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Reconstructing a dated tree of life using phylogenetic incongruence

Obiettivo

With the advent of genome-scale sequencing, molecular phylogeny, which reconstructs gene trees from homologous sequences, has reached an impasse. Instead of answering open questions, new genomes have reignited old debates. The problem is clear, gene trees are not species trees, each is the unique result of series of evolutionary events. If, however, we model these differences in the context of a common species tree, we can access a wealth of information on genome evolution and the diversification of species that is not available to traditional methods. For example, as horizontal gene transfer (HGT) can only occur between coexisting species, HGTs provide information on the order of speciations. When HGT is rare, lineage sorting can generate incongruence between gene trees and the dating problem can be formulated in terms of biologically meaningful parameters (such as population size), that are informative on the rate of evolution and hence invaluable to molecular dating.
My first goal is to develop methods that systematically extract information on the pattern and timing of genomic evolution by explaining differences between gene trees. This will allow us to, for the first time, reconstruct a dated tree of life from genome-scale data. We will use parallel programming to maximise the number of genomes analysed.
My second goal is to apply these methods to open problems, e.g.: i) to resolve the timing of microbial evolution and its relationship to Earth history, where the extreme paucity of fossils limits the use of molecular dating methods, by using HGT events as “molecular fossils”; ii) to reconstruct rooted phylogenies from complete genomes and harness phylogenetic incongruence to answer long standing questions, such as the of diversification of animals or the position of eukaryotes among archaea; and iii) for eukaryotic groups such as Fungi, where evidence of significant amounts of HGT is emerging our methods will also allow the quantification of the extent of HGT.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

ERC-STG - Starting Grant

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) ERC-2016-STG

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Istituzione ospitante

EOTVOS LORAND TUDOMANYEGYETEM
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 1 453 542,00
Indirizzo
EGYETEM TER 1-3
1053 BUDAPEST
Ungheria

Mostra sulla mappa

Regione
Közép-Magyarország Budapest Budapest
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 1 453 542,00

Beneficiari (1)

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