Assembly-based discovery of uncharacterized human microbiome members and their tracking across individuals and time

Informazioni relative al progetto

DiMeTrack

ID dell’accordo di sovvenzione: 707345

DOI 10.3030/707345

Progetto chiuso

Data della firma CE 29 Febbraio 2016

Data di avvio 1 Ottobre 2016

Data di completamento 1 Dicembre 2018

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Costo totale € 180 277,20

Contributo UE € 180 277,20

Coordinato da

UNIVERSITA DEGLI STUDI DI TRENTO
Italy

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

Microbial strain-level population structure and genetic diversity from metagenomes

Autori: Duy Tin Truong, Adrian Tett, Edoardo Pasolli, Curtis Huttenhower, Nicola Segata
Pubblicato in: Genome Research, Numero 27/4, 2017, Pagina/e 626-638, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.216242.116

Unexplored diversity and strain-level structure of the skin microbiome associated with psoriasis

Autori: Adrian Tett, Edoardo Pasolli, Stefania Farina, Duy Tin Truong, Francesco Asnicar, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Federica Armanini, Olivier Jousson, Veronica De Sanctis, Roberto Bertorelli, Giampiero Girolomoni, Mario Cristofolini, Nicola Segata
Pubblicato in: npj Biofilms and Microbiomes, Numero 3/1, 2017, ISSN 2055-5008
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41522-017-0022-5

Large-scale comparative metagenomics of Blastocystis, a common member of the human gut microbiome

Autori: Francesco Beghini, Edoardo Pasolli, Tin Duy Truong, Lorenza Putignani, Simone M Cacciò, Nicola Segata
Pubblicato in: The ISME Journal, Numero 11/12, 2017, Pagina/e 2848-2863, ISSN 1751-7362
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ismej.2017.139

Draft Genome Sequence of the Planktic Cyanobacterium Tychonema bourrellyi , Isolated from Alpine Lentic Freshwater

Autori: Federica Pinto, Adrian Tett, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Adriano Boscaini, Edoardo Pasolli, Moreno Zolfo, Claudio Donati, Nico Salmaso, Nicola Segata
Pubblicato in: Genome Announcements, Numero 5/47, 2017, ISSN 2169-8287
Editore: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomea.01294-17

Accessible, curated metagenomic data through ExperimentHub

Autori: Edoardo Pasolli, Lucas Schiffer, Paolo Manghi, Audrey Renson, Valerie Obenchain, Duy Tin Truong, Francesco Beghini, Faizan Malik, Marcel Ramos, Jennifer B Dowd, Curtis Huttenhower, Martin Morgan, Nicola Segata, Levi Waldron
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 14/11, 2017, Pagina/e 1023-1024, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4468

Draft Genome Sequences of Novel Pseudomonas , Flavobacterium , and Sediminibacterium Species Strains from a Freshwater Ecosystem

Autori: Federica Pinto, Adrian Tett, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Adriano Boscaini, Edoardo Pasolli, Moreno Zolfo, Claudio Donati, Nico Salmaso, Nicola Segata
Pubblicato in: Genome Announcements, Numero 6/5, 2018, ISSN 2169-8287
Editore: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomea.00009-18

Mother-to-Infant Microbial Transmission from Different Body Sites Shapes the Developing Infant Gut Microbiome

Autori: Pamela Ferretti, Edoardo Pasolli, Adrian Tett, Francesco Asnicar, Valentina Gorfer, Sabina Fedi, Federica Armanini, Duy Tin Truong, Serena Manara, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Roberto Bertorelli, Veronica De Sanctis, Ilaria Bariletti, Rosarita Canto, Rosanna Clementi, Marina Cologna, Tiziana Crifò, Giuseppina Cusumano, Stefania Gottardi, Claudia Innamorati, Caterina Masè, Daniela Postai, Dan
Pubblicato in: Cell Host & Microbe, Numero 24/1, 2018, Pagina/e 133-145.e5, ISSN 1931-3128
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2018.06.005

Whole-genome epidemiology, characterisation, and phylogenetic reconstruction of Staphylococcus aureus strains in a paediatric hospital

Autori: Serena Manara, Edoardo Pasolli, Daniela Dolce, Novella Ravenni, Silvia Campana, Federica Armanini, Francesco Asnicar, Alessio Mengoni, Luisa Galli, Carlotta Montagnani, Elisabetta Venturini, Omar Rota-Stabelli, Guido Grandi, Giovanni Taccetti, Nicola Segata
Pubblicato in: Genome Medicine, Numero 10/1, 2018, ISSN 1756-994X
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-018-0593-7

Extensive Unexplored Human Microbiome Diversity Revealed by Over 150,000 Genomes from Metagenomes Spanning Age, Geography, and Lifestyle

Autori: Edoardo Pasolli, Francesco Asnicar, Serena Manara, Moreno Zolfo, Nicolai Karcher, Federica Armanini, Francesco Beghini, Paolo Manghi, Adrian Tett, Paolo Ghensi, Maria Carmen Collado, Benjamin L. Rice, Casey DuLong, Xochitl C. Morgan, Christopher D. Golden, Christopher Quince, Curtis Huttenhower, Nicola Segata
Pubblicato in: Cell, Numero 176/3, 2019, Pagina/e 649-662.e20, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.01.001

Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation

Autori: Andrew Maltez Thomas, Paolo Manghi, Francesco Asnicar, Edoardo Pasolli, Federica Armanini, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Serena Manara, Nicolai Karcher, Chiara Pozzi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Gaetano Gallo, Mario Trompetto, Giulio Ferrero, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Jakob Wirbel,
Pubblicato in: Nature Medicine, Numero 25/4, 2019, Pagina/e 667-678, ISSN 1078-8956
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0405-7