Obiettivo
The cellular response to bulky DNA lesions, such as those induced by UV-irradiation, remains enigmatic despite decades of study. The effect of such damage on transcription is complex. At the local level, lesions cause stalling of RNAPII, resulting in a block to transcript elongation. Stalled RNAPII triggers transcription-coupled nucleotide excision repair, a process whereby lesions in genes are preferentially removed. Importantly, however, UV-irradiation also affects transcription genome-wide, so that even genes that are not damaged temporarily cease to be expressed. Alternative mRNA splicing also changes dramatically. The mechanisms and factors that underlie the global, damage-induced changes in gene expression, and its eventual normalization, are poorly understood.
In order to facilitate identification of new factors and mechanisms involved in this response, we performed several distinct proteomic screens and an siRNA screen in parallel. This was complemented by characterization of transcription and mRNA splicing after DNA damage by genome-wide techniques. Any screening for new factors is high-risk, and the decision on which ‘hits’ to pursue is always difficult. Indeed, in any individual proteomic or genomic screen it is often impossible to distinguish ‘real’ hits from hundreds, if not thousands, of false-positives, and false-negative results are very frequent as well. Our multi-omic approach explores the same process from various angles and places less emphasis on hits from an individual screen and instead focuses on factors that score in several screens. This integration of screen results has resulted in the identification of several new factors and unexplored mechanisms. With a basis in exciting preliminary findings, this grant proposal thus describes a multi-disciplinary approach, including biochemical and cell biological approaches as well as proteomics and genomics, to characterize the transcription-related DNA damage response with an unprecedented scope.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine proteomica
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica nucleotidi
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
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Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
ERC-ADG - Advanced Grant
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2015-AdG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
1165 KOBENHAVN
Danimarca
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.