Integrating spatial and genetic information via automated image analysis and interactive visualization of tissue data

Projektinformationen

TissueMaps

ID Finanzhilfevereinbarung: 682810

DOI

10.3030/682810

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 14 März 2016

Startdatum 1 April 2016

Enddatum 31 März 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 738 690,00

EU-Beitrag

€ 1 738 690,00

Koordiniert durch

UPPSALA UNIVERSITET
Sweden

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (13)

Machine learning for cell classification and neighborhood analysis in glioma tissue

Autoren: Leslie Solorzano; Lina Wik; Thomas Olsson Bontell; Thomas Olsson Bontell; Yuyu Wang; Anna H. Klemm; Anna H. Klemm; Johan Öfverstedt; Asgeir Store Jakola; Asgeir Store Jakola; Arne Östman; Carolina Wählby; Carolina Wählby
Veröffentlicht in: Cytometry, Ausgabe 4, 2021, ISSN 1552-4922
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.24467

Automated identification of the mouse brain’s spatial compartments from in situ sequencing data

Autoren: Gabriele Partel, Markus M. Hilscher, Giorgia Milli, Leslie Solorzano, Anna H. Klemm, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 18/1, 2020, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00874-5

Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures

Autoren: Gabriele Partel, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: The FEBS Journal, 2020, ISSN 1742-464X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15572

Automated Training of Deep Convolutional Neural Networks for Cell Segmentation

Autoren: Sajith Kecheril Sadanandan, Petter Ranefall, Sylvie Le Guyader, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-07599-6

A short feature vector for image matching: The Log-Polar Magnitude feature descriptor

Autoren: Damian J. Matuszewski, Anders Hast, Carolina Wählby, Ida-Maria Sintorn
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/11, 2017, Seite(n) e0188496, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0188496

A comprehensive structural, biochemical and biological profiling of the human NUDIX hydrolase family

Autoren: Jordi Carreras-Puigvert, Marinka Zitnik, Ann-Sofie Jemth, Megan Carter, Judith E. Unterlass, Björn Hallström, Olga Loseva, Zhir Karem, José Manuel Calderón-Montaño, Cecilia Lindskog, Per-Henrik Edqvist, Damian J. Matuszewski, Hammou Ait Blal, Ronnie P. A. Berntsson, Maria Häggblad, Ulf Martens, Matthew Studham, Bo Lundgren, Carolina Wählby, Erik L. L. Sonnhammer, Emma Lundberg, Pål Stenmar
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01642-w

Deep Learning in Image Cytometry: A Review

Autoren: Anindya Gupta, Philip J. Harrison, Håkan Wieslander, Nicolas Pielawski, Kimmo Kartasalo, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Amit Suveer, Anna H. Klemm, Ola Spjuth, Ida‐Maria Sintorn, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: Cytometry Part A, Ausgabe 95/4, 2019, Seite(n) 366-380, ISSN 1552-4922
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.23701

TissUUmaps: Interactive visualization of large-scale spatial gene expression and tissue morphology data

Autoren: Leslie Solorzano, Gabriele Partel, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa541

Deep learning and conformal prediction for hierarchical analysis of large-scale whole-slide tissue images

Autoren: Hakan Wieslander, Philip J Harrison, Gabriel Skogberg, Sonya Jackson, Marcus Friden, Johan Karlsson, Ola Spjuth, Carolina Wahlby
Veröffentlicht in: IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2020, Seite(n) 1-1, ISSN 2168-2194
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/jbhi.2020.2996300

Introducing Hann windows for reducing edge-effects in patch-based image segmentation

Autoren: Nicolas Pielawski, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 15/3, 2020, Seite(n) e0229839, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0229839

Artificial intelligence for diagnosis and grading of prostate cancer in biopsies: a population-based, diagnostic study

Autoren: Peter Ström, Kimmo Kartasalo, Henrik Olsson, Leslie Solorzano, Brett Delahunt, Daniel M Berney, David G Bostwick, Andrew J Evans, David J Grignon, Peter A Humphrey, Kenneth A Iczkowski, James G Kench, Glen Kristiansen, Theodorus H van der Kwast, Katia R M Leite, Jesse K McKenney, Jon Oxley, Chin-Chen Pan, Hemamali Samaratunga, John R Srigley, Hiroyuki Takahashi, Toyonori Tsuzuki, Murali Varma, Mi
Veröffentlicht in: The Lancet Oncology, Ausgabe 21/2, 2020, Seite(n) 222-232, ISSN 1470-2045
Herausgeber: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/s1470-2045(19)30738-7

14 th European congress on digital pathology

Autoren: Leslie Solorzano, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: Journal of Pathology Informatics, Ausgabe 10/1, 2019, Seite(n) 32, ISSN 2153-3539
Herausgeber: Association of Pathology Informatics
DOI: 10.4103/2153-3539.270744

Comparison of East-Asia and West-Europe cohorts explains disparities in survival outcomes and highlights predictive biomarkers of early gastric cancer aggressiveness.

Autoren: Carla Pereira; Carla Pereira; Ji-Hyeon Park; Sofia Campelos; Irene Gullo; Carolina Lemos; Carolina Lemos; Leslie Solorzano; Diana Martins; Diana Martins; Diana Martins; Gilza Gonçalves; Dina Leitão; Hyuk-Joon Lee; Hyuk-Joon Lee; Seong-Ho Kong; Seong-Ho Kong; Ana André; Ana André; C. Borges; D. Almeida; Carolina Wälbhy; Raquel Almeida; Woo Ho Kim; Fátima Carneiro; Han-Kwang Yang; Han-Kwang Ya
Veröffentlicht in: International Journal of Cancer, Ausgabe 7, 2021, ISSN 0020-7136
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ijc.33872

Book chapters (1)

Decoding Gene Expression in 2D and 3D

Autoren: Maxime Bombrun, Petter Ranefall, Joakim Lindblad, Amin Allalou, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Xiaoyan Qian, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science (LNCS), Ausgabe 10270, 2017, Seite(n) 257-268, ISBN 978-3-319-59128-5
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-59129-2_22

Conference proceedings (2)

Whole Slide Image Registration for the Study of Tumor Heterogeneity

Autoren: Leslie Solorzano, Gabriela M. Almeida, Bárbara Mesquita, Diana Martins, Carla Oliveira, Carolina Wählby
Veröffentlicht in: Computational Pathology and Ophthalmic Medical Image Analysis. OMIA 2018, COMPAY 2018. Lecture Notes in Computer Science, vol 11039. Springer, Cham, Ausgabe vol 11039, 2018, Seite(n) 95-102, ISBN 978-3-030-00949-6
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00949-6_12

Transcriptome-Supervised Classification of Tissue Morphology Using Deep Learning

Autoren: Axel Andersson, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Carolina Wahlby
Veröffentlicht in: 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2020, Seite(n) 1630-1633, ISBN 978-1-5386-9330-8
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/isbi45749.2020.9098361

Thesis and dissertations (1)

Improving recall of In situ sequencing by self-learned features and classical image analysis techniques

Autoren: Giorgia Milli
Veröffentlicht in: 2018
Herausgeber: Rel. Elisa Ficarra. Politecnico di Torino, Corso di laurea magistrale in Ingegneria Biomedica, 2018