Ziel
Recently, multi-omics approaches have led to a plethora of publications describing in detail the ‘omics landscapes of common cancer types. However, at the bulk tissue level, integrating different ‘omics layers remains an uncompleted challenge. Soft tissue sarcomas are rare and often aggressive cancers of mesenchymal origin representing ~1% of all cancers but encompassing at least 50 subtypes. Hence, collecting enough of these rare samples for significant findings in a timely fashion is the biggest hurdle. This issue can be addressed by repeating observations within individual patients to generate new hypotheses. Our long-term collaboration aims to obtain the genome, transcriptome and methylome of each of 1,000 single-cells from 10 individual subtypes of soft tissue sarcomas. This design is possible thanks to DNA & RNA single-cell sequencing (SCS) of the same cell in Dr. Voet’s lab, and bespoke computational analyses in Dr. Van Loo’s lab, and access to this rare material of Prof. Flanagan, lead for the sarcoma component of the Genomics England 100,000 Genomes Project. This proposal is the pilot project, where we focus on one malignant peripheral nerve sheath tumour, a rare aggressive cancer originating from the connective tissues surrounding nerves. We will also sequence multiple regions of the primary tumour, the blood, and cell-free tumour DNA (ctDNA) before surgery and subsequently every three months. Prof. Flanagan’s group will process the samples, and Dr. Voet will oversee the sequencing. In Dr. Van Loo’s lab, I will develop the computational tools to uncover the 3 ‘omics signals at the single-cell level that are averaged out in bulk tissues. SCS will shed light on the fundamental links between cancer genomic subclones and the transcriptional and epigenetic diversity of cancer cell types; and we will answer whether ctDNA reflects the diversity of cancer cells and how it evolves in the course of treatment.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
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MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2016
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Vereinigtes Königreich
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