Cryo-electron microscopy: mathematical foundations and algorithms

Informations projet

CRYOMATH

N° de convention de subvention: 723991

DOI

10.3030/723991

Projet clôturé

Date de signature de la CE 13 Decembre 2016

Date de début 1 Mars 2017

Date de fin 28 Février 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 751 250,00

Contribution de l’UE

€ 1 751 250,00

Coordonné par

TEL AVIV UNIVERSITY
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (18)

Three-Dimensional Alignment of Density Maps in Cryo-Electron Microscopy

Auteurs: Yael Harpaz and Yoel Shkolnisky
Publié dans: Biological Imaging, 2023, ISSN 2633-903X
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s2633903x23000089

Structure and energy transfer pathways of the Dunaliella Salina photosystem I supercomplex

Auteurs: Ido Caspy, Tirupathi Malavath, Daniel Klaiman, Maria Fadeeva, Yoel Shkolnisky, Nathan Nelson
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, Numéro 1861/10, 2020, Page(s) 148253, ISSN 0005-2728
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbabio.2020.148253

Cryo-EM photosystem I structure reveals adaptation mechanisms to extreme high light in Chlorella ohadii

Auteurs: Ido Caspy, Ehud Neumann, Maria Fadeeva, Varda Liveanu, Anton Savitsky, Anna Frank, Yael Levi Kalisman, Yoel Shkolnisky, Omer Murik, Haim Treves, Volker Hartmann, Marc M. Nowaczyk, Wolfgang Schuhmann, Matthias Rögner, Itamar Willner, Aaron Kaplan, Gadi Schuster, Nathan Nelson, Wolfgang Lubitz, Rachel Nechushtai
Publié dans: Nature Plants, Numéro 7/9, 2021, Page(s) 1314-1322, ISSN 2055-0278
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41477-021-00983-1

Signal enhancement for two-dimensional cryo-EM data processing

Auteurs: Guy Sharon, Yoel Shkolnisky, and Tamir Bendory
Publié dans: Biological Imaging, 2023, ISSN 2633-903X
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s2633903x23000065

Multi-reference factor analysis: low-rank covariance estimation under unknown translations

Auteurs: Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Publié dans: Information and Inference: A Journal of the IMA, 2020, ISSN 2049-8772
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/imaiai/iaaa019

The structure of a triple complex of plant photosystem I with ferredoxin and plastocyanin

Auteurs: Ido Caspy, Anna Borovikova-Sheinker, Daniel Klaiman, Yoel Shkolnisky, Nathan Nelson
Publié dans: Nature Plants, Numéro 6/10, 2020, Page(s) 1300-1305, ISSN 2055-0278
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41477-020-00779-9

Rank-one multi-reference factor analysis

Auteurs: Yariv Aizenbud, Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Publié dans: Statistics and Computing, Numéro 31/1, 2021, ISSN 0960-3174
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-020-09990-2

ASOCEM: Automatic Segmentation Of Contaminations in cryo-EM

Auteurs: Eldar, Amitay; Amos, Ido; Shkolnisky, Yoel
Publié dans: Journal of Structural Biology, 2022, ISSN 1047-8477
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2022.107871

The Steerable Graph Laplacian and its Application to Filtering Image Datasets

Auteurs: Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Publié dans: SIAM Journal on Imaging Sciences, Numéro 11/4, 2018, Page(s) 2254-2304, ISSN 1936-4954
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/18M1169394

Common lines modeling for reference free Ab-initio reconstruction in cryo-EM

Auteurs: Ido Greenberg, Yoel Shkolnisky
Publié dans: Journal of Structural Biology, Numéro 200/2, 2017, Page(s) 106-117, ISSN 1047-8477
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2017.09.007

A max-cut approach to heterogeneity in cryo-electron microscopy

Auteurs: Yariv Aizenbud, Yoel Shkolnisky
Publié dans: Journal of Mathematical Analysis and Applications, Numéro 479/1, 2019, Page(s) 1004-1029, ISSN 0022-247X
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmaa.2019.06.064

Sampling and approximation of bandlimited volumetric data

Auteurs: Rami Katz, Yoel Shkolnisky
Publié dans: Applied and Computational Harmonic Analysis, Numéro 47/1, 2019, Page(s) 235-247, ISSN 1063-5203
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.acha.2018.11.003

Symmetric Rank-One Updates from Partial Spectrum with an Application to Out-of-Sample Extension

Auteurs: Roy Mitz, Nir Sharon, Yoel Shkolnisky
Publié dans: SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, Numéro 40/3, 2019, Page(s) 973-997, ISSN 0895-4798
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/18m1172120

A common lines approach for ab-initio modeling of cyclically-symmetric molecules

Auteurs: Gabi Pragier, Yoel Shkolnisky
Publié dans: Inverse Problems, 2019, ISSN 0266-5611
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ab2fb2

KLT picker: Particle picking using data-driven optimal templates

Auteurs: Amitay Eldar, Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Publié dans: Journal of Structural Biology, 2020, Page(s) 107473, ISSN 1047-8477
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107473

A Perturbation-Based Kernel Approximation Framework

Auteurs: Mitz, Roy; Shkolnisky, Yoel
Publié dans: Journal of Machine Learning Research, Numéro 3, 2022, ISSN 1533-7928
Éditeur: JMLR, Inc. and Microtome Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2009.02955

Common Lines Ab Initio Reconstruction of $D_{2}$-Symmetric Molecules in Cryo-Electron Microscopy

Auteurs: Eitan Rosen, Yoel Shkolnisky
Publié dans: SIAM Journal on Imaging Sciences, Numéro 13/4, 2020, Page(s) 1898-1944, ISSN 1936-4954
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m131535x

Method of moments for 3D single particle ab initio modeling with non-uniform distribution of viewing angles

Auteurs: Nir Sharon, Joe Kileel, Yuehaw Khoo, Boris Landa, Amit Singer
Publié dans: Inverse Problems, Numéro 36/4, 2020, Page(s) 044003, ISSN 0266-5611
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ab6139