Epigenomics and chromosome architecture one cell at a time

Projektinformationen

EpiScope

ID Finanzhilfevereinbarung: 724429

DOI 10.3030/724429

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 21 März 2017

Startdatum 1 September 2017

Enddatum 31 August 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 999 780,00

EU-Beitrag € 1 999 780,00

Koordiniert durch

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (13)

3D chromatin interactions involving Drosophila insulators are infrequent but preferential and arise before TADs and transcription

Autoren: Olivier Messina, Flavien Raynal, Julian Gurgo, Jean-Bernard Fiche, Vera Pancaldi, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe in press, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.12.12.520036

Multi-scale dynamic imaging reveals that cooperative motility behaviors promote efficient predation in bacteria

Autoren: Rombouts Sara, Anna Mas, Antoine Le Gall, Jean-Bernard Fiche, Tam Mignot, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.12.20.521001

Multiple parameters shape the 3D chromatin structure of single nuclei at the doc locus in Drosophila

Autoren: Markus Goetz, Olivier Messina, Sergio Espinola, Jean-Bernard Fiche, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-32973-y

Qudi-HiM: an open-source acquisition software package for highly multiplexed sequential and combinatorial optical imaging

Autoren: Franziska Barho, Jean-Bernard Fiche, Marion Bardou, Olivier Messina, Alexandre Martiniere, Christophe Houbron, Marcelo NOLLMANN
Veröffentlicht in: Open Research Europe, 2021, ISSN 2732-5121
Herausgeber: F1000 Research Limited on behalf of the European Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.14641.1

bacto_tracker: a method for single-cell tracking of M. xanthus in dense and multispecies colonies

Autoren: Sara Rombouts, Jean-Bernard Fiche, Tam Mignot, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Open Research Europe, 2023, ISSN 2732-5121
Herausgeber: F1000 Research Limited on behalf of the European Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.15255.1

Microscopy-Based Chromosome Conformation Capture Enables Simultaneous Visualization of Genome Organization and Transcription in Intact Organisms

Autoren: Andrés M. Cardozo Gizzi, Diego I. Cattoni, Jean-Bernard Fiche, Sergio M. Espinola, Julian Gurgo, Olivier Messina, Christophe Houbron, Yuki Ogiyama, Giorgio L. Papadopoulos, Giacomo Cavalli, Mounia Lagha, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 74/1, 2019, Seite(n) 212-222.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.01.011

TADs are 3D structural units of higher-order chromosome organization in Drosophila

Autoren: Quentin Szabo, Daniel Jost, Jia-Ming Chang, Diego I. Cattoni, Giorgio L. Papadopoulos, Boyan Bonev, Tom Sexton, Julian Gurgo, Caroline Jacquier, Marcelo Nollmann, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 4/2, 2018, Seite(n) eaar8082, ISSN 2375-2548
Herausgeber: Science
DOI: 10.1126/sciadv.aar8082

Direct and simultaneous observation of transcription and chromosome architecture in single cells with Hi-M

Autoren: Andrés M. Cardozo Gizzi, Sergio M. Espinola, Julian Gurgo, Christophe Houbron, Jean-Bernard Fiche, Diego I. Cattoni, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 15/3, 2020, Seite(n) 840-876, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-019-0269-9

TADs or no TADS: Lessons From Single-cell Imaging of Chromosome Architecture

Autoren: Andrés M. Cardozo Gizzi, Diego I. Cattoni, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 432/3, 2020, Seite(n) 682-693, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.12.034

Single-cell absolute contact probability detection reveals chromosomes are organized by multiple low-frequency yet specific interactions

Autoren: Diego I. Cattoni, Andrés M. Cardozo Gizzi, Mariya Georgieva, Marco Di Stefano, Alessandro Valeri, Delphine Chamousset, Christophe Houbron, Stephanie Déjardin, Jean-Bernard Fiche, Inma González, Jia-Ming Chang, Thomas Sexton, Marc A. Marti-Renom, Frédéric Bantignies, Giacomo Cavalli, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01962-x

Contributions of 3D chromatin structure to cell-type-specific gene regulation

Autoren: Marie Schaeffer; Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Current Opinion in Genetics & Development, 2022, ISSN 0959-437X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2023.102032

Cis-regulatory chromatin loops arise before TADs and gene activation, and are independent of cell fate during early Drosophila development

Autoren: Sergio Martin Espinola, Markus Götz, Maelle Bellec, Olivier Messina, Jean-Bernard Fiche, Christophe Houbron, Matthieu Dejean, Ingolf Reim, Andrés M. Cardozo Gizzi, Mounia Lagha, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 53, pages 477-486, 2021, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-021-00816-z

ATP-Driven Separation of Liquid Phase Condensates in Bacteria

Autoren: B. Guilhas, J.C. Walter, J. Rech, G. David, N.-O. Walliser, J. Palmeri, C., Mathieu-Demaziere, A. Parmeggiani, J.Y. Bouet, A. Le Gall, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Mol Cell., Ausgabe 2020 Jul 16;79(2):293-303.e4, 2020, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.06.034

Book chapters (1)

The Impact of Space and Time on the Functional Output of the Genome.

Autoren: Nollmann M, Bennabi I, Götz M, Gregor T.
Veröffentlicht in: Cold Spring Harb Perspect Biol, 2022, ISSN 1943-0264
Herausgeber: Cold Spring Harb
DOI: 10.1101/cshperspect.a040378

Non-peer reviewed articles (4)

pyHiM, a new open-source, multi-platform software package for spatial genomics based on multiplexed DNA-FISH imaging

Autoren: Devos Xavier, Fiche Jean-Bernard, Bardou Marion, Messina Olivier, Houbron Christophe, Gurgo Julian, Schaeffer Marie, Götz Markus, Walter Thomas, Mueller Florian, Nollmann Marcelo
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.09.19.558412

Multiple parameters shape the 3D chromatin structure of single nuclei

Autoren: Markus Goetz, Olivier Messina, Sergio Espinola, Jean-Bernard Fiche, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.01.16.476319

Multiplexed chromatin imaging reveals predominantly pairwise long-range coordination between Drosophila Polycomb genes

Autoren: Julian Gurgo, Jean-Charles Walter, Jean-Bernard Fiche, Christophe Houbron, Marie Schaeffer, Giacomo Cavalli, Frédéric Bantignies, Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/2022.05.16.492046

Cis-regulatory chromatin loops arise before TADs and gene activation, and are independent of cell fate during development

Autoren: Sergio Martín Espínola; Markus Götz; Jean-Bernard Fiche; Maelle Bellec; Christophe Houbron; Andrés M. Cardozo Gizzi; Mounia Lagha; Marcelo Nollmann
Veröffentlicht in: Biorxiv, Ausgabe 1, 2020, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratories
DOI: 10.1101/2020.07.07.191015