Assembly-based discovery of uncharacterized human microbiome members and their tracking across individuals and time

Informations projet

DiMeTrack

N° de convention de subvention: 707345

DOI 10.3030/707345

Projet clôturé

Date de signature de la CE 29 Février 2016

Date de début 1 Octobre 2016

Date de fin 1 Decembre 2018

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total € 180 277,20

Contribution de l’UE € 180 277,20

Coordonné par

UNIVERSITA DEGLI STUDI DI TRENTO
Italy

Publications

Peer reviewed articles (10)

Microbial strain-level population structure and genetic diversity from metagenomes

Auteurs: Duy Tin Truong, Adrian Tett, Edoardo Pasolli, Curtis Huttenhower, Nicola Segata
Publié dans: Genome Research, Numéro 27/4, 2017, Page(s) 626-638, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.216242.116

Unexplored diversity and strain-level structure of the skin microbiome associated with psoriasis

Auteurs: Adrian Tett, Edoardo Pasolli, Stefania Farina, Duy Tin Truong, Francesco Asnicar, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Federica Armanini, Olivier Jousson, Veronica De Sanctis, Roberto Bertorelli, Giampiero Girolomoni, Mario Cristofolini, Nicola Segata
Publié dans: npj Biofilms and Microbiomes, Numéro 3/1, 2017, ISSN 2055-5008
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41522-017-0022-5

Large-scale comparative metagenomics of Blastocystis, a common member of the human gut microbiome

Auteurs: Francesco Beghini, Edoardo Pasolli, Tin Duy Truong, Lorenza Putignani, Simone M Cacciò, Nicola Segata
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 11/12, 2017, Page(s) 2848-2863, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ismej.2017.139

Draft Genome Sequence of the Planktic Cyanobacterium Tychonema bourrellyi , Isolated from Alpine Lentic Freshwater

Auteurs: Federica Pinto, Adrian Tett, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Adriano Boscaini, Edoardo Pasolli, Moreno Zolfo, Claudio Donati, Nico Salmaso, Nicola Segata
Publié dans: Genome Announcements, Numéro 5/47, 2017, ISSN 2169-8287
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomea.01294-17

Accessible, curated metagenomic data through ExperimentHub

Auteurs: Edoardo Pasolli, Lucas Schiffer, Paolo Manghi, Audrey Renson, Valerie Obenchain, Duy Tin Truong, Francesco Beghini, Faizan Malik, Marcel Ramos, Jennifer B Dowd, Curtis Huttenhower, Martin Morgan, Nicola Segata, Levi Waldron
Publié dans: Nature Methods, Numéro 14/11, 2017, Page(s) 1023-1024, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4468

Draft Genome Sequences of Novel Pseudomonas , Flavobacterium , and Sediminibacterium Species Strains from a Freshwater Ecosystem

Auteurs: Federica Pinto, Adrian Tett, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Adriano Boscaini, Edoardo Pasolli, Moreno Zolfo, Claudio Donati, Nico Salmaso, Nicola Segata
Publié dans: Genome Announcements, Numéro 6/5, 2018, ISSN 2169-8287
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomea.00009-18

Mother-to-Infant Microbial Transmission from Different Body Sites Shapes the Developing Infant Gut Microbiome

Auteurs: Pamela Ferretti, Edoardo Pasolli, Adrian Tett, Francesco Asnicar, Valentina Gorfer, Sabina Fedi, Federica Armanini, Duy Tin Truong, Serena Manara, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Roberto Bertorelli, Veronica De Sanctis, Ilaria Bariletti, Rosarita Canto, Rosanna Clementi, Marina Cologna, Tiziana Crifò, Giuseppina Cusumano, Stefania Gottardi, Claudia Innamorati, Caterina Masè, Daniela Postai, Dan
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 24/1, 2018, Page(s) 133-145.e5, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2018.06.005

Whole-genome epidemiology, characterisation, and phylogenetic reconstruction of Staphylococcus aureus strains in a paediatric hospital

Auteurs: Serena Manara, Edoardo Pasolli, Daniela Dolce, Novella Ravenni, Silvia Campana, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Alessio Mengoni, Luisa Galli, Carlotta Montagnani, Elisabetta Venturini, Omar Rota-Stabelli, Guido Grandi, Giovanni Taccetti, Nicola Segata
Publié dans: Genome Medicine, Numéro 10/1, 2018, ISSN 1756-994X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-018-0593-7

Extensive Unexplored Human Microbiome Diversity Revealed by Over 150,000 Genomes from Metagenomes Spanning Age, Geography, and Lifestyle

Auteurs: Edoardo Pasolli, Francesco Asnicar, Serena Manara, Moreno Zolfo, Nicolai Karcher, Federica Armanini, Francesco Beghini, Paolo Manghi, Adrian Tett, Paolo Ghensi, Maria Carmen Collado, Benjamin L. Rice, Casey DuLong, Xochitl C. Morgan, Christopher D. Golden, Christopher Quince, Curtis Huttenhower, Nicola Segata
Publié dans: Cell, Numéro 176/3, 2019, Page(s) 649-662.e20, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.01.001

Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation

Auteurs: Andrew Maltez Thomas, Paolo Manghi, Francesco Asnicar, Edoardo Pasolli, Federica Armanini, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Serena Manara, Nicolai Karcher, Chiara Pozzi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Gaetano Gallo, Mario Trompetto, Giulio Ferrero, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Jakob Wirbel,
Publié dans: Nature Medicine, Numéro 25/4, 2019, Page(s) 667-678, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0405-7