A single-cell genomics approach integrating gene expression, lineage, and physical interactions

Informazioni relative al progetto

IntScOmics

ID dell’accordo di sovvenzione: 742225

DOI 10.3030/742225

Progetto chiuso

Data della firma CE 12 Settembre 2017

Data di avvio 1 Gennaio 2018

Data di completamento 31 Dicembre 2022

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale € 2 500 000,00

Contributo UE € 2 500 000,00

Coordinato da

KONINKLIJKE NEDERLANDSE AKADEMIE VAN WETENSCHAPPEN - KNAW
Netherlands

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (15)

Strand-specific single-cell methylomics reveals distinct modes of DNA demethylation dynamics during early mammalian development

Autori: M. Sen, D. Mooijman, A. Chialastri, J.C. Boisset, M. Popovic, B. Heindryckx, S.M. Chuva de Sousa Lopes , S.S. Dey, A. van Oudenaarden.
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12, 2023, Pagina/e 1286, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21532-6

Integration of multiple lineage measurements from the same cell reconstructs parallel tumor evolution

Autori: L. Kester, B. de Barbanson, A. Lyubimova, L.T. Chen, V. van der Schrier, A. Alemany, D. Mooijman, J. Peterson-Maduro, J. Drost, J. de Ridder, A. van Oudenaarden.
Pubblicato in: Cell Genomics, Numero 2, 2022, Pagina/e 100094, ISSN 2666-979X
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100096

Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids

Autori: Susanne C. van den Brink, Anna Alemany, Vincent van Batenburg, Naomi Moris, Marloes Blotenburg, Judith Vivié, Peter Baillie-Johnson, Jennifer Nichols, Katharina F. Sonnen, Alfonso Martinez Arias, Alexander van Oudenaarden
Pubblicato in: Nature, Numero 582/7812, 2020, Pagina/e 405-409, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2024-3

Cell Type Purification by Single-Cell Transcriptome-Trained Sorting

Autori: Chloé S. Baron, Aditya Barve, Mauro J. Muraro, Reinier van der Linden, Gitanjali Dharmadhikari, Anna Lyubimova, Eelco J.P. de Koning, Alexander van Oudenaarden
Pubblicato in: Cell, Numero 179/2, 2019, Pagina/e 527-542.e19, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.08.006

Sequencing metabolically labeled transcripts in single cells reveals mRNA turnover strategies

Autori: Nico Battich, Joep Beumer, Buys de Barbanson, Lenno Krenning, Chloé S. Baron, Marvin E. Tanenbaum, Hans Clevers, Alexander van Oudenaarden
Pubblicato in: Science, Numero 367/6482, 2020, Pagina/e 1151-1156, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax3072

scChIX-seq infers dynamic relationships between histone modifications in single cells

Autori: J. Yeung, M. Florescu, P. Zeller, B.A. de Barbanson, M.D. Wellenstein, A. van Oudenaarden.
Pubblicato in: Nature Biotechnology, 2023, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-022-01560-3

Identification of the stress granule transcriptome via RNA-editing in single cells and in vivo

Autori: W. van Leeuwen, M. VanInsberghe, N. Battich, F. Salmén, A. van Oudenaarden, C. Rabouille.
Pubblicato in: Cell Rep Methods, Numero 2, 2022, Pagina/e 100235, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100235

Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing

Autori: Anna Alemany, Maria Florescu, Chloé S. Baron, Josi Peterson-Maduro, Alexander van Oudenaarden
Pubblicato in: Nature, Numero 556/7699, 2018, Pagina/e 108-112, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature25969

Single-Cell Transcriptomics Meets Lineage Tracing

Autori: Lennart Kester, Alexander van Oudenaarden
Pubblicato in: Cell Stem Cell, Numero 23/2, 2018, Pagina/e 166-179, ISSN 1934-5909
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2018.04.014

Mapping the physical network of cellular interactions

Autori: Jean-Charles Boisset, Judith Vivié, Dominic Grün, Mauro J. Muraro, Anna Lyubimova, Alexander van Oudenaarden
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 15/7, 2018, Pagina/e 547-553, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0009-z

Neuromesodermal progenitors are a conserved source of spinal cord with divergent growth dynamics

Autori: Andrea Attardi, Timothy Fulton, Maria Florescu, Gopi Shah, Leila Muresan, Martin O. Lenz, Courtney Lancaster, Jan Huisken, Alexander van Oudenaarden, Benjamin Steventon
Pubblicato in: Development, Numero 145/21, 2018, Pagina/e dev166728, ISSN 0950-1991
Editore: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.166728

High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq

Autori: Fredrik Salmen; Joachim De Jonghe; Tomasz S. Kaminski; Anna Alemany; Guillermo E. Parada; Joe Verity-Legg; Ayaka Yanagida; Timo N. Kohler; Nicholas Battich; Floris van den Brekel; Anna L. Ellermann; Alfonso Martinez Arias; Jennifer Nichols; Martin Hemberg; Florian Hollfelder; Alexander van Oudenaarden
Pubblicato in: Nature Biotechnology. Nature Publishing Group, Numero 1, 2022, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.17863/cam.91785

Single-cell sortChIC identifies hierarchical chromatin dynamics during hematopoiesis

Autori: P. Zeller, J. Yeung, H. Viñas Gaza, B.A. de Barbanson, V. Bhardwaj, M. Florescu, R. van der Linden, A. van Oudenaarden.
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 55, 2023, Pagina/e 333-345, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01260-3

Single-cell Ribo-seq reveals cell cycle-dependent translational pausing

Autori: M. VanInsberghe, J. van den Berg, A. Andersson-Rolf, H. Clevers, A. van Oudenaarden.
Pubblicato in: Nature, Numero 597, 2021, Pagina/e 561-565, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03887-4

An in vitro model of early anteroposterior organization during human development

Autori: Naomi Moris, Kerim Anlas, Susanne C. van den Brink, Anna Alemany, Julia Schröder, Sabitri Ghimire, Tina Balayo, Alexander van Oudenaarden, Alfonso Martinez Arias
Pubblicato in: Nature, Numero 582/7812, 2020, Pagina/e 410-415, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2383-9