Cryo-electron microscopy: mathematical foundations and algorithms

Informacje na temat projektu

CRYOMATH

Identyfikator umowy o grant: 723991

DOI

10.3030/723991

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 13 Grudnia 2016

Data rozpoczęcia 1 Marca 2017

Data zakończenia 28 Lutego 2023

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 751 250,00

Wkład UE

€ 1 751 250,00

Koordynowany przez

TEL AVIV UNIVERSITY
Israel

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (18)

Three-Dimensional Alignment of Density Maps in Cryo-Electron Microscopy

Autorzy: Yael Harpaz and Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Biological Imaging, 2023, ISSN 2633-903X
Wydawca: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s2633903x23000089

Structure and energy transfer pathways of the Dunaliella Salina photosystem I supercomplex

Autorzy: Ido Caspy, Tirupathi Malavath, Daniel Klaiman, Maria Fadeeva, Yoel Shkolnisky, Nathan Nelson
Opublikowane w: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, Numer 1861/10, 2020, Strona(/y) 148253, ISSN 0005-2728
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbabio.2020.148253

Cryo-EM photosystem I structure reveals adaptation mechanisms to extreme high light in Chlorella ohadii

Autorzy: Ido Caspy, Ehud Neumann, Maria Fadeeva, Varda Liveanu, Anton Savitsky, Anna Frank, Yael Levi Kalisman, Yoel Shkolnisky, Omer Murik, Haim Treves, Volker Hartmann, Marc M. Nowaczyk, Wolfgang Schuhmann, Matthias Rögner, Itamar Willner, Aaron Kaplan, Gadi Schuster, Nathan Nelson, Wolfgang Lubitz, Rachel Nechushtai
Opublikowane w: Nature Plants, Numer 7/9, 2021, Strona(/y) 1314-1322, ISSN 2055-0278
Wydawca: Nature
DOI: 10.1038/s41477-021-00983-1

Signal enhancement for two-dimensional cryo-EM data processing

Autorzy: Guy Sharon, Yoel Shkolnisky, and Tamir Bendory
Opublikowane w: Biological Imaging, 2023, ISSN 2633-903X
Wydawca: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s2633903x23000065

Multi-reference factor analysis: low-rank covariance estimation under unknown translations

Autorzy: Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Information and Inference: A Journal of the IMA, 2020, ISSN 2049-8772
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/imaiai/iaaa019

The structure of a triple complex of plant photosystem I with ferredoxin and plastocyanin

Autorzy: Ido Caspy, Anna Borovikova-Sheinker, Daniel Klaiman, Yoel Shkolnisky, Nathan Nelson
Opublikowane w: Nature Plants, Numer 6/10, 2020, Strona(/y) 1300-1305, ISSN 2055-0278
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41477-020-00779-9

Rank-one multi-reference factor analysis

Autorzy: Yariv Aizenbud, Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Statistics and Computing, Numer 31/1, 2021, ISSN 0960-3174
Wydawca: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11222-020-09990-2

ASOCEM: Automatic Segmentation Of Contaminations in cryo-EM

Autorzy: Eldar, Amitay; Amos, Ido; Shkolnisky, Yoel
Opublikowane w: Journal of Structural Biology, 2022, ISSN 1047-8477
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2022.107871

The Steerable Graph Laplacian and its Application to Filtering Image Datasets

Autorzy: Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: SIAM Journal on Imaging Sciences, Numer 11/4, 2018, Strona(/y) 2254-2304, ISSN 1936-4954
Wydawca: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/18M1169394

Common lines modeling for reference free Ab-initio reconstruction in cryo-EM

Autorzy: Ido Greenberg, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Journal of Structural Biology, Numer 200/2, 2017, Strona(/y) 106-117, ISSN 1047-8477
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2017.09.007

A max-cut approach to heterogeneity in cryo-electron microscopy

Autorzy: Yariv Aizenbud, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Journal of Mathematical Analysis and Applications, Numer 479/1, 2019, Strona(/y) 1004-1029, ISSN 0022-247X
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmaa.2019.06.064

Sampling and approximation of bandlimited volumetric data

Autorzy: Rami Katz, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Applied and Computational Harmonic Analysis, Numer 47/1, 2019, Strona(/y) 235-247, ISSN 1063-5203
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.acha.2018.11.003

Symmetric Rank-One Updates from Partial Spectrum with an Application to Out-of-Sample Extension

Autorzy: Roy Mitz, Nir Sharon, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, Numer 40/3, 2019, Strona(/y) 973-997, ISSN 0895-4798
Wydawca: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/18m1172120

A common lines approach for ab-initio modeling of cyclically-symmetric molecules

Autorzy: Gabi Pragier, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Inverse Problems, 2019, ISSN 0266-5611
Wydawca: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ab2fb2

KLT picker: Particle picking using data-driven optimal templates

Autorzy: Amitay Eldar, Boris Landa, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: Journal of Structural Biology, 2020, Strona(/y) 107473, ISSN 1047-8477
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2020.107473

A Perturbation-Based Kernel Approximation Framework

Autorzy: Mitz, Roy; Shkolnisky, Yoel
Opublikowane w: Journal of Machine Learning Research, Numer 3, 2022, ISSN 1533-7928
Wydawca: JMLR, Inc. and Microtome Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2009.02955

Common Lines Ab Initio Reconstruction of $D_{2}$-Symmetric Molecules in Cryo-Electron Microscopy

Autorzy: Eitan Rosen, Yoel Shkolnisky
Opublikowane w: SIAM Journal on Imaging Sciences, Numer 13/4, 2020, Strona(/y) 1898-1944, ISSN 1936-4954
Wydawca: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m131535x

Method of moments for 3D single particle ab initio modeling with non-uniform distribution of viewing angles

Autorzy: Nir Sharon, Joe Kileel, Yuehaw Khoo, Boris Landa, Amit Singer
Opublikowane w: Inverse Problems, Numer 36/4, 2020, Strona(/y) 044003, ISSN 0266-5611
Wydawca: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/ab6139