Ziel
With the advent of genome-scale sequencing, molecular phylogeny, which reconstructs gene trees from homologous sequences, has reached an impasse. Instead of answering open questions, new genomes have reignited old debates. The problem is clear, gene trees are not species trees, each is the unique result of series of evolutionary events. If, however, we model these differences in the context of a common species tree, we can access a wealth of information on genome evolution and the diversification of species that is not available to traditional methods. For example, as horizontal gene transfer (HGT) can only occur between coexisting species, HGTs provide information on the order of speciations. When HGT is rare, lineage sorting can generate incongruence between gene trees and the dating problem can be formulated in terms of biologically meaningful parameters (such as population size), that are informative on the rate of evolution and hence invaluable to molecular dating.
My first goal is to develop methods that systematically extract information on the pattern and timing of genomic evolution by explaining differences between gene trees. This will allow us to, for the first time, reconstruct a dated tree of life from genome-scale data. We will use parallel programming to maximise the number of genomes analysed.
My second goal is to apply these methods to open problems, e.g.: i) to resolve the timing of microbial evolution and its relationship to Earth history, where the extreme paucity of fossils limits the use of molecular dating methods, by using HGT events as “molecular fossils”; ii) to reconstruct rooted phylogenies from complete genomes and harness phylogenetic incongruence to answer long standing questions, such as the of diversification of animals or the position of eukaryotes among archaea; and iii) for eukaryotic groups such as Fungi, where evidence of significant amounts of HGT is emerging our methods will also allow the quantification of the extent of HGT.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
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ERC-STG - Starting Grant
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Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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