The evolutionary significance of synonymous variations: Can codon usage preferences drive the propagation of antibiotic resistance?

Publications

PlasForest: a homology-based random forest classifier for plasmid detection in genomic datasets.

Auteurs: Léa Pradier; Tazzio Tissot; Anna-Sophie Fiston-Lavier; Stéphanie Bedhomme
Publié dans: ISSN: 1471-2105, Numéro 2, 2021, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-04270-w

Evolutionary responses to codon usage of horizontally transferred genes in Pseudomonas aeruginosa: gene retention, amelioration and compensatory evolution

Auteurs: Martijn Callens, Celine Scornavacca and Stéphanie Bedhomme
Publié dans: Microbial Genomics, 2021, ISSN 2057-5858
Éditeur: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000587

Plasmid and clonal interference during post horizontal gene transfer evolution

Auteurs: S. Bedhomme, D. Perez Pantoja, I. G. Bravo
Publié dans: Molecular Ecology, Numéro 26/7, 2017, Page(s) 1832-1847, ISSN 0962-1083
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.14056

Evolutionary Changes after Translational Challenges Imposed by Horizontal Gene Transfer

Auteurs: Stéphanie Bedhomme, Dolors Amorós-Moya, Luz M Valero, Nùria Bonifaci, Miquel-Àngel Pujana, Ignacio G Bravo
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 11/3, 2019, Page(s) 814-831, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evz031

Read between the Lines: Diversity of Nontranslational Selection Pressures on Local Codon Usage.

Auteurs: Martijn Callens; Léa Pradier; Michael Finnegan; Caroline Rose; Stéphanie Bedhomme
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 2, 2021, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evab097

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