Leistungen
First version of the OpenRiskNet APIs will be released to all partners of the consortium and associated partners for feedback and usage.
Report on deployment of virtual infrastructures with service discovery and container orchestrationKey components of OpenRiskNet e-infrastructure, including the live virtual instance for testing and the service discovery, will be online and documented in the report.
Fully functional support infrastructureSupport infrastructure will be fully functional and in operation.
Reference OpenRiskNet system available onlineThe reference OpenRiskNet instance will be fully operable and accessible to demonstrate the functionalities to new users. Additionally, all components will be available in containerized form for easy deployment.
Final API available for internal and external service providersFinal OpenRiskNet APIs will be released.
Development infrastructure onlineComputational infrastructure for the development and testing of the virtual environments, APIs and data and software integration will be completely set up.
Final report on the dissemination and training activities will be filed.
First report on the management processFirst report summarizing the management process will be filed.
Report of the Service Integration with OpenRiskNet (Final Report)This report will describe the status of the service integration including numbers of active services provided by the consortium, associated partners and other third parties.
Report on requirement analysis and recommendations for WP2-4 including Data Management PlanThe report will describe the results obtained from the interviews and interactions with associated partners and projects as part of the requirement analysis.
Final report on the management processFinal report summarizing the management process will be filed.
Report of the Service Integration with OpenRiskNet (Intermediate Report)This report will describe the status of the service integration including numbers of active services provided by the consortium, associated partners and other third parties.
Data management, maintenance and sustainability planFinal data management plan as well as maintenance and sustainability plan will be filed.
Report of the Service Integration with OpenRiskNet (Initial Deployment)This report will describe the status of the service integration including active services provided by the consortium, associated partners and other third parties.
First documentation of the core e-infrastructureFirst documentation of the core e-infrastructure with examples of prototype implementations will be delivered. This documentation will be updated throughout the project.
Report on Re-Identification Risks and Private by Design Risk ManagementThe report will cover possible risk with respect to security, privacy and re-identification of personal data as well as present the private by design risk management concept.
Report on the results of the Implementation ChallengeThis report will summarize the selected data sources and software tools identified by the implementation challenge to be supported by OpenRiskNet partners and the status of their implementation.
Dissemination & Training Activities (Intermediate Report)Intermediate report on the dissemination and training activities will be filed.
Initial version of the data management plan will been delivered.
Interoperability of data and software tools will be established and applied to the case studies.
Associated partner program is establishedRules for the associated partner program will be defined, formalized, legally approved and accepted by the consortium.
Final definition of case studiesCase studies for testing the usability of the infrastructure in state-of-the-art research will be defined.
Finalization of case studies and analysis of remaining weaknessesAll case studies will have been finalized and remaining challenges will be identified. Measures to solve these challenges, especially with respect to the regulatory usage of the workflows developed in the case studies will be outlined.
Veröffentlichungen
Autoren:
Exner, Thomas; Dokler, Joh; Bachler, Daniel; Farcal, Lucian; Evelo, Chris; Willighagen, Egon; Jacobs, Marc; Doganis, Philip; Sarimveis, Haralambos; Lynch, Iseult; Kramer, Stefan; Notredame, Cedric; Jennen, Danyel; Gkoutos, Georgios; Spjuth, Ola; Jennings, Paul; Dudgeon, Tim; Bois, Frederic; Hardy, Barry
Veröffentlicht in:
SOT 2018 (Society of Toxicology 57th Annual Meeting and ToxExpo), Ausgabe 1, 2018
Herausgeber:
Society of Toxicology
DOI:
10.5281/zenodo.1199286
Autoren:
Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
OpenTox USA, 2017
Herausgeber:
OpenTox
DOI:
10.5281/zenodo.831444
Autoren:
Thomas Exner
Veröffentlicht in:
OpenTox Euro 2017, 2017
Herausgeber:
OpenTox
Autoren:
Tim Dudgeon
Veröffentlicht in:
Nextflow workshop, 2017
Herausgeber:
Centre for Genomic Regulation
Autoren:
Thomas Exner
Veröffentlicht in:
OpenTox Euro 2017, 2017
Herausgeber:
OpenTox
Autoren:
Chris Evelo
Veröffentlicht in:
OpenTox Euro 2017, 2017
Herausgeber:
OpenTox
Autoren:
Iseult Lynch
Veröffentlicht in:
OpenTox Euro 2017, 2017
Herausgeber:
OpenTox
Autoren:
Marvin Martens, Chris Evelo, Egon Willighagen
Veröffentlicht in:
ByteMAL (Bioinformatics for Young inTernational researchers Expo: Maastricht-Aachen-Liège), 2017
Herausgeber:
ByteMAL
Autoren:
Marvin Martens
Veröffentlicht in:
OpenTox Euro 2017, 2017
Herausgeber:
OpenTox
Autoren:
Ola Spjuth
Veröffentlicht in:
COST-CHARME 'Big Data Training School for Life Sciences', 2017
Herausgeber:
COST-CHARME
Autoren:
Ola Spjuth
Veröffentlicht in:
2nd international de.NBI symposium, 2017
Herausgeber:
German Network for Bioinformatics Infrastructure
Autoren:
Philip Doganis, Georgia Tsiliki, Charalampos Chomenidis, Angelos Valsamis, George Drakakis, Evangelia Anagnostopoulou, Haralambos Sarimveis
Veröffentlicht in:
Open Science Fair 2017, 2017
Herausgeber:
Open Science Fair
Autoren:
Imane Boudellioua, Rozaimi B. Mahamad Razali, Maxat Kulmanov, Yasmeen Hashish, Vladimir B. Bajic, Eva Goncalves-Serra, Nadia Schoenmakers, Georgios V. Gkoutos, Paul N. Schofield, Robert Hoehndorf
Veröffentlicht in:
PLOS Computational Biology, Ausgabe 13/4, 2017, Seite(n) e1005500, ISSN 1553-7358
Herausgeber:
PLOS
DOI:
10.1371/journal.pcbi.1005500
Autoren:
Maris Lapins, Staffan Arvidsson, Samuel Lampa, Arvid Berg, Wesley Schaal, Jonathan Alvarsson, Ola Spjuth
Veröffentlicht in:
Journal of Cheminformatics, Ausgabe 10/1, 2018, ISSN 1758-2946
Herausgeber:
Chemistry Central
DOI:
10.1186/s13321-018-0271-1
Autoren:
T.E. Exner, J. Dokler, D. Bachler, L.R. Farcal, C.T. Evelo, E. Willighagen, D.G.J. Jennen, M. Jabocs, P. Doganis, H. Sarimveis, I. Lynch, G. Gkoutos, S. Kramer, C. Notredame, O. Spjuth, P. Jennings, T. Dudgeon, F. Bois, B. Hardy
Veröffentlicht in:
Toxicology Letters, Ausgabe 295, 2018, Seite(n) S104, ISSN 0378-4274
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.toxlet.2018.06.617
Autoren:
J.R. Bayjanov, J.C. Kleinjans, D.G.J. Jennen
Veröffentlicht in:
Toxicology Letters, Ausgabe 295, 2018, Seite(n) S100-S101, ISSN 0378-4274
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.toxlet.2018.06.608
Autoren:
M. Martens, E. Willighagen, P. Nymark, R. Grafström, L.D. Burgoon, H.T. Aladjov, F. Torres Andón, C.T. Evelo
Veröffentlicht in:
Toxicology Letters, Ausgabe 295, 2018, Seite(n) S227-S228, ISSN 0378-4274
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.toxlet.2018.06.962
Autoren:
Samuel Lampa, Jonathan Alvarsson, Staffan Arvidsson Mc Shane, Arvid Berg, Ernst Ahlberg, Ola Spjuth
Veröffentlicht in:
Frontiers in Pharmacology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1663-9812
Herausgeber:
Frontiers Media S.A.
DOI:
10.3389/fphar.2018.01256
Autoren:
Imane Boudellioua, Maxat Kulmanov, Paul N. Schofield, Georgios V. Gkoutos, Robert Hoehndorf
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-018-32876-3
Autoren:
Boudellioua, Imane; Kulmanov, Maxat; Schofield, Paul N.; Gkoutos, Georgios V.; Hoehndorf, Robert
Veröffentlicht in:
BMC Bioinformatics, Vol 20, Iss 1, Pp 1-8 (2019), Ausgabe 4, 2019, ISSN 1471-2105
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.17863/CAM.36763
Autoren:
Dudgeon, Tim; Spjuth, Ola; Bois, Frederic; Bachler, Daniel
Veröffentlicht in:
Ausgabe 1, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1479138
Autoren:
Jennings, Paul; Exner, Thomas; Farcal, Lucian; Oki, Noffisat; Sarimveis, Harry; Doganis, Philip; Jennen, Danyel; Geerke, Daan; Willighagen, Egon; Bois, Frederic; Rautenberg, Micha; Dudgeon, Tim; Hardy, Barry
Veröffentlicht in:
Ausgabe 1, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1479127
Autoren:
Spjuth, Ola; Dudgeon, Tim; Bachler, Daniel; Gebele, Denis; Rautenberg, Micha; Alvarsson, Jonathan; Karatzas, Pantelis; Willighagen, Egon; Evelo, Chris; Martens, Marvin; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 1, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1479475
Autoren:
Doganis, Philip; Karatzas, Pantelis; Sarimveis, Harry; Dudgeon, Tim; Spjuth, Ola; Farcal, Lucian; Exner, Thomas; Lynch, Iseult; Hardy, Barry
Veröffentlicht in:
Ausgabe 2, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1479648
Autoren:
Rautenberg, Micha; Karwath, Andreas; Kramer, Stefan; Dudgeon, Tim; Spjuth, Ola; Bachler, Daniel; Exner, Thomas; Dokler, Joh; Sarimveis, Haralambos; Valsamis, Angelos; Doganis, Philip; Willighagen, Egon; Bois, Frederic
Veröffentlicht in:
Ausgabe 3, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1479444
Autoren:
Bachler, Daniel; Dokler, Joh; Dudgeon, Tim; Willighagen, Egon; Karatzas, Pantelis; Lynch, Iseult; Hardy, Barry; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 2, 2019
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.2597061
Autoren:
Spjuth, Ola; Farcal, Lucian; Lynch, Iseult; Dudgeon, Tim; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 2, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.2558121
Autoren:
Danyel, Jennen; Bayjanov, Jumamurat; Farcal, Lucian; Oki, Noffisat; Geerke, Daan; Doganis, Philip; Martens, Marvin; Willighagen, Egon; Gebele, Denis; Jacobs, Marc; Dudgeon, Tim; Lynch, Iseult; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 5, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.2596998
Autoren:
Dudgeon, Tim; Christie, Alan; Bachler, Daniel; Farcal, Lucian; Sarimveis, Harry; Doganis, Philip; Karatzas, Pantelis; Spjuth, Ola; Lynch, Iseult; Hardy, Barry
Veröffentlicht in:
Ausgabe 1, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1483397
Autoren:
Floden, Evan; Lloret-Villas, Audald; Di Tommaso, Paolo; Spjuth, Ola; Farcal, Lucian; Dudgeon, Tim; Jennen, Danyel
Veröffentlicht in:
Ausgabe 2, 2019
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.3256306
Autoren:
Farcal, Lucian; Florean, Oana; Doganis, Philip; Jennen, Danyel; Willighagen, Egon; Martens, Marvin; Bachler, Daniel; Oki, Noffisat; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 1, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.2558116
Autoren:
Farcal, Lucian; Lynch, Iseult; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 5, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.2557741
Autoren:
Jennen, Danyel; Dudgeon, Tim; Sarimveis, Haralambos; Doganis, Philip; Karatzas, Pantelis; Rautenberg, Micha; Willighagen, Egon; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 2, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1484309
Autoren:
Farcal , Lucian; Exner, Thomas; Hardy, Barry
Veröffentlicht in:
Ausgabe 5, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1484358
Autoren:
Farcal, Lucian; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 5, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.1484319
Autoren:
Farcal, Lucian; Bachler, Daniel; Dokler, Joh; Exner, Thomas
Veröffentlicht in:
Ausgabe 4, 2018
Herausgeber:
OpenRiskNet
DOI:
10.5281/zenodo.2557731
Suche nach OpenAIRE-Daten ...
Bei der Suche nach OpenAIRE-Daten ist ein Fehler aufgetreten
Es liegen keine Ergebnisse vor