Page(s) 366-380, ISSN 1552-4922
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.23701

TissUUmaps: Interactive visualization of large-scale spatial gene expression and tissue morphology data

Auteurs: Leslie Solorzano, Gabriele Partel, Carolina Wählby
Publié dans: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa541

Deep learning and conformal prediction for hierarchical analysis of large-scale whole-slide tissue images

Auteurs: Hakan Wieslander, Philip J Harrison, Gabriel Skogberg, Sonya Jackson, Marcus Friden, Johan Karlsson, Ola Spjuth, Carolina Wahlby
Publié dans: IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2020, Page(s) 1-1, ISSN 2168-2194
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/jbhi.2020.2996300

Introducing Hann windows for reducing edge-effects in patch-based image segmentation

Auteurs: Nicolas Pielawski, Carolina Wählby
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 15/3, 2020, Page(s) e0229839, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0229839

Artificial intelligence for diagnosis and grading of prostate cancer in biopsies: a population-based, diagnostic study

Auteurs: Peter Ström, Kimmo Kartasalo, Henrik Olsson, Leslie Solorzano, Brett Delahunt, Daniel M Berney, David G Bostwick, Andrew J Evans, David J Grignon, Peter A Humphrey, Kenneth A Iczkowski, James G Kench, Glen Kristiansen, Theodorus H van der Kwast, Katia R M Leite, Jesse K McKenney, Jon Oxley, Chin-Chen Pan, Hemamali Samaratunga, John R Srigley, Hiroyuki Takahashi, Toyonori Tsuzuki, Murali Varma, Mi
Publié dans: The Lancet Oncology, Numéro 21/2, 2020, Page(s) 222-232, ISSN 1470-2045
Éditeur: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/s1470-2045(19)30738-7

14 th European congress on digital pathology

Auteurs: Leslie Solorzano, Carolina Wählby
Publié dans: Journal of Pathology Informatics, Numéro 10/1, 2019, Page(s) 32, ISSN 2153-3539
Éditeur: Association of Pathology Informatics
DOI: 10.4103/2153-3539.270744

Comparison of East-Asia and West-Europe cohorts explains disparities in survival outcomes and highlights predictive biomarkers of early gastric cancer aggressiveness.

Auteurs: Carla Pereira; Carla Pereira; Ji-Hyeon Park; Sofia Campelos; Irene Gullo; Carolina Lemos; Carolina Lemos; Leslie Solorzano; Diana Martins; Diana Martins; Diana Martins; Gilza Gonçalves; Dina Leitão; Hyuk-Joon Lee; Hyuk-Joon Lee; Seong-Ho Kong; Seong-Ho Kong; Ana André; Ana André; C. Borges; D. Almeida; Carolina Wälbhy; Raquel Almeida; Woo Ho Kim; Fátima Carneiro; Han-Kwang Yang; Han-Kwang Ya
Publié dans: International Journal of Cancer, Numéro 7, 2021, ISSN 0020-7136
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ijc.33872

Book chapters (1)

Decoding Gene Expression in 2D and 3D

Auteurs: Maxime Bombrun, Petter Ranefall, Joakim Lindblad, Amin Allalou, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Xiaoyan Qian, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science (LNCS), Numéro 10270, 2017, Page(s) 257-268, ISBN 978-3-319-59128-5
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-59129-2_22

Conference proceedings (2)

Whole Slide Image Registration for the Study of Tumor Heterogeneity

Auteurs: Leslie Solorzano, Gabriela M. Almeida, Bárbara Mesquita, Diana Martins, Carla Oliveira, Carolina Wählby
Publié dans: Computational Pathology and Ophthalmic Medical Image Analysis. OMIA 2018, COMPAY 2018. Lecture Notes in Computer Science, vol 11039. Springer, Cham, Numéro vol 11039, 2018, Page(s) 95-102, ISBN 978-3-030-00949-6
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00949-6_12

Transcriptome-Supervised Classification of Tissue Morphology Using Deep Learning

Auteurs: Axel Andersson, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Carolina Wahlby
Publié dans: 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2020, Page(s) 1630-1633, ISBN 978-1-5386-9330-8
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/isbi45749.2020.9098361

Thesis and dissertations (1)

Improving recall of In situ sequencing by self-learned features and classical image analysis techniques

Auteurs: Giorgia Milli
Publié dans: 2018
Éditeur: Rel. Elisa Ficarra. Politecnico di Torino, Corso di laurea magistrale in Ingegneria Biomedica, 2018