Ziel
The cellular response to bulky DNA lesions, such as those induced by UV-irradiation, remains enigmatic despite decades of study. The effect of such damage on transcription is complex. At the local level, lesions cause stalling of RNAPII, resulting in a block to transcript elongation. Stalled RNAPII triggers transcription-coupled nucleotide excision repair, a process whereby lesions in genes are preferentially removed. Importantly, however, UV-irradiation also affects transcription genome-wide, so that even genes that are not damaged temporarily cease to be expressed. Alternative mRNA splicing also changes dramatically. The mechanisms and factors that underlie the global, damage-induced changes in gene expression, and its eventual normalization, are poorly understood.
In order to facilitate identification of new factors and mechanisms involved in this response, we performed several distinct proteomic screens and an siRNA screen in parallel. This was complemented by characterization of transcription and mRNA splicing after DNA damage by genome-wide techniques. Any screening for new factors is high-risk, and the decision on which ‘hits’ to pursue is always difficult. Indeed, in any individual proteomic or genomic screen it is often impossible to distinguish ‘real’ hits from hundreds, if not thousands, of false-positives, and false-negative results are very frequent as well. Our multi-omic approach explores the same process from various angles and places less emphasis on hits from an individual screen and instead focuses on factors that score in several screens. This integration of screen results has resulted in the identification of several new factors and unexplored mechanisms. With a basis in exciting preliminary findings, this grant proposal thus describes a multi-disciplinary approach, including biochemical and cell biological approaches as well as proteomics and genomics, to characterize the transcription-related DNA damage response with an unprecedented scope.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Proteomik
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Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
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ERC-ADG - Advanced Grant
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Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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1165 KOBENHAVN
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