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Advanced toolbox for rapid and cost-effective functional metagenomic screening - microbiology meets microfluidics.

Leistungen

Veröffentlichungen

Cecembia

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Egas Conceiçao; Froufe Hugo; Raposo Pedro; Da Costa, S, Milton
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 6, 2018
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458277

Albidovulum

Autoren: Albuquerque Luciana; Froufre Hugo; Conceiçao Egas; Rainy Fred; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Whitman, WB (Ed), Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 9, 2018
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458176

Meiothermus

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 8, 2018
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458314

Pullulanibacillus

Autoren: Albuquerque Luciana; Tiago Igor; Veríssimo António; Da Costa, S, Milton
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 9, 2019
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458514

Hydrotalea

Autoren: Albuquerque Luciana; Egas Conceição; Froufe Hugo; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 7, 2019
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458512

Tepidicella

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Da Costa, S, Milton
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 6, 2019
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458506

Salirhabdus

Autoren: Albuquerque Luciana; Igor, Tiago; António, Veríssimo; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 1, 2019
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458495

Gaiella

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 2, 2018
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458297

Aquicella

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey, Fred; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 13, 2018
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458275

Rubritepida

Autoren: Albuquerque Luciana; Egas Conceiçao; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 11, 2019
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458332

Truepera

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 6, 2018
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458508

Tepidamorphus

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Da Costa, S
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 10, 2018
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458498

Eliorea

Autoren: Da Costa, S; Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Froufe Hugo; Roxo Inês; Raposo Pedro; Egas Conceiçao
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Ausgabe 2, 2019
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458286

Herminiimonas

Autoren: Albuquerque Luciana; Rainey Fred; Da Costa, S, Milton
Veröffentlicht in: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2019
Herausgeber: John Wiley & Sons, Inc.
DOI: 10.5281/zenodo.3458306

Investigating host-microbiome interactions by droplet based microfluidics

Autoren: Alexandra S. Tauzin, Mariana Rangel Pereira, Liisa D. Van Vliet, Pierre-Yves Colin, Elisabeth Laville, Jeremy Esque, Sandrine Laguerre, Bernard Henrissat, Nicolas Terrapon, Vincent Lombard, Marion Leclerc, Joël Doré, Florian Hollfelder, Gabrielle Potocki-Veronese
Veröffentlicht in: Microbiome, Ausgabe 8/1, 2020, ISSN 2049-2618
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-020-00911-z

A Modular Vector Toolkit with a Tailored Set of Thermosensors To Regulate Gene Expression in Thermus thermophilus

Autoren: Carlos Verdú, Esther Sanchez, Carmen Ortega, Aurelio Hidalgo, José Berenguer, Mario Mencía
Veröffentlicht in: ACS Omega, Ausgabe 4/11, 2019, Seite(n) 14626-14632, ISSN 2470-1343
Herausgeber: American Chemical Society Publications (ACS Publications)
DOI: 10.1021/acsomega.9b02107

Investigating Host Microbiota Relationships Through Functional Metagenomics

Autoren: Elisabeth Laville, Josette Perrier, Nada Bejar, Marc Maresca, Jeremy Esque, Alexandra S. Tauzin, Emna Bouhajja, Marion Leclerc, Elodie Drula, Bernard Henrissat, Stephane Berdah, Eric Di Pasquale, Patrick Robe, Gabrielle Potocki-Veronese
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.01286

Complete Genome Sequence of Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199.

Autoren: Alba Blesa; Eva Sacristán-Horcajada; José Berenguer; Mercedes Sánchez
Veröffentlicht in: Microbiology Resource Anouncements, Ausgabe 3, 2019, Seite(n) e01522-18, ISSN 2576-098X
Herausgeber: AMERICAN SOCIETY FOR MICROBIOLOGY
DOI: 10.1128/mra.01522-18

Developing robust protein analysis profiles to identify bacterial acid phosphatases in genomes and metagenomic libraries

Autoren: Zulema Udaondo, Estrella Duque, Abdelali Daddaoua, Carlos Caselles, Amalia Roca, Paloma Pizarro‐Tobias, Juan L. Ramos
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 22/8, 2020, Seite(n) 3561-3571, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.15138

Novel Genes Involved in Resistance to Both Ultraviolet Radiation and Perchlorate From the Metagenomes of Hypersaline Environments

Autoren: María Lamprecht-Grandío, Marta Cortesão, Salvador Mirete, Macarena Benguigui de la Cámara, Carolina G. de Figueras, Danilo Pérez-Pantoja, Joseph John White, María Eugenia Farías, Ramon Rosselló-Móra, José Eduardo González-Pastor
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 11, 2020, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2020.00453

Harvesting of Prebiotic Fructooligosaccharides by Nonbeneficial Human Gut Bacteria

Autoren: Zhi Wang, Alexandra S. Tauzin, Elisabeth Laville, Pietro Tedesco, Fabien Létisse, Nicolas Terrapon, Pascale Lepercq, Myriam Mercade, Gabrielle Potocki-Veronese
Veröffentlicht in: mSphere, Ausgabe 5/1, 2020, ISSN 2379-5042
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msphere.00771-19

Effect of design geometry, exposure energy, cytophilic molecules, cell type and load in fabrication of single-cell arrays using micro-contact printing

Autoren: Swapnil Vilas Bhujbal, Maren Dekov, Vegar Ottesen, Karen Dunker, Rahmi Lale, Marit Sletmoen
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-72080-w

In Vitro Synthesis and Crystallization of β-1,4-Mannan

Autoren: Florent Grimaud, Sandra Pizzut-Serin, Laurence Tarquis, Simon Ladevèze, Sandrine Morel, Jean-Luc Putaux, Gabrielle Potocki-Veronese
Veröffentlicht in: Biomacromolecules, Ausgabe 20/2, 2018, Seite(n) 846-853, ISSN 1525-7797
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.biomac.8b01457

Analysis of the diversity of the glycoside hydrolase family 130 in mammal gut microbiomes reveals a novel mannoside-phosphorylase function

Autoren: Ao Li, Elisabeth Laville, Laurence Tarquis, Vincent Lombard, David Ropartz, Nicolas Terrapon, Bernard Henrissat, David Guieysse, Jeremy Esque, Julien Durand, Diego P. Morgavi, Gabrielle Potocki-Veronese
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 6/10, 2020, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000404

Use of photoswitchable fluorescent proteins for droplet-based microfluidic screening

Autoren: Adilya Dagkesamanskaya, Krzysztof Langer, Alexandra S. Tauzin, Catherine Rouzeau, Delphine Lestrade, Gabrielle Potocki-Veronese, Laurent Boitard, Jérôme Bibette, Jean Baudry, Denis Pompon, Véronique Anton-Leberre
Veröffentlicht in: Journal of Microbiological Methods, Ausgabe 147, 2018, Seite(n) 59-65, ISSN 0167-7012
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mimet.2018.03.001

Mechanisms and Regulation of Extracellular DNA Release and Its Biological Roles in Microbial Communities

Autoren: Alejandra L. Ibáñez de Aldecoa, Olga Zafra, José E. González-Pastor
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 8, 2017, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2017.01390

Role of Archaeal HerA Protein in the Biology of the Bacterium Thermus thermophilus

Autoren: Alba Blesa, Nieves Quintans, Ignacio Baquedano, Carlos Mata, José Castón, José Berenguer
Veröffentlicht in: Genes, Ausgabe 8/5, 2017, Seite(n) 130, ISSN 2073-4425
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes8050130

Into the Thermus Mobilome: Presence, Diversity and Recent Activities of Insertion Sequences Across Thermus spp.

Autoren: Alba Blesa, Mercedes Sánchez, Eva Sacristán-Horcajada, Sandra González-de la Fuente, Ramón Peiró, José Berenguer
Veröffentlicht in: Microorganisms, Ausgabe 7/1, 2019, Seite(n) 25, ISSN 2076-2607
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms7010025

Raineya orbicola gen. nov., sp. nov. a slightly thermophilic bacterium of the phylum Bacteroidetes and the description of Raineyaceae fam. nov.

Autoren: Luciana Albuquerque, Ana Rita M. Polónia, Cristina Barroso, Hugo J. C. Froufe, Olga Lage, Alexandre Lobo-da-Cunha, Conceição Egas, Milton S. da Costa
Veröffentlicht in: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Ausgabe 68/4, 2018, Seite(n) 982-989, ISSN 1466-5026
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/ijsem.0.002556

Vibrio communities in scleractinian corals differ according to health status and geographic location in the Mediterranean Sea

Autoren: Esther Rubio-Portillo, Juan F. Gago, Manuel Martínez-García, Luigi Vezzulli, Ramon Rosselló-Móra, Josefa Antón, Alfonso A. Ramos-Esplá
Veröffentlicht in: Systematic and Applied Microbiology, Ausgabe 41/2, 2018, Seite(n) 131-138, ISSN 0723-2020
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.syapm.2017.11.007

Biogeographic Differences in the Microbiome and Pathobiome of the Coral Cladocora caespitosa in the Western Mediterranean Sea

Autoren: Esther Rubio-Portillo, Diego K. Kersting, Cristina Linares, Alfonso A. Ramos-Esplá, Josefa Antón
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.00022

Discovery of carbamate degrading enzymes by functional metagenomics

Autoren: Lisa Ufarté, Elisabeth Laville, Sophie Duquesne, Diego Morgavi, Patrick Robe, Christophe Klopp, Angeline Rizzo, Sandra Pizzut-Serin, Gabrielle Potocki-Veronese
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/12, 2017, Seite(n) e0189201, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0189201

Hierarchical Control of Nitrite Respiration by Transcription Factors Encoded within Mobile Gene Clusters of Thermus thermophilus

Autoren: Laura Alvarez, Nieves G. Quintáns, Alba Blesa, Ignacio Baquedano, Mario Mencía, Carlos Bricio, José Berenguer
Veröffentlicht in: Genes, Ausgabe 8/12, 2017, Seite(n) 361, ISSN 2073-4425
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes8120361

Solimicrobium silvestre gen. nov., sp. nov., isolated from alpine forest soil

Autoren: Rosa Margesin, Luciana Albuquerque, De-Chao Zhang, Hugo J. C. Froufe, Rita Severino, Inês Roxo, Conceição Egas, Milton S. da Costa
Veröffentlicht in: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Ausgabe 68/8, 2018, Seite(n) 2491-2498, ISSN 1466-5026
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/ijsem.0.002861

Transfer of Meiothermus chliarophilus (Tenreiro et al.1995) Nobre et al. 1996, Meiothermus roseus Ming et al. 2016, Meiothermus terrae Yu et al. 2014 and Meiothermus timidus Pires et al. 2005, to Calidithermus gen. nov., as Calidithermus chliarophilus comb. nov., Calidithermus roseus comb. nov., Calidithermus terrae comb. nov. and Calidithermus timidus comb. nov., respectively, and emended descrip

Autoren: Pedro Raposo, Tomeu Viver, Luciana Albuquerque, Hugo Froufe, Cristina Barroso, Conceição Egas, Ramon Rosselló-Móra, Milton S. da Costa
Veröffentlicht in: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Ausgabe 69/4, 2019, Seite(n) 1060-1069, ISSN 1466-5026
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/ijsem.0.003270

High‐quality draft genome sequence of Gaiella occulta isolated from a 150 meter deep mineral water borehole and comparison with the genome sequences of other deep‐branching lineages of the phylum Actinobacteria

Autoren: Rita Severino, Hugo J. C. Froufe, Cristina Barroso, Luciana Albuquerque, Alexandre Lobo‐da‐Cunha, Milton S. da Costa, Conceição Egas
Veröffentlicht in: MicrobiologyOpen, 2019, Seite(n) e840, ISSN 2045-8827
Herausgeber: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/mbo3.840

Are in vivo selections on the path to extinction?

Autoren: Berenguer, José; Mencía, Mario; Hidalgo, Aurelio
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, Ausgabe 1, 2017, Seite(n) 46-49, ISSN 1751-7915
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.12490

Virulence as a Side Effect of Interspecies Interaction in Vibrio Coral Pathogens.

Autoren: Josefa Antón; Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez; Forest Rohwer; Ana B. Martin-Cuadrado; Esther Rubio-Portillo; Esther Rubio-Portillo; Pieter C. Dorrestein
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 1, 2020, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.00201-20

Comparative genome sequence analysis of several species in the genus Tepidimonas and the description of a novel species Tepidimonas charontis sp. nov.

Autoren: Luciana Albuquerque, Nadine Castelhano, Pedro Raposo, Hugo J. C. Froufe, Igor Tiago, Rita Severino, Inês Roxo, Inês Gregório, Cristina Barroso, Conceição Egas, Milton S. da Costa
Veröffentlicht in: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Ausgabe 70/3, 2020, Seite(n) 1596-1604, ISSN 1466-5026
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/ijsem.0.003942

Análisis del Pangenoma de Pseudomonas putida

Autoren: Udaondo Domínguez, Zulema
Veröffentlicht in: Ausgabe 1, 2016
Herausgeber: Universidad de Granada

Rechte des geistigen Eigentums

PLANT GROWTH PROMOTING MICROORGANISM AND ENZYMES FOR SOIL BIOGENIC CYCLES

Antrags-/Publikationsnummer: 18 382861
Datum: 2018-11-28
Antragsteller: BIOILIBERIS RESEARCH AND DEVELOPMENT SL

STRAINS CAPABLE OF PRODUCING PLANT GROWTH-STIMULATING COMPOUNDS

Antrags-/Publikationsnummer: 18 382933
Datum: 2018-12-17
Antragsteller: BIOILIBERIS RESEARCH AND DEVELOPMENT SL

MODULATION OF GENE EXPRESSION

Antrags-/Publikationsnummer: 20 18058227
Datum: 2018-03-29

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