Objectif
The cellular response to bulky DNA lesions, such as those induced by UV-irradiation, remains enigmatic despite decades of study. The effect of such damage on transcription is complex. At the local level, lesions cause stalling of RNAPII, resulting in a block to transcript elongation. Stalled RNAPII triggers transcription-coupled nucleotide excision repair, a process whereby lesions in genes are preferentially removed. Importantly, however, UV-irradiation also affects transcription genome-wide, so that even genes that are not damaged temporarily cease to be expressed. Alternative mRNA splicing also changes dramatically. The mechanisms and factors that underlie the global, damage-induced changes in gene expression, and its eventual normalization, are poorly understood.
In order to facilitate identification of new factors and mechanisms involved in this response, we performed several distinct proteomic screens and an siRNA screen in parallel. This was complemented by characterization of transcription and mRNA splicing after DNA damage by genome-wide techniques. Any screening for new factors is high-risk, and the decision on which ‘hits’ to pursue is always difficult. Indeed, in any individual proteomic or genomic screen it is often impossible to distinguish ‘real’ hits from hundreds, if not thousands, of false-positives, and false-negative results are very frequent as well. Our multi-omic approach explores the same process from various angles and places less emphasis on hits from an individual screen and instead focuses on factors that score in several screens. This integration of screen results has resulted in the identification of several new factors and unexplored mechanisms. With a basis in exciting preliminary findings, this grant proposal thus describes a multi-disciplinary approach, including biochemical and cell biological approaches as well as proteomics and genomics, to characterize the transcription-related DNA damage response with an unprecedented scope.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines protéomique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique nucléotide
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
ERC-ADG - Advanced Grant
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2015-AdG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1165 KOBENHAVN
Danemark
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.