Cryo-electron microscopy: mathematical foundations and algorithms

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Veröffentlichungen

Three-Dimensional Alignment of Density Maps in Cryo-Electron Microscopy

Autoren: Yael Harpaz and Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Biological Imaging, 2023, ISSN 2633-903X
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s2633903x23000089

Structure and energy transfer pathways of the Dunaliella Salina photosystem I supercomplex

Autoren: Ido Caspy, Tirupathi Malavath, Daniel Klaiman, Maria Fadeeva, Yoel Shkolnisky, Nathan Nelson
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, Ausgabe 1861/10, 2020, Seite(n) 148253, ISSN 0005-2728
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbabio.2020.148253

Cryo-EM photosystem I structure reveals adaptation mechanisms to extreme high light in Chlorella ohadii

Autoren: Ido Caspy, Ehud Neumann, Maria Fadeeva, Varda Liveanu, Anton Savitsky, Anna Frank, Yael Levi Kalisman, Yoel Shkolnisky, Omer Murik, Haim Treves, Volker Hartmann, Marc M. Nowaczyk, Wolfgang Schuhmann, Matthias Rögner, Itamar Willner, Aaron Kaplan, Gadi Schuster, Nathan Nelson, Wolfgang Lubitz, Rachel Nechushtai
Veröffentlicht in: Nature Plants, Ausgabe 7/9, 2021, Seite(n) 1314-1322, ISSN 2055-0278
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41477-021-00983-1

Signal enhancement for two-dimensional cryo-EM data processing

Autoren: Guy Sharon, Yoel Shkolnisky, and Tamir Bendory
Veröffentlicht in: Biological Imaging, 2023, ISSN 2633-903X
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s2633903x23000065

Multi-reference factor analysis: low-rank covariance estimation under unknown translations

Autoren: Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Information and Inference: A Journal of the IMA, 2020, ISSN 2049-8772
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/imaiai/iaaa019

The structure of a triple complex of plant photosystem I with ferredoxin and plastocyanin

Autoren: Ido Caspy, Anna Borovikova-Sheinker, Daniel Klaiman, Yoel Shkolnisky, Nathan Nelson
Veröffentlicht in: Nature Plants, Ausgabe 6/10, 2020, Seite(n) 1300-1305, ISSN 2055-0278
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41477-020-00779-9

Rank-one multi-reference factor analysis

Autoren: Yariv Aizenbud, Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Statistics and Computing, Ausgabe 31/1, 2021, ISSN 0960-3174
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-020-09990-2

ASOCEM: Automatic Segmentation Of Contaminations in cryo-EM

Autoren: Eldar, Amitay; Amos, Ido; Shkolnisky, Yoel
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, 2022, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2022.107871

The Steerable Graph Laplacian and its Application to Filtering Image Datasets

Autoren: Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Imaging Sciences, Ausgabe 11/4, 2018, Seite(n) 2254-2304, ISSN 1936-4954
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/18M1169394

Common lines modeling for reference free Ab-initio reconstruction in cryo-EM

Autoren: Ido Greenberg, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, Ausgabe 200/2, 2017, Seite(n) 106-117, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2017.09.007

A max-cut approach to heterogeneity in cryo-electron microscopy

Autoren: Yariv Aizenbud, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Journal of Mathematical Analysis and Applications, Ausgabe 479/1, 2019, Seite(n) 1004-1029, ISSN 0022-247X
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmaa.2019.06.064

Sampling and approximation of bandlimited volumetric data

Autoren: Rami Katz, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Applied and Computational Harmonic Analysis, Ausgabe 47/1, 2019, Seite(n) 235-247, ISSN 1063-5203
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.acha.2018.11.003

Symmetric Rank-One Updates from Partial Spectrum with an Application to Out-of-Sample Extension

Autoren: Roy Mitz, Nir Sharon, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, Ausgabe 40/3, 2019, Seite(n) 973-997, ISSN 0895-4798
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/18m1172120

A common lines approach for ab-initio modeling of cyclically-symmetric molecules

Autoren: Gabi Pragier, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Inverse Problems, 2019, ISSN 0266-5611
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ab2fb2

KLT picker: Particle picking using data-driven optimal templates

Autoren: Amitay Eldar, Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, 2020, Seite(n) 107473, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107473

A Perturbation-Based Kernel Approximation Framework

Autoren: Mitz, Roy; Shkolnisky, Yoel
Veröffentlicht in: Journal of Machine Learning Research, Ausgabe 3, 2022, ISSN 1533-7928
Herausgeber: JMLR, Inc. and Microtome Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2009.02955

Common Lines Ab Initio Reconstruction of $D_{2}$-Symmetric Molecules in Cryo-Electron Microscopy

Autoren: Eitan Rosen, Yoel Shkolnisky
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Imaging Sciences, Ausgabe 13/4, 2020, Seite(n) 1898-1944, ISSN 1936-4954
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m131535x

Method of moments for 3D single particle ab initio modeling with non-uniform distribution of viewing angles

Autoren: Nir Sharon, Joe Kileel, Yuehaw Khoo, Boris Landa, Amit Singer
Veröffentlicht in: Inverse Problems, Ausgabe 36/4, 2020, Seite(n) 044003, ISSN 0266-5611
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ab6139

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