Integrating spatial and genetic information via automated image analysis and interactive visualization of tissue data

Informacje na temat projektu

TissueMaps

Identyfikator umowy o grant: 682810

DOI

10.3030/682810

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 14 Marca 2016

Data rozpoczęcia 1 Kwietnia 2016

Data zakończenia 31 Marca 2022

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 738 690,00

Wkład UE

€ 1 738 690,00

Koordynowany przez

UPPSALA UNIVERSITET
Sweden

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (13)

Machine learning for cell classification and neighborhood analysis in glioma tissue

Autorzy: Leslie Solorzano; Lina Wik; Thomas Olsson Bontell; Thomas Olsson Bontell; Yuyu Wang; Anna H. Klemm; Anna H. Klemm; Johan Öfverstedt; Asgeir Store Jakola; Asgeir Store Jakola; Arne Östman; Carolina Wählby; Carolina Wählby
Opublikowane w: Cytometry, Numer 4, 2021, ISSN 1552-4922
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.24467

Automated identification of the mouse brain’s spatial compartments from in situ sequencing data

Autorzy: Gabriele Partel, Markus M. Hilscher, Giorgia Milli, Leslie Solorzano, Anna H. Klemm, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Opublikowane w: BMC Biology, Numer 18/1, 2020, ISSN 1741-7007
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00874-5

Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures

Autorzy: Gabriele Partel, Carolina Wählby
Opublikowane w: The FEBS Journal, 2020, ISSN 1742-464X
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15572

Automated Training of Deep Convolutional Neural Networks for Cell Segmentation

Autorzy: Sajith Kecheril Sadanandan, Petter Ranefall, Sylvie Le Guyader, Carolina Wählby
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-07599-6

A short feature vector for image matching: The Log-Polar Magnitude feature descriptor

Autorzy: Damian J. Matuszewski, Anders Hast, Carolina Wählby, Ida-Maria Sintorn
Opublikowane w: PLOS ONE, Numer 12/11, 2017, Strona(/y) e0188496, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0188496

A comprehensive structural, biochemical and biological profiling of the human NUDIX hydrolase family

Autorzy: Jordi Carreras-Puigvert, Marinka Zitnik, Ann-Sofie Jemth, Megan Carter, Judith E. Unterlass, Björn Hallström, Olga Loseva, Zhir Karem, José Manuel Calderón-Montaño, Cecilia Lindskog, Per-Henrik Edqvist, Damian J. Matuszewski, Hammou Ait Blal, Ronnie P. A. Berntsson, Maria Häggblad, Ulf Martens, Matthew Studham, Bo Lundgren, Carolina Wählby, Erik L. L. Sonnhammer, Emma Lundberg, Pål Stenmar
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01642-w

Deep Learning in Image Cytometry: A Review

Autorzy: Anindya Gupta, Philip J. Harrison, Håkan Wieslander, Nicolas Pielawski, Kimmo Kartasalo, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Amit Suveer, Anna H. Klemm, Ola Spjuth, Ida‐Maria Sintorn, Carolina Wählby
Opublikowane w: Cytometry Part A, Numer 95/4, 2019, Strona(/y) 366-380, ISSN 1552-4922
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.23701

TissUUmaps: Interactive visualization of large-scale spatial gene expression and tissue morphology data

Autorzy: Leslie Solorzano, Gabriele Partel, Carolina Wählby
Opublikowane w: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa541

Deep learning and conformal prediction for hierarchical analysis of large-scale whole-slide tissue images

Autorzy: Hakan Wieslander, Philip J Harrison, Gabriel Skogberg, Sonya Jackson, Marcus Friden, Johan Karlsson, Ola Spjuth, Carolina Wahlby
Opublikowane w: IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2020, Strona(/y) 1-1, ISSN 2168-2194
Wydawca: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/jbhi.2020.2996300

Introducing Hann windows for reducing edge-effects in patch-based image segmentation

Autorzy: Nicolas Pielawski, Carolina Wählby
Opublikowane w: PLOS ONE, Numer 15/3, 2020, Strona(/y) e0229839, ISSN 1932-6203
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0229839

Artificial intelligence for diagnosis and grading of prostate cancer in biopsies: a population-based, diagnostic study

Autorzy: Peter Ström, Kimmo Kartasalo, Henrik Olsson, Leslie Solorzano, Brett Delahunt, Daniel M Berney, David G Bostwick, Andrew J Evans, David J Grignon, Peter A Humphrey, Kenneth A Iczkowski, James G Kench, Glen Kristiansen, Theodorus H van der Kwast, Katia R M Leite, Jesse K McKenney, Jon Oxley, Chin-Chen Pan, Hemamali Samaratunga, John R Srigley, Hiroyuki Takahashi, Toyonori Tsuzuki, Murali Varma, Mi
Opublikowane w: The Lancet Oncology, Numer 21/2, 2020, Strona(/y) 222-232, ISSN 1470-2045
Wydawca: The Lancet Publishing Group
DOI: 10.1016/s1470-2045(19)30738-7

14 th European congress on digital pathology

Autorzy: Leslie Solorzano, Carolina Wählby
Opublikowane w: Journal of Pathology Informatics, Numer 10/1, 2019, Strona(/y) 32, ISSN 2153-3539
Wydawca: Association of Pathology Informatics
DOI: 10.4103/2153-3539.270744

Comparison of East-Asia and West-Europe cohorts explains disparities in survival outcomes and highlights predictive biomarkers of early gastric cancer aggressiveness.

Autorzy: Carla Pereira; Carla Pereira; Ji-Hyeon Park; Sofia Campelos; Irene Gullo; Carolina Lemos; Carolina Lemos; Leslie Solorzano; Diana Martins; Diana Martins; Diana Martins; Gilza Gonçalves; Dina Leitão; Hyuk-Joon Lee; Hyuk-Joon Lee; Seong-Ho Kong; Seong-Ho Kong; Ana André; Ana André; C. Borges; D. Almeida; Carolina Wälbhy; Raquel Almeida; Woo Ho Kim; Fátima Carneiro; Han-Kwang Yang; Han-Kwang Ya
Opublikowane w: International Journal of Cancer, Numer 7, 2021, ISSN 0020-7136
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/ijc.33872

Book chapters (1)

Decoding Gene Expression in 2D and 3D

Autorzy: Maxime Bombrun, Petter Ranefall, Joakim Lindblad, Amin Allalou, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Xiaoyan Qian, Mats Nilsson, Carolina Wählby
Opublikowane w: Lecture Notes in Computer Science (LNCS), Numer 10270, 2017, Strona(/y) 257-268, ISBN 978-3-319-59128-5
Wydawca: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-59129-2_22

Conference proceedings (2)

Whole Slide Image Registration for the Study of Tumor Heterogeneity

Autorzy: Leslie Solorzano, Gabriela M. Almeida, Bárbara Mesquita, Diana Martins, Carla Oliveira, Carolina Wählby
Opublikowane w: Computational Pathology and Ophthalmic Medical Image Analysis. OMIA 2018, COMPAY 2018. Lecture Notes in Computer Science, vol 11039. Springer, Cham, Numer vol 11039, 2018, Strona(/y) 95-102, ISBN 978-3-030-00949-6
Wydawca: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00949-6_12

Transcriptome-Supervised Classification of Tissue Morphology Using Deep Learning

Autorzy: Axel Andersson, Gabriele Partel, Leslie Solorzano, Carolina Wahlby
Opublikowane w: 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2020, Strona(/y) 1630-1633, ISBN 978-1-5386-9330-8
Wydawca: IEEE
DOI: 10.1109/isbi45749.2020.9098361

Thesis and dissertations (1)

Improving recall of In situ sequencing by self-learned features and classical image analysis techniques

Autorzy: Giorgia Milli
Opublikowane w: 2018
Wydawca: Rel. Elisa Ficarra. Politecnico di Torino, Corso di laurea magistrale in Ingegneria Biomedica, 2018