Model-Based Construction And Optimisation Of Versatile Chassis Yeast Strains For Production Of Valuable Lipid And Aromatic Compounds

Leistungen

Technological fact sheets on CHASSY strains

NOVA will produce a technological fact sheet of the chassis yeasts developed in this project. This will be used to inform specific SMEs identified by CHASSY as potential lead users of CHASSY technology and platform strains.

Library of branded publishable information (leaflets, posters, booklets, slide-set, etc.)

The development of an effective communication infrastructure to communicate to the relevant stakeholders outside CHASSY will be led by NOVA. Publishable information material (leaflets, brochures) that will be updated as the project progresses will feature in the communication strategy.

The CHASSY public access website up and running

NOVA is responsible for developing an effective communication infrastructure to communicate to the relevant stakeholders outside CHASSY. A website as well as an external platform for displaying information about the project objectives, activities and results to interested parties and stakeholders and the public is an activity that will feature in the communication strategy.

External stakeholder workshop

An external stakeholder workshop will be organised in the final year of the project

Veröffentlichungen

Production of octanoic acid in Saccharomyces cerevisiae : Investigation of new precursor supply engineering strategies and intrinsic limitations

Autoren: Florian Wernig, Leonie Baumann, Eckhard Boles, Mislav Oreb
Veröffentlicht in: Biotechnology and Bioengineering, 2021, ISSN 0006-3592
Herausgeber: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/bit.27814

Metabolic Engineering for Unusual Lipid Production in Yarrowia lipolytica

Autoren: Young-Kyoung Park, Jean-Marc Nicaud
Veröffentlicht in: Microorganisms, Ausgabe 8/12, 2020, Seite(n) 1937, ISSN 2076-2607
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms8121937

High-Throughput Screening of an Octanoic Acid Producer Strain Library Enables Detection of New Targets for Increasing Titers in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Leonie Baumann, Stefan Bruder, Johannes Kabisch, Eckhard Boles, Mislav Oreb
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, 2021, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00600

Multidimensional engineering of Saccharomyces cerevisiae for efficient synthesis of medium-chain fatty acids

Autoren: Zhiwei Zhu, Yating Hu, Paulo Gonçalves Teixeira, Rui Pereira, Yun Chen, Verena Siewers, Jens Nielsen
Veröffentlicht in: Nature Catalysis, Ausgabe 3/1, 2020, Seite(n) 64-74, ISSN 2520-1158
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41929-019-0409-1

A novel yeast hybrid modeling framework integrating Boolean and enzyme-constrained networks enables exploration of the interplay between signaling and metabolism

Autoren: Linnea Österberg, Iván Domenzain, Julia Münch, Jens Nielsen, Stefan Hohmann, Marija Cvijovic
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 17/4, 2021, Seite(n) e1008891, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLOS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008891

Fusing α and β subunits of the fungal fatty acid synthase leads to improved production of fatty acids

Autoren: Florian Wernig, Sandra Born, Eckhard Boles, Martin Grininger, Mislav Oreb
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-66629-y

A Yarrowia lipolytica Strain Engineered for Pyomelanin Production

Autoren: Macarena Larroude, Djamila Onésime, Olivier Rué, Jean-Marc Nicaud, Tristan Rossignol
Veröffentlicht in: Microorganisms, Ausgabe 9/4, 2021, Seite(n) 838, ISSN 2076-2607
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms9040838

Transcriptomic response of Saccharomyces cerevisiae to octanoic acid production

Autoren: Leonie Baumann, Tyler Doughty, Verena Siewers, Jens Nielsen, Eckhard Boles, Mislav Oreb
Veröffentlicht in: FEMS Yeast Research, Ausgabe 21/2, 2021, ISSN 1567-1356
Herausgeber: Blackwell
DOI: 10.1093/femsyr/foab011

Increasing jojoba-like wax ester production in Saccharomyces cerevisiae by enhancing very long-chain, monounsaturated fatty acid synthesis

Autoren: Leonie Wenning, Christer S. Ejsing, Florian David, Richard R. Sprenger, Jens Nielsen, Verena Siewers
Veröffentlicht in: Microbial Cell Factories, Ausgabe 18/1, 2019, ISSN 1475-2859
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-019-1098-9

Extracting novel hypotheses and findings from RNA-seq data

Autoren: Tyler Doughty, Eduard Kerkhoven
Veröffentlicht in: FEMS Yeast Research, Ausgabe 20/2, 2020, ISSN 1567-1356
Herausgeber: Blackwell
DOI: 10.1093/femsyr/foaa007

Improving the phenotype predictions of a yeast genome‐scale metabolic model by incorporating enzymatic constraints

Autoren: Benjamín J Sánchez, Cheng Zhang, Avlant Nilsson, Petri‐Jaan Lahtvee, Eduard J Kerkhoven, Jens Nielsen
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 13/8, 2017, Seite(n) 935, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20167411

Under pressure: evolutionary engineering of yeast strains for improved performance in fuels and chemicals production

Autoren: Robert Mans, Jean-Marc G Daran, Jack T Pronk
Veröffentlicht in: Current Opinion in Biotechnology, Ausgabe 50, 2018, Seite(n) 47-56, ISSN 0958-1669
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2017.10.011

Heterologous transporter expression for improved fatty alcohol secretion in yeast

Autoren: Yating Hu, Zhiwei Zhu, Jens Nielsen, Verena Siewers
Veröffentlicht in: Metabolic Engineering, Ausgabe 45, 2018, Seite(n) 51-58, ISSN 1096-7176
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2017.11.008

Genome editing in Kluyveromyces and Ogataea yeasts using a broad-host-range Cas9/gRNA co-expression plasmid

Autoren: Hannes Juergens, Javier A Varela, Arthur R Gorter de Vries, Thomas Perli, Veronica J M Gast, Nikola Y Gyurchev, Arun S Rajkumar, Robert Mans, Jack T Pronk, John P Morrissey, Jean-Marc G Daran
Veröffentlicht in: FEMS Yeast Research, Ausgabe 18/3, 2018, ISSN 1567-1364
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/femsyr/foy012

FnCpf1: a novel and efficient genome editing tool for Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Michal A. Świat, Sofia Dashko, Maxime den Ridder, Melanie Wijsman, John van der Oost, Jean-Marc Daran, Pascale Daran-Lapujade
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 45/21, 2017, Seite(n) 12585-12598, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx1007

Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of very long chain fatty acid-derived chemicals

Autoren: Tao Yu, Yongjin J. Zhou, Leonie Wenning, Quanli Liu, Anastasia Krivoruchko, Verena Siewers, Jens Nielsen, Florian David
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8, 2017, Seite(n) 15587, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15587

Barriers and opportunities in bio-based production of hydrocarbons

Autoren: Yongjin J. Zhou, Eduard J. Kerkhoven, Jens Nielsen
Veröffentlicht in: Nature Energy, 2018, ISSN 2058-7546
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41560-018-0197-x

Synthetic biology tools for engineering Yarrowia lipolytica

Autoren: M. Larroude, T. Rossignol, J.-M. Nicaud, R. Ledesma-Amaro
Veröffentlicht in: Biotechnology Advances, 2018, ISSN 0734-9750
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2018.10.004

A Yeast-Based Biosensor for Screening of Short- and Medium-Chain Fatty Acid Production

Autoren: Leonie Baumann, Arun S. Rajkumar, John P. Morrissey, Eckhard Boles, Mislav Oreb
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, 2018, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.8b00309

Expansion and Diversification of MFS Transporters in Kluyveromyces marxianus

Autoren: Javier A. Varela, Martina Puricelli, Noemi Montini, John P. Morrissey
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.03330

Biological Parts for Kluyveromyces marxianus Synthetic Biology

Autoren: Arun S. Rajkumar, Javier A. Varela, Hannes Juergens, Jean-Marc G. Daran, John P. Morrissey
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Ausgabe 7, 2019, ISSN 2296-4185
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2019.00097

A modular Golden Gate toolkit for Yarrowia lipolytica synthetic biology

Autoren: Macarena Larroude, Young‐Kyoung Park, Paul Soudier, Monika Kubiak, Jean‐Marc Nicaud, Tristan Rossignol
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, 2019, ISSN 1751-7915
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd and Society for Applied Microbiology
DOI: 10.1111/1751-7915.13427

A consensus S. cerevisiae metabolic model Yeast8 and its ecosystem for comprehensively probing cellular metabolism

Autoren: Hongzhong Lu, Feiran Li, Benjamín J. Sánchez, Zhengming Zhu, Gang Li, Iván Domenzain, Simonas Marcišauskas, Petre Mihail Anton, Dimitra Lappa, Christian Lieven, Moritz Emanuel Beber, Nikolaus Sonnenschein, Eduard J. Kerkhoven, Jens Nielsen
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11581-3

Connecting central carbon and aromatic amino acid metabolisms to improve de novo 2-phenylethanol production in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Else-Jasmijn Hassing, Philip A. de Groot, Vita R. Marquenie, Jack T. Pronk, Jean-Marc G. Daran
Veröffentlicht in: Metabolic Engineering, Ausgabe 56, 2019, Seite(n) 165-180, ISSN 1096-7176
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2019.09.011

Author Correction: Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of very long chain fatty acid-derived chemicals

Autoren: Yu, Tao; Zhou, Yongjin J.; Wenning, Leonie; Liu, Quanli; Krivoruchko, Anastasia; Siewers, Verena; Nielsen, Jens; David, Florian
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms16220

Origin of Lactose Fermentation in Kluyveromyces lactis by Interspecies Transfer of a Neo-functionalized Gene Cluster during Domestication

Autoren: Javier A. Varela, Martina Puricelli, Raúl A. Ortiz-Merino, Romina Giacomobono, Stephanie Braun-Galleani, Kenneth H. Wolfe, John P. Morrissey
Veröffentlicht in: Current Biology, 2019, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.10.044

De novo biosynthesis of 8-hydroxyoctanoic acid via a medium-chain length specific fatty acid synthase and cytochrome P450 in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Florian Wernig, Eckhard Boles, Mislav Oreb
Veröffentlicht in: Metabolic Engineering Communications, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) e00111, ISSN 2214-0301
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mec.2019.e00111

A set of Yarrowia lipolytica CRISPR/Cas9 vectors for exploiting wild-type strain diversity

Autoren: Macarena Larroude, Heykel Trabelsi, Jean-Marc Nicaud, Tristan Rossignol
Veröffentlicht in: Biotechnology Letters, 2020, ISSN 0141-5492
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10529-020-02805-4

Stress-induced expression is enriched for evolutionarily young genes in diverse budding yeasts

Autoren: Tyler W. Doughty, Iván Domenzain, Aaron Millan-Oropeza, Noemi Montini, Philip A. de Groot, Rui Pereira, Jens Nielsen, Céline Henry, Jean-Marc G. Daran, Verena Siewers, John P. Morrissey
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16073-3

Rational engineering of Kluyveromyces marxianus to create a chassis for the production of aromatic products

Autoren: Arun S. Rajkumar, John P. Morrissey
Veröffentlicht in: Microbial Cell Factories, Ausgabe 19/1, 2020, ISSN 1475-2859
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-020-01461-7

Yarrowia lipolytica chassis strains engineered to produce aromatic amino acids via the shikimate pathway

Autoren: Macarena Larroude, Jean‐Marc Nicaud, Tristan Rossignol
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, 2020, ISSN 1751-7915
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.13745

Microbiological strategies to produce beer and wine with reduced ethanol concentration

Autoren: Javier Varela, Cristian Varela
Veröffentlicht in: Current Opinion in Biotechnology, Ausgabe 56, 2019, Seite(n) 88-96, ISSN 0958-1669
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2018.10.003

Evaluating accessibility, usability and interoperability of genome-scale metabolic models for diverse yeasts species

Autoren: Iván Domenzain, Feiran Li, Eduard J Kerkhoven, Verena Siewers
Veröffentlicht in: FEMS Yeast Research, Ausgabe 21/1, 2021, ISSN 1567-1364
Herausgeber: FEMS Yeast Research
DOI: 10.1093/femsyr/foab002

An atlas of human metabolism

Autoren: Jonathan L. Robinson, Pınar Kocabaş, Hao Wang, Pierre-Etienne Cholley, Daniel Cook, Avlant Nilsson, Mihail Anton, Raphael Ferreira, Iván Domenzain, Virinchi Billa, Angelo Limeta, Alex Hedin, Johan Gustafsson, Eduard J. Kerkhoven, L. Thomas Svensson, Bernhard O. Palsson, Adil Mardinoglu, Lena Hansson, Mathias Uhlén, Jens Nielsen
Veröffentlicht in: Science Signaling, Ausgabe 13/624, 2020, Seite(n) eaaz1482, ISSN 1937-9145
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scisignal.aaz1482

FALCONET: an R package to accelerate automatic visualisation of genome scale metabolic models

Autoren: Lu, Hongzhong; Zhu, Zhengming; Kerkhoven, Eduard J; Nielsen, Jens
Veröffentlicht in: Ausgabe 5, 2019
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/662056

Multidimensional engineering for the production of fatty acid derivatives in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Hu, Yating
Veröffentlicht in: Ausgabe 1, 2019, ISBN 978-91-7905-174-7
Herausgeber: not applicable

Approaching absolute quantification using label-free shotgun proteomics coupled with external protein standards spiked in yeast extracts

Autoren: Millan Oropeza, Aaron; Blein-Nicolas, Melisande; Zivy, Michel; Monnet, Véronique; Henry, Celine
Veröffentlicht in: http://sfeap2018.ipbs.fr/, Ausgabe 3, 2018
Herausgeber: HAL archive

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