Objectif
The functional evaluation of cancer mutations has been largely restricted to the protein-coding genome, due to our lack of (i) whole-genome sequence data for cancer genomes, and (ii) knowledge about the function of the non-coding genome. However, more recently the function of the non-coding genome has been largely annotated by the ENCODE project, where large consortia are profiling thousands of tumor and matched non-neoplastic tissue samples at the genomic, proteomic and epigenomic levels.
Previous studies have shown that (i) over 90% of the disease-associated loci identified with genome-wide association studies (GWAS) lie within the non-coding genome, and (ii) non-coding mutations are frequent in cancer. Nevertheless, few studies have evaluated the role of genetic variation in the non-coding genome in cancer development and progression, and therefore, the landscape of non-coding mutations in cancer remains uncharted territory. Moreover, there are no studies yet relating variation or mutations within the non-coding genome to the sensitivity to drugs, and this is hence the purpose of the work described here.
Using genome-wide sequence, epigenomic, transcriptomic, proteomic and eQTL data from (i) over 2,000 whole cancer genomes, (ii) over 10,000 tumor and matched non-neoplastic tissue samples spanning 25 tumor types, and (iii) the ENCODE project, I aim to build a comprehensive map of non-coding mutations across the most prevalent cancer types. Subsequently, this map will be integrated with pharmacological profiles of small molecules in predictive models, thus allowing to identify genetic variants and mutations associated to drug efficacy and resistance across cancers. This work will help unravel the impact of non-coding mutations on genome regulation and gene expression, to disambiguate the contributions of somatic mutations and inherited genetic polymorphisms to cancer susceptibility, and to relate mutations in the non-coding genome to drug efficacy.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
- sciences médicales et de la santé médecine clinique oncologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2015
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
CB2 1TN CAMBRIDGE
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.